138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msed_1432 on replicon NC_009440
Organism: Metallosphaera sedula DSM 5348



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009440  Msed_1432  formate hydrogenlyase subunit 4-like protein  100 
 
 
313 aa  616  1e-175  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1996  formate hydrogenlyase subunit 4 (HycD)  62.24 
 
 
317 aa  367  1e-100  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.503426  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0778  formate hydrogenlyase subunit 4 (HycD)  44.66 
 
 
319 aa  263  2e-69  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.24219  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0731  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  37.85 
 
 
320 aa  169  4e-41  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0127528  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1793  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  33 
 
 
314 aa  155  6e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.116687  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0603  formate hydrogenlyase subunit 4-like protein  32.13 
 
 
317 aa  154  2e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.47269  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2150  hydrogenase-4, C subunit  31.83 
 
 
313 aa  133  3.9999999999999996e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1808  formate hydrogenlyase membrane subunit HyfD  31.83 
 
 
313 aa  133  3.9999999999999996e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.63651  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1690  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  28.08 
 
 
312 aa  132  5e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.178697  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0110  formate hydrogenlyase subunit 4  29.15 
 
 
975 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2461  hydrogenase, membrane subunit 3-like protein (EchB-like)  29.57 
 
 
314 aa  130  3e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.823728 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0328  formate hydrogenlyase subunit 4  30.58 
 
 
316 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.346135  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0178  formate hydrogenlyase subunit 4  30.66 
 
 
316 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3291  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  27.65 
 
 
316 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1821  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  30.79 
 
 
313 aa  124  1e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000380647  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0930  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  32.01 
 
 
316 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.150795  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0792  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  30.88 
 
 
299 aa  124  2e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1262  formate hydrogenlyase subunit 4  29.51 
 
 
316 aa  123  3e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.583518  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1616  putative hydrogenase, membrane subunit  29.86 
 
 
316 aa  123  3e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1531  putative hydrogenase, membrane subunit  29.86 
 
 
316 aa  123  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6066  formate hydrogenlyase subunit 4  28.71 
 
 
316 aa  122  6e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.214804  hitchhiker  0.000633847 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0702  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  28.99 
 
 
311 aa  122  7e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.249973  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1070  NAD-dependent dehydrogenase subunit  27.6 
 
 
302 aa  122  8e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.36021e-34 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3854  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  30.5 
 
 
316 aa  122  9e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1261  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  30.36 
 
 
316 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0312851 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2475  NADH dehydrogenase  30.1 
 
 
318 aa  122  9.999999999999999e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.636409 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3191  NAD-dependent dehydrogenase subunit  27.6 
 
 
302 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.20554  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0942  hydrogenase, component C-formate hydrogenlyase subunit 4-like protein  27.96 
 
 
304 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.121502  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1306  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  27.48 
 
 
305 aa  119  9e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1126  formate hydrogenlyase subunit 4  29.13 
 
 
313 aa  118  9.999999999999999e-26  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.519574  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1141  hydrogenase subunit  28.25 
 
 
312 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.887658  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0917  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  27.01 
 
 
315 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.941707 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2986  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  29.93 
 
 
316 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.045877  hitchhiker  0.00511814 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4670  hydrogenase subunit C  28.96 
 
 
315 aa  117  3e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112602  normal  0.180606 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0167  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  30.66 
 
 
317 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.440005  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0337  NAD-dependent dehydrogenase subunit  26.05 
 
 
302 aa  112  6e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.419633  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2600  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  27.74 
 
 
302 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0131  hydrogenase-4 component C  28.57 
 
 
306 aa  110  3e-23  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.103807  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1452  hydrogenase, HycD subunit  29.11 
 
 
316 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1397  formate hydrogenlyase subunit 4-like protein  29.03 
 
 
318 aa  110  4.0000000000000004e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0187  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  28.38 
 
 
312 aa  107  2e-22  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3797  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  27.59 
 
 
302 aa  107  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.492003  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3714  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  27.59 
 
 
302 aa  107  2e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.102299  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2190  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  28.77 
 
 
313 aa  107  3e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.552986 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4704  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  29.03 
 
 
307 aa  107  3e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1320  formate hydrogenlyase subunit 4-like protein  28.57 
 
 
313 aa  107  3e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3973  formate hydrogenlyase, subunit D  28.77 
 
 
307 aa  106  4e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1574  hydrogenase, HycD subunit, putative  29.11 
 
