35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msed_0230 on replicon NC_009440
Organism: Metallosphaera sedula DSM 5348



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009440  Msed_0230  like-Sm ribonucleoprotein, core  100 
 
 		 87 aa  178  2.9999999999999997e-44  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.00778138 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1181  Like-Sm ribonucleoprotein core  83.91 
 
 		 87 aa  157  6e-38  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  decreased coverage  0.00764274  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0736  like-Sm ribonucleoprotein, core  50.67 
 
 		 100 aa  76.6  0.00000000000009  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0227658  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0086  like-Sm ribonucleoprotein core  47.95 
 
 		 81 aa  71.6  0.000000000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.514735 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0866  like-Sm ribonucleoprotein core  44.05 
 
 		 86 aa  63.2  0.000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1974  like-Sm ribonucleoprotein core  40 
 
 		 86 aa  62.4  0.000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.470211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0692  like-Sm ribonucleoprotein, core  36 
 
 		 86 aa  59.7  0.00000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.22559 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2102  LSM family small nuclear ribonucleoprotein  37.33 
 
 		 86 aa  59.3  0.00000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2332  like-Sm ribonucleoprotein, core  37.33 
 
 		 86 aa  58.2  0.00000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  hitchhiker  0.00160681  hitchhiker  0.000613176 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0232  small nuclear ribonucleoprotein  42.25 
 
 		 71 aa  56.2  0.0000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.317695  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3500  small nuclear ribonucleoprotein  40.58 
 
 		 72 aa  55.1  0.0000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0690135  normal  0.488094 
 
 
-
 
NC_006686  CND03220  mRNA processing-related protein, putative  42.03 
 
 		 87 aa  50.1  0.000009  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2181  small nuclear ribonucleoprotein  39.13 
 
 		 72 aa  48.9  0.00002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1081  like-Sm ribonucleoprotein, core  42.42 
 
 		 80 aa  47.8  0.00005  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.555399  normal  1 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10966  small nuclear ribonucleoprotein SmF, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G15500)  39.47 
 
 		 88 aa  47.4  0.00006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.0013173  normal  0.021031 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1391  Like-Sm ribonucleoprotein core  36.23 
 
 		 75 aa  47.4  0.00007  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.219632  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0041  like-Sm ribonucleoprotein, core  39.39 
 
 		 80 aa  47  0.00009  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.444041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2141  LSM family small nuclear ribonucleoprotein  39.39 
 
 		 80 aa  46.2  0.0002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0038  like-Sm ribonucleoprotein core  39.39 
 
 		 80 aa  46.2  0.0002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.00385043 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2924  Like-Sm ribonucleoprotein core  36.23 
 
 		 74 aa  45.1  0.0003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1814  Like-Sm ribonucleoprotein core  40.28 
 
 		 76 aa  45.1  0.0003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0349  like-Sm ribonucleoprotein core  36.36 
 
 		 80 aa  43.9  0.0006  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006684  CNB05340  pre-mRNA splicing factor, putative  38.03 
 
 		 124 aa  42.7  0.001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0427818  n/a   
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_20167  predicted protein  38.96 
 
 		 87 aa  42.7  0.002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.291347  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0290  like-Sm ribonucleoprotein core  34.72 
 
 		 71 aa  42.4  0.002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1529  like-Sm ribonucleoprotein core  40.54 
 
 		 79 aa  42.7  0.002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0093  like-Sm ribonucleoprotein, core  36 
 
 		 76 aa  42  0.003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_10719  U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G06325)  37.29 
 
 		 80 aa  42  0.003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  hitchhiker  0.0000000000682628 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2251  like-Sm ribonucleoprotein, core  39.19 
 
 		 75 aa  42  0.003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.133876 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3059  like-Sm ribonucleoprotein, core  38.57 
 
 		 80 aa  41.6  0.003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0421  like-Sm ribonucleoprotein, core  36.62 
 
 		 73 aa  41.6  0.004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_34727  predicted protein  39.13 
 
 		 79 aa  41.6  0.004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.681508 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_10781  U6 snRNA-associated Sm-like protein LSM4, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G12020)  32.88 
 
 		 119 aa  40.8  0.006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.678126  normal  0.810635 
 
 
-
 
NC_006683  CNN01500  u6 snRNA-associated sm-like protein lsm6, putative  33.8 
 
 		 88 aa  40.8  0.007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.919907  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63621  predicted protein  28.21 
 
 		 88 aa  40  0.01  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.733527  normal  0.260452 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>