66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrub_R0028 on replicon NC_013946
Organism: Meiothermus ruber DSM 1279



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013946  Mrub_R0028  tRNA-Tyr  100 
 
 
86 bp  170  3e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  2.49872e-07  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0023  tRNA-Tyr  100 
 
 
86 bp  163  8e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0238179  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0022  tRNA-Tyr  88.1 
 
 
84 bp  79.8  1e-13  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  1.44329e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0014  tRNA-Tyr  91.04 
 
 
85 bp  77.8  4e-13  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  1.94257e-10  hitchhiker  0.00490505 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0048  tRNA-Tyr  87.84 
 
 
86 bp  75.8  1e-12  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.012398  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0048  tRNA-Tyr  97.44 
 
 
84 bp  69.9  9e-11  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  1.06937e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0033  tRNA-Tyr  97.44 
 
 
84 bp  69.9  9e-11  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  1.03069e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0002  tRNA-Tyr  86.49 
 
 
86 bp  67.9  4e-10  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0022  tRNA-Tyr  95 
 
 
86 bp  63.9  6e-09  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.537051  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0058  tRNA-Tyr  86.76 
 
 
86 bp  63.9  6e-09  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.90337 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0009  tRNA-Tyr  95 
 
 
86 bp  63.9  6e-09  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.193083  normal  0.394655 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0024  tRNA-Tyr  94.74 
 
 
86 bp  60  9e-08  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.640159  normal  0.173611 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0054  tRNA-Tyr  92.5 
 
 
88 bp  56  1e-06  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000280744  decreased coverage  0.00224891 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0050  tRNA-Tyr  83.78 
 
 
86 bp  52  2e-05  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.160697  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0037  tRNA-Tyr  92.11 
 
 
86 bp  52  2e-05  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.499961 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0059  tRNA-Tyr  83.78 
 
 
86 bp  52  2e-05  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Tyr-1  tRNA-Tyr  94.12 
 
 
83 bp  52  2e-05  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.074992  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0053  tRNA-Tyr  83.78 
 
 
86 bp  52  2e-05  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.798877 
 
 
-
 
NC_003295  RS05585  tRNA-Tyr  83.78 
 
 
86 bp  52  2e-05  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000486194  normal  0.206056 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0058  tRNA-Tyr  83.78 
 
 
86 bp  52  2e-05  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0117646  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3827  tRNA-Tyr  90 
 
 
86 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.400436  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3458  tRNA-Tyr  90 
 
 
86 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000255407  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0036  tRNA-Tyr  91.67 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.391408 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0003  tRNA-Tyr  90 
 
 
86 bp  48.1  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0056  tRNA-Tyr  91.67 
 
 
86 bp  48.1  0.0003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  6.75719e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0009  tRNA-Tyr  90 
 
 
86 bp  48.1  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  8.16684e-13  normal  0.0119926 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0012  tRNA-Tyr  90 
 
 
86 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  1.22749e-11  normal  0.1453 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0058  tRNA-Tyr  90 
 
 
86 bp  48.1  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0012  tRNA-Tyr  90 
 
 
86 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  4.98022e-07  normal  0.583386 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0072  tRNA-Tyr  90 
 
 
86 bp  48.1  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  1.72192e-06  normal  0.224883 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0059  tRNA-Tyr  90 
 
 
86 bp  48.1  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  1.11463e-09  hitchhiker  6.93164e-07 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0063  tRNA-Tyr  90 
 
 
86 bp  48.1  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3765  tRNA-Tyr  90 
 
 
86 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  1.59613e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0079  tRNA-Tyr  90 
 
 
86 bp  48.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  2.87408e-11  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0050  tRNA-Tyr  90 
 
 
86 bp  48.1  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00161887  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3087  tRNA-Tyr  90 
 
 
86 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  1.00368e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0061  tRNA-Tyr  90 
 
 
86 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  7.82814e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0015  tRNA-Tyr  91.67 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.914639  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0012  tRNA-Tyr  90 
 
 
86 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  8.28702e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0011  tRNA-Tyr  90 
 
 
86 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  5.61505e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0020  tRNA-Tyr  90 
 
 
83 bp  48.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  2.30184e-11  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0060  tRNA-Tyr  90 
 
 
86 bp  48.1  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  2.31954e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0057  tRNA-Tyr  90 
 
 
86 bp  48.1  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.658819  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1903  tRNA-Tyr  90 
 
 
86 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  4.31131e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3189  tRNA-Tyr  90 
 
 
86 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  5.33959e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3797  tRNA-Tyr  90 
 
 
86 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  3.92981e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Tyr-3  tRNA-Tyr  90 
 
 
86 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000509746  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0025  tRNA-Tyr  90 
 
 
86 bp  48.1  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.578313  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0068  tRNA-Tyr  90 
 
 
86 bp  48.1  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.544581  normal  0.0861147 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0037  tRNA-Tyr  91.43 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0466069  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4565  tRNA-Tyr  93.55 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.795414  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0024  tRNA-Tyr  93.55 
 
 
83 bp  46.1  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t23  tRNA-Tyr  93.55 
 
 
82 bp  46.1  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.676233  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0016  tRNA-Tyr  93.55 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.291032 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0021  tRNA-Tyr  84.13 
 
 
86 bp  46.1  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  5.5523e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0004  tRNA-Tyr  93.55 
 
 
83 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.216119  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0017  tRNA-Tyr  93.55 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.411262  normal  0.2939 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0055  tRNA-Tyr  93.55 
 
 
82 bp  46.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  6.70702e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0011  tRNA-Tyr  93.55 
 
 
83 bp  46.1  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  2.14053e-05  hitchhiker  0.00323075 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t09  tRNA-Tyr  93.55 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  1.4277e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1215  tRNA-Tyr  93.55 
 
 
87 bp  46.1  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0016  tRNA-Tyr  93.55 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0163881 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0034  tRNA-Tyr  93.55 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0024  tRNA-Ser  96.15 
 
 
90 bp  44.1  0.005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.771773  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1193  tRNA-OTHER  100 
 
 
72 bp  44.1  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.000739328  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0047  tRNA-Tyr  96.15 
 
 
86 bp  44.1  0.005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000137446  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>