More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msed_0057 on replicon NC_009440
Organism: Metallosphaera sedula DSM 5348



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009440  Msed_0057  PUA domain-containing protein  100 
 
 
233 aa  476  1e-133  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.510728 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1369  pseudouridylate synthase TruB domain protein  59.75 
 
 
251 aa  310  1e-83  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.862548  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0089  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  49.58 
 
 
331 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1702  putative rRNA pseudouridine synthase  47.83 
 
 
321 aa  230  2e-59  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.438885  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0082  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  47.39 
 
 
338 aa  227  1e-58  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.576501  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0028  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  45.53 
 
 
331 aa  226  2e-58  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000488795  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1128  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  48.07 
 
 
328 aa  222  4e-57  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000787218 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0080  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  46.35 
 
 
331 aa  219  3.9999999999999997e-56  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.178289 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0054  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  44.92 
 
 
333 aa  216  2e-55  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0155  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  44.21 
 
 
335 aa  213  1.9999999999999998e-54  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0461  putative rRNA pseudouridine synthase  44.92 
 
 
338 aa  207  1e-52  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0961  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  44.3 
 
 
333 aa  196  2.0000000000000003e-49  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1720  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  44.3 
 
 
333 aa  196  2.0000000000000003e-49  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0985  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  44.3 
 
 
333 aa  195  5.000000000000001e-49  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0128242  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1222  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  42.44 
 
 
331 aa  194  1e-48  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0538  pseudouridylate synthase  42.92 
 
 
302 aa  188  5.999999999999999e-47  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0902248  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1494  pseudouridylate synthase TruB domain protein  44.65 
 
 
286 aa  186  2e-46  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0988  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  42.11 
 
 
359 aa  186  3e-46  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0513  pseudouridylate synthase  40.77 
 
 
322 aa  180  1e-44  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006686  CND02940  centromere/microtubule binding protein cbf5, putative  40.52 
 
 
503 aa  178  4.999999999999999e-44  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.701159  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_64832  nucleolar pseuduridine synthase and putative microtubule binding protein  41.38 
 
 
475 aa  178  4.999999999999999e-44  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2750  pseudouridylate synthase TruB domain protein  41.41 
 
 
299 aa  178  4.999999999999999e-44  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08851  Centromere/microtubule-binding protein CBF5 (Centromere-binding factor 5)(Small nucleolar RNP protein CBF5)(H/ACA snoRNP protein CBF5)(rRNA pseudouridine synthase) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:O43100]  39.48 
 
 
481 aa  172  3.9999999999999995e-42  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.842396  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0072  hypothetical protein  41.86 
 
 
282 aa  172  5e-42  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  hitchhiker  0.00484212 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_20773  predicted protein  39.06 
 
 
484 aa  170  1e-41  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2322  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  39.29 
 
 
295 aa  160  1e-38  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.713223  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2268  pseudouridylate synthase  38.03 
 
 
310 aa  160  2e-38  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.570966  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1733  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  39.25 
 
 
299 aa  160  2e-38  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.17014 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0406  pseudouridylate synthase subunit TruB  36.84 
 
 
332 aa  159  3e-38  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.189117 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0271  pseudouridylate synthase TruB domain protein  38.57 
 
 
314 aa  151  8e-36  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2256  pseudouridylate synthase TruB domain protein  37.56 
 
 
304 aa  147  1.0000000000000001e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_30197  predicted protein  37.18 
 
 
411 aa  144  8.000000000000001e-34  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1812  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  34.76 
 
 
343 aa  139  3.9999999999999997e-32  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.572421  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0071  tRNA pseudouridine synthase B  29.26 
 
 
309 aa  95.5  7e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0071  tRNA pseudouridine synthase B  28.82 
 
 
309 aa  91.3  1e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.861563  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2205  tRNA pseudouridine synthase B  32.63 
 
 
318 aa  90.5  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.344514  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  28.42 
 
 
328 aa  83.2  0.000000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  32.34 
 
 
306 aa  82  0.000000000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  31.36 
 
 
306 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3058  tRNA pseudouridine synthase B  29.47 
 
 
315 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.538597  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  30.77 
 
 
305 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0629  tRNA pseudouridine synthase B  29.56 
 
 
317 aa  80.1  0.00000000000002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  30.18 
 
 
305 aa  79.7  0.00000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  30.77 
 
 
305 aa  79.7  0.00000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1311  tRNA pseudouridine synthase B  38.21 
 
