285 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msed_1414 on replicon NC_009440
Organism: Metallosphaera sedula DSM 5348



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009440  Msed_1414  D-proline dehydrogenase  100 
 
 
368 aa  757    Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  decreased coverage  0.00000836219  hitchhiker  0.0027626 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1963  FAD dependent oxidoreductase  56.25 
 
 
365 aa  422  1e-117  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.416429  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1862  FAD dependent oxidoreductase  33.42 
 
 
363 aa  206  6e-52  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1260  FAD dependent oxidoreductase  34.05 
 
 
363 aa  199  6e-50  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2012  FAD dependent oxidoreductase  33.91 
 
 
365 aa  193  4e-48  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1701  FAD dependent oxidoreductase  32.68 
 
 
373 aa  189  8e-47  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00120296 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0182  D-proline dehydrogenase  36.31 
 
 
365 aa  182  7e-45  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3545  D-amino acid dehydrogenase  27.25 
 
 
462 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4274  FAD dependent oxidoreductase  24.34 
 
 
418 aa  97.4  3e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0813  FAD dependent oxidoreductase  29.37 
 
 
441 aa  97.4  3e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0499  FAD dependent oxidoreductase  25.54 
 
 
415 aa  91.7  2e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2082  D-amino-acid dehydrogenase  24.82 
 
 
418 aa  90.1  5e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0152588  normal  0.581205 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1301  D-amino acid dehydrogenase small subunit  24.11 
 
 
418 aa  90.5  5e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3117  D-amino acid dehydrogenase small subunit  24.34 
 
 
432 aa  85.9  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.459659  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5571  FAD dependent oxidoreductase  24.62 
 
 
415 aa  84.7  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0000397488  normal  0.22054 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01164  D-amino acid dehydrogenase small subunit  24.88 
 
 
432 aa  83.6  0.000000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000419065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2459  Methylated-DNA--(protein)-cysteine S-methyltransferase  24.88 
 
 
432 aa  83.6  0.000000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000162707  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1292  D-amino acid dehydrogenase small subunit  24.88 
 
 
432 aa  83.6  0.000000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000190637  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1676  D-amino acid dehydrogenase small subunit  24.88 
 
 
434 aa  83.6  0.000000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000458622  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01174  hypothetical protein  24.88 
 
 
432 aa  83.6  0.000000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000272828  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2436  D-amino acid dehydrogenase small subunit  24.88 
 
 
432 aa  83.6  0.000000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0019507  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1334  D-amino acid dehydrogenase small subunit  24.88 
 
 
432 aa  83.6  0.000000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000000195044  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1960  D-amino acid dehydrogenase small subunit  24.88 
 
 
434 aa  83.6  0.000000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00842903  normal  0.752905 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1347  D-amino acid dehydrogenase small subunit  24.88 
 
 
432 aa  83.2  0.000000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.15982  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0926  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.68 
 
 
429 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.531144  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2361  D-amino acid dehydrogenase small subunit  24.7 
 
 
434 aa  81.6  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0438978  normal  0.320379 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2107  D-amino acid dehydrogenase small subunit  24.7 
 
 
434 aa  81.6  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.625399  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4821  D-amino-acid dehydrogenase  24.81 
 
 
419 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0052408 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2746  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.82 
 
 
434 aa  81.6  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0984937  decreased coverage  0.0000603863 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1997  D-amino acid dehydrogenase small subunit  24.7 
 
 
434 aa  81.6  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.990336  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0924  D-amino acid dehydrogenase small subunit  24.57 
 
 
416 aa  80.9  0.00000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6079  D-amino acid dehydrogenase small subunit  24.51 
 
 
421 aa  80.5  0.00000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0808  D-amino acid dehydrogenase small subunit  24.58 
 
 
416 aa  79.7  0.00000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3630  D-amino-acid dehydrogenase  25.35 
 
 
417 aa  79.3  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000258766 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2547  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.74 
 
 
434 aa  77.8  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1444  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25 
 
 
416 aa  78.2  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.492956  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0804  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.19 
 
 
433 aa  78.2  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.452249  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0866  D-amino acid dehydrogenase small subunit  23.96 
 
 
416 aa  77.4  0.0000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0290796  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1957  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.19 
 
 
417 aa  77.4  0.0000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0796  D-amino acid dehydrogenase small subunit  24.5 
 
 
429 aa  76.6  0.0000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.661102  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0867  D-amino acid dehydrogenase small subunit  24.26 
 
 
429 aa  76.6  0.0000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.872467  normal  0.695937 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4831  D-amino acid dehydrogenase small subunit  24.32 
 
 
416 aa  75.9  0.0000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0419861  normal  0.105025 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1503  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.8 
 
 
425 aa  75.5  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.839298  normal  0.265321 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0408  D-amino acid dehydrogenase small subunit  24.94 
 
 
428 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2551  D-amino acid dehydrogenase small subunit  24.94 
 
 
428 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2925  D-amino acid dehydrogenase small subunit  24.94 
 
 
428 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2974  D-amino acid dehydrogenase small subunit  24.94 
 
 
428 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0817  FAD-dependent oxidoreductase  24.87 
 
 
406 aa  74.7  0.000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000422282  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0222  D-amino acid dehydrogenase small subunit  24.94 
 
