83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msed_0056 on replicon NC_009440
Organism: Metallosphaera sedula DSM 5348



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009440  Msed_0056  DKCLD domain-containing protein  100 
 
 		 84 aa  176  9e-44  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.477818 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1370  DKCLD domain protein  55.95 
 
 		 89 aa  106  1e-22  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.834881  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0961  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  54.69 
 
 		 333 aa  78.2  0.00000000000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0985  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  54.69 
 
 		 333 aa  77.8  0.00000000000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0128242  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1720  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  53.12 
 
 		 333 aa  76.3  0.0000000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0988  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  55.56 
 
 		 359 aa  74.3  0.0000000000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0406  pseudouridylate synthase subunit TruB  56.6 
 
 		 332 aa  73.9  0.0000000000008  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.189117 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0082  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  49.06 
 
 		 338 aa  66.6  0.0000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.576501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1702  putative rRNA pseudouridine synthase  42.86 
 
 		 321 aa  66.6  0.0000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.438885  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1128  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  50 
 
 		 328 aa  65.5  0.0000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00000787218 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1222  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  48.15 
 
 		 331 aa  64.3  0.0000000006  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0155  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  50.94 
 
 		 335 aa  64.3  0.0000000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08851  Centromere/microtubule-binding protein CBF5 (Centromere-binding factor 5)(Small nucleolar RNP protein CBF5)(H/ACA snoRNP protein CBF5)(rRNA pseudouridine synthase) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:O43100]  46.55 
 
 		 481 aa  63.2  0.000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.842396  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0028  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  45.28 
 
 		 331 aa  62.4  0.000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000488795  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0089  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  42.86 
 
 		 331 aa  62  0.000000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0080  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  46.3 
 
 		 331 aa  62  0.000000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.178289 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1494  pseudouridylate synthase TruB domain protein  46.81 
 
 		 286 aa  61.6  0.000000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_64832  nucleolar pseuduridine synthase and putative microtubule binding protein  48.08 
 
 		 475 aa  61.2  0.000000005  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0461  putative rRNA pseudouridine synthase  40.3 
 
 		 338 aa  59.7  0.00000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0054  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  49.06 
 
 		 333 aa  59.7  0.00000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006686  CND02940  centromere/microtubule binding protein cbf5, putative  38.1 
 
 		 503 aa  59.3  0.00000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.701159  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2322  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  42.86 
 
 		 295 aa  57.8  0.00000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.713223  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_30197  predicted protein  40.38 
 
 		 411 aa  56.6  0.0000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_20773  predicted protein  42.31 
 
 		 484 aa  55.8  0.0000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1733  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  41.67 
 
 		 299 aa  55.8  0.0000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.17014 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0513  pseudouridylate synthase  63.89 
 
 		 322 aa  52  0.000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2268  pseudouridylate synthase  56.76 
 
 		 310 aa  51.2  0.000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.570966  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0072  hypothetical protein  63.16 
 
 		 282 aa  50.1  0.00001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00484212 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1812  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  36.07 
 
 		 343 aa  49.7  0.00001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.572421  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2256  pseudouridylate synthase TruB domain protein  33.33 
 
 		 304 aa  47.8  0.00005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0538  pseudouridylate synthase  55.26 
 
 		 302 aa  47.4  0.00008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0902248  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2750  pseudouridylate synthase TruB domain protein  52.63 
 
 		 299 aa  47  0.00009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1031  tRNA pseudouridine synthase B  47.5 
 
 		 308 aa  46.2  0.0002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  50 
 
 		 303 aa  45.8  0.0002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3185  tRNA pseudouridine synthase B  50 
 
 		 309 aa  46.2  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.991117  normal  0.361577 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1642  tRNA pseudouridine synthase B  47.22 
 
 		 283 aa  45.8  0.0002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  47.22 
 
 		 303 aa  45.8  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1954  tRNA pseudouridine synthase B  50 
 
 		 310 aa  45.8  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0271  pseudouridylate synthase TruB domain protein  31.82 
 