 
249 aa  79  0.00000000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0354136  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3559  tRNA pseudouridine synthase B  28.98 
 
 
317 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000961174 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  29.24 
 
 
305 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3185  tRNA pseudouridine synthase B  27.64 
 
 
309 aa  77  0.0000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.991117  normal  0.361577 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0600  tRNA pseudouridine synthase B  33.33 
 
 
318 aa  77  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  34.57 
 
 
304 aa  77.4  0.0000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  30.81 
 
 
309 aa  76.6  0.0000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3387  tRNA pseudouridine synthase B  29.1 
 
 
321 aa  76.3  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00448784 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  28.65 
 
 
305 aa  76.3  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  27.37 
 
 
297 aa  76.3  0.0000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3031  tRNA pseudouridine synthase B  29.44 
 
 
303 aa  75.9  0.0000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000998148  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  27.27 
 
 
297 aa  75.5  0.0000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  29.24 
 
 
305 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1053  tRNA pseudouridine synthase B  29.6 
 
 
305 aa  74.7  0.000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000253025  hitchhiker  0.00000016309 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0059  tRNA pseudouridine synthase B  33.53 
 
 
366 aa  74.7  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  30.19 
 
 
299 aa  74.7  0.000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2825  tRNA pseudouridine synthase B  32.39 
 
 
315 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.791691  hitchhiker  0.00423146 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  30.72 
 
 
304 aa  74.7  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  32.91 
 
 
300 aa  74.3  0.000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1045  tRNA pseudouridine synthase B  30.86 
 
 
300 aa  73.6  0.000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.128429  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0176  tRNA pseudouridine synthase B  29.63 
 
 
312 aa  73.9  0.000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.721931  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1093  tRNA pseudouridine synthase B  29.61 
 
 
317 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0247742 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  27.72 
 
 
293 aa  73.9  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  27.72 
 
 
293 aa  73.9  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  29.63 
 
 
311 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  29.38 
 
 
311 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01762  tRNA pseudouridine synthase B  27.27 
 
 
323 aa  73.2  0.000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0258018  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1954  tRNA pseudouridine synthase B  25.66 
 
 
310 aa  72.8  0.000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  27.55 
 
 
299 aa  73.2  0.000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2771  tRNA pseudouridine synthase B  26.74 
 
 
307 aa  73.2  0.000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0039  tRNA pseudouridine synthase B  31.9 
 
 
310 aa  72.8  0.000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.651075  normal  0.326168 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  29.94 
 
 
314 aa  72.4  0.000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3783  tRNA pseudouridine synthase B  28.37 
 
 
308 aa  72.8  0.000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0711171  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  26.89 
 
 
304 aa  72.8  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  26.89 
 
 
304 aa  72.4  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01305  tRNA pseudouridine synthase B  29.22 
 
 
299 aa  71.6  0.000000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.19887  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  28.57 
 
 
308 aa  71.2  0.00000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  31.01 
 
 
324 aa  70.5  0.00000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3594  tRNA pseudouridine synthase B  31.01 
 
 
324 aa  70.5  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0311816  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3728  tRNA pseudouridine synthase B  31.01 
 
 
324 aa  70.5  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.124557  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1598  tRNA pseudouridine synthase B  27.11 
 
 
309 aa  70.5  0.00000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00177839  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1697  tRNA pseudouridine synthase B  29.76 
 
 
317 aa  70.5  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1028  tRNA pseudouridine synthase B  29.61 
 
 
317 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000142961 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0491  tRNA pseudouridine synthase B  28 
 
 
314 aa  70.1  0.00000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.164014  normal  0.0135399 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1331  tRNA pseudouridine synthase B  30.77 
 
 
305 aa  70.1  0.00000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.284628  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  24.74 
 
 
302 aa  70.1  0.00000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0565  tRNA pseudouridine synthase B  29.56 
 
 
309 aa  70.1  0.00000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1032  tRNA pseudouridine synthase B  29.44 
 
 
317 aa  70.1  0.00000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.358719  hitchhiker  0.0000301922 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1357  tRNA pseudouridine synthase B  30.77 
 
 
305 aa  70.1  0.00000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.531893  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  30.41 
 
 
302 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  30.41 
 
 
302 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  30.41 
 
 
302 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  30.41 
 
 
302 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  28.24 
 
 
307 aa  69.7  0.00000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2203  tRNA pseudouridine synthase B  32.16 
 
 
302 aa  69.7  0.00000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.147231  normal  0.936738 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  26.98 
 
 
294 aa  69.7  0.00000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>