 
313 aa  106  5e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2847  formate hydrogenlyase, subunit D  28.77 
 
 
307 aa  105  9e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.115372 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0967  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  28.77 
 
 
307 aa  104  1e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2858  formate hydrogenlyase, subunit D  28.77 
 
 
307 aa  104  1e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3010  formate hydrogenlyase, subunit D  28.77 
 
 
307 aa  104  1e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0990  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  28.77 
 
 
307 aa  104  1e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0456069 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02572  hydrogenase 3, membrane subunit  28.77 
 
 
307 aa  104  2e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.533076  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02537  hypothetical protein  28.77 
 
 
307 aa  104  2e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.478077  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3154  formate hydrogenlyase, subunit D  29.17 
 
 
307 aa  104  2e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3656  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  27.24 
 
 
302 aa  103  3e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0153222  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3160  formate hydrogenlyase, subunit D  28.27 
 
 
307 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.184477 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3053  formate hydrogenlyase subunit D  28.27 
 
 
307 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.190103 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3037  formate hydrogenlyase subunit D  28.27 
 
 
307 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000217312 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3002  formate hydrogenlyase subunit D  28.27 
 
 
307 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00604695 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0891  formate hydrogenlyase subunit 4-like protein  27.39 
 
 
302 aa  103  4e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0374  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  26.2 
 
 
302 aa  102  7e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00620608  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3782  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  27.85 
 
 
303 aa  102  8e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0166339  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2709  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  26.86 
 
 
315 aa  102  9e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3195  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  28.73 
 
 
307 aa  102  1e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10085  formate hydrogenlyase hycD  28.03 
 
 
316 aa  101  1e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000314852  normal  0.333416 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0740  NAD-dependent dehydrogenase subunit  28.24 
 
 
302 aa  101  2e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.618786  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2971  formate hydrogenlyase, subunit D  27.92 
 
 
307 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2557  NAD-dependent dehydrogenase subunit  28.08 
 
 
303 aa  97.4  3e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2431  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  26.94 
 
 
311 aa  96.3  5e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1790  hydrogenase-4 component C  24.51 
 
 
306 aa  91.3  2e-17  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00154252  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4468  putative formate hydrogenlyase HycD (FHL)  28.86 
 
 
316 aa  90.1  5e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4287  hydrogenase, membrane subunit 3-like protein (EchB-like)  29.38 
 
 
328 aa  89.4  7e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00137692  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1913  hypothetical protein  23.72 
 
 
306 aa  88.6  1e-16  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1284  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  26.64 
 
 
315 aa  88.2  2e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0584834  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2616  hydrogenase-4 component C  27.86 
 
 
315 aa  86.3  6e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3705  hydrogenase-4 component C  27.86 
 
 
315 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.438396  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1186  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  27.86 
 
 
315 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2765  hydrogenase-4 component C  27.17 
 
 
314 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2855  hydrogenase-4 component C  27.24 
 
 
314 aa  83.2  0.000000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2785  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  25.25 
 
 
303 aa  80.9  0.00000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2793  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  25.25 
 
 
303 aa  80.9  0.00000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00950  formate hydrogenlyase subunit 4  26.03 
 
 
309 aa  79  0.00000000000009  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0317  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  28.34 
 
 
300 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.460489  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0777  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  26.47 
 
 
313 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.289576  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1863  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  24.08 
 
 
308 aa  77.4  0.0000000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0153018  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2619  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  27.88 
 
 
301 aa  75.1  0.000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0721168  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4574  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  27.24 
 
 
312 aa  74.3  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2457  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  28.45 
 
 
349 aa  72.4  0.00000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.112935  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2630  hydrogenase-4 component C  27.27 
 
 
315 aa  70.5  0.00000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0676  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  25.77 
 
 
338 aa  63.5  0.000000005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3023  ech hydrogenase subunit B  26.69 
 
 
291 aa  56.6  0.0000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0539405  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1421  membrane bound hydrogenase subunit mbhM  27.17 
 
 
323 aa  56.2  0.0000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.245548  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4505  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  25 
 
 
319 aa  56.2  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.166702 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1881  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  26.2 
 
 
323 aa  54.3  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.417671  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2591  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  23.86 
 
 
343 aa  53.1  0.000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3193  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  24.56 
 
 
332 aa  52.4  0.00001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.539887 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2226  NADH dehydrogenase (quinone)  25.27 
 
 
328 aa  52  0.00001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2725  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  22.22 
 
 
285 aa  52  0.00001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.144854  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>