 		 314 aa  45.4  0.0003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2319  tRNA pseudouridine synthase B  51.43 
 
 		 301 aa  44.3  0.0005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.163994  hitchhiker  0.00744574 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0640  tRNA pseudouridine synthase B  57.58 
 
 		 298 aa  44.7  0.0005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.951154  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1144  tRNA pseudouridine synthase B  50 
 
 		 315 aa  44.3  0.0006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.431473  normal  0.105946 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1053  tRNA pseudouridine synthase B  51.43 
 
 		 305 aa  44.3  0.0006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000253025  hitchhiker  0.00000016309 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0827  tRNA pseudouridine synthase B  51.35 
 
 		 313 aa  43.9  0.0007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000378584 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2158  tRNA pseudouridine synthase B  48.72 
 
 		 299 aa  43.1  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.285493  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  54.29 
 
 		 293 aa  43.5  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  51.43 
 
 		 299 aa  43.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  52.78 
 
 		 306 aa  43.1  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0998  tRNA pseudouridine synthase B  44.74 
 
 		 294 aa  43.5  0.001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0507198  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08010  tRNA pseudouridine 55 synthase  50 
 
 		 340 aa  42.7  0.002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.608305 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5115  tRNA pseudouridine synthase B  47.37 
 
 		 310 aa  42.7  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.135033  normal  0.0750927 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  48.57 
 
 		 297 aa  42.4  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  50 
 
 		 300 aa  42  0.003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1021  tRNA pseudouridine synthase B  44 
 
 		 333 aa  42  0.003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  50 
 
 		 298 aa  42  0.003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5113  tRNA pseudouridine synthase B  45.71 
 
 		 308 aa  42  0.003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.679584 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  47.22 
 
 		 294 aa  41.6  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  47.22 
 
 		 300 aa  41.6  0.004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05391  tRNA pseudouridine synthase B  51.52 
 
 		 323 aa  41.6  0.004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  44.44 
 
 		 241 aa  41.6  0.004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  44.44 
 
 		 297 aa  41.6  0.004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0929  tRNA pseudouridine synthase B  47.22 
 
 		 305 aa  41.6  0.004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.590741  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  48.57 
 
 		 300 aa  41.2  0.004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  48.57 
 
 		 291 aa  41.2  0.005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1054  tRNA pseudouridine synthase B  50 
 
 		 290 aa  41.2  0.005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000156302  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  50 
 
 		 293 aa  41.2  0.005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14011  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  48.48 
 
 		 309 aa  41.2  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.276631 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0287  tRNA pseudouridine synthase B  41.03 
 
 		 367 aa  41.2  0.005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  47.22 
 
 		 300 aa  40.8  0.006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  51.52 
 
 		 307 aa  40.8  0.006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0071  tRNA pseudouridine synthase B  54.84 
 
 		 309 aa  40.8  0.007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09390  tRNA pseudouridine 55 synthase  47.22 
 
 		 334 aa  40.8  0.007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.86572 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0071  tRNA pseudouridine synthase B  54.84 
 
 		 309 aa  40.4  0.007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.861563  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1046  tRNA pseudouridine synthase B  51.43 
 
 		 304 aa  40.8  0.007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  44.74 
 
 		 299 aa  40.4  0.008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1233  tRNA pseudouridine synthase B  47.22 
 
 		 313 aa  40.4  0.008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0870856  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  47.22 
 
 		 302 aa  40.4  0.008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1105  tRNA pseudouridine synthase B  47.22 
 
 		 313 aa  40.4  0.008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.26874  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  47.22 
 
 		 302 aa  40.4  0.008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1165  tRNA pseudouridine synthase B  47.22 
 
 		 313 aa  40.4  0.008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.705511  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4028  tRNA pseudouridine synthase B  47.22 
 
 		 294 aa  40.4  0.008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.150764 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  54.29 
 
 		 291 aa  40.4  0.009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1449  tRNA pseudouridine synthase B  45 
 
 		 301 aa  40  0.01  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00175949  normal  0.371099 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>