 
428 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4777  D-amino acid dehydrogenase small subunit  24.4 
 
 
416 aa  74.7  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.565064  normal  0.111911 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2864  D-amino acid dehydrogenase small subunit  24.94 
 
 
428 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.367842  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0927  D-amino acid dehydrogenase small subunit  24.94 
 
 
428 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4434  D-amino acid dehydrogenase small subunit  23.04 
 
 
432 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.615719  hitchhiker  0.00000811455 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1941  D-amino acid dehydrogenase small subunit  24.82 
 
 
432 aa  73.6  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.377151  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1515  D-amino acid dehydrogenase small subunit  24.82 
 
 
432 aa  73.6  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.684243  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1656  D-amino acid dehydrogenase small subunit  24.69 
 
 
428 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2001  D-amino acid dehydrogenase small subunit  24.82 
 
 
432 aa  73.6  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21848  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1330  D-amino acid dehydrogenase small subunit  24.82 
 
 
432 aa  73.2  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000545747  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0244  D-amino-acid dehydrogenase  22.61 
 
 
418 aa  73.2  0.000000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.51607  normal  0.227624 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1945  D-amino acid dehydrogenase small subunit  24.82 
 
 
432 aa  73.2  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.290196  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0558  D-amino-acid dehydrogenase small subunit  22.72 
 
 
419 aa  72.4  0.00000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5199  FAD dependent oxidoreductase  23.51 
 
 
440 aa  71.6  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.494361 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2005  D-amino acid dehydrogenase small subunit  23.44 
 
 
416 aa  71.6  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.143364  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1023  D-amino acid dehydrogenase small subunit  23.21 
 
 
428 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0740  D-amino acid dehydrogenase small subunit  24.59 
 
 
434 aa  71.2  0.00000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.968608  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2253  D-amino acid dehydrogenase small subunit  24.69 
 
 
417 aa  70.5  0.00000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.299864  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004326  D-amino acid dehydrogenase small subunit  23.34 
 
 
418 aa  70.5  0.00000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0673  D-amino-acid dehydrogenase  23.15 
 
 
417 aa  70.5  0.00000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.180164  hitchhiker  0.00553067 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1477  FAD dependent oxidoreductase  22.11 
 
 
420 aa  70.5  0.00000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.699089  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0585  D-amino acid dehydrogenase small subunit  23.21 
 
 
428 aa  70.1  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1064  D-amino acid dehydrogenase small subunit  23.21 
 
 
428 aa  70.1  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2240  D-amino acid dehydrogenase small subunit  23.96 
 
 
428 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4178  D-amino acid dehydrogenase small subunit  22.89 
 
 
428 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.157527  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1981  D-amino acid dehydrogenase small subunit  23.76 
 
 
416 aa  68.2  0.0000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.200719  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2093  D-amino acid dehydrogenase small subunit  24.42 
 
 
416 aa  68.6  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.59754  normal  0.0350619 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1282  FAD dependent oxidoreductase  23.99 
 
 
415 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.783246  normal  0.547311 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3032  FAD dependent oxidoreductase  25.39 
 
 
437 aa  67.8  0.0000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.451614  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1933  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  21.84 
 
 
415 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2211  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  21.84 
 
 
415 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1670  hypothetical protein  21.84 
 
 
415 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2122  D-amino-acid dehydrogenase  23.81 
 
 
421 aa  67.4  0.0000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.17481  normal  0.029766 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0305  putative D-amino acid dehydrogenase 2, small subunit  21.84 
 
 
415 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0791  D-amino acid dehydrogenase small subunit  22.67 
 
 
417 aa  67.4  0.0000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000194872 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1385  D-amino-acid dehydrogenase  24.56 
 
 
401 aa  67.4  0.0000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.71736  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6619  FAD dependent oxidoreductase  24.08 
 
 
410 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.664029 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1236  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  21.84 
 
 
415 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2389  D-amino-acid dehydrogenase  22.17 
 
 
439 aa  67.4  0.0000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3967  D-amino acid dehydrogenase small subunit  22.91 
 
 
433 aa  67.4  0.0000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.194472  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0223  D-amino acid dehydrogenase, small subunit  21.43 
 
 
445 aa  67  0.0000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1318  D-amino acid dehydrogenase small subunit  23.68 
 
 
419 aa  67  0.0000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1255  FAD dependent oxidoreductase  23.74 
 
 
415 aa  66.2  0.0000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.621856  normal  0.317392 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5270  D-amino acid dehydrogenase small subunit  22.09 
 
 
434 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0829502  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0101  D-amino acid dehydrogenase, small subunit  23.26 
 
 
433 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03073  D-amino acid dehydrogenase small subunit  24.01 
 
 
428 aa  65.9  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0215  putative D-amino acid dehydrogenase 2, small subunit  22.08 
 
 
415 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1094  FAD dependent oxidoreductase  24.23 
 
 
421 aa  65.9  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.293126  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2304  D-amino-acid dehydrogenase  22.83 
 
 
421 aa  65.9  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.018021 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3394  FAD dependent oxidoreductase  22.85 
 
 
414 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.361362 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0200  D-amino acid dehydrogenase small subunit  22.2 
 
 
433 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00229652 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6641  FAD dependent oxidoreductase  23.34 
 
 
414 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>