More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrub_2558 on replicon NC_013946
Organism: Meiothermus ruber DSM 1279



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013946  Mrub_2558  TRAP dicarboxylate transporter subunit DctP  100 
 
 
325 aa  667  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  1.08386e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1774  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  53.48 
 
 
331 aa  371  1e-101  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3258  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  54.52 
 
 
328 aa  351  9e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.504084  normal  0.478184 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0611  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  48.32 
 
 
336 aa  326  3e-88  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  6.92559e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0597  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  48.32 
 
 
336 aa  326  3e-88  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  1.35069e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0422  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  37.05 
 
 
335 aa  232  8e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0386789 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0039  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  32.78 
 
 
320 aa  193  4e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4705  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  32.47 
 
 
328 aa  179  6e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4968  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.62 
 
 
325 aa  159  4e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.565249  normal  0.0876264 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3902  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  28.89 
 
 
324 aa  135  6e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0643876  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4041  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  30.9 
 
 
331 aa  136  6e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4043  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  29.58 
 
 
327 aa  134  1e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.187299  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0493  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  29.41 
 
 
336 aa  130  2e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.285006 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4042  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  29.52 
 
 
330 aa  131  2e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.941259  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1733  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  27.69 
 
 
328 aa  128  1e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000308967  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1539  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  28.52 
 
 
337 aa  127  3e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.268114  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0786  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  29.5 
 
 
331 aa  127  3e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2976  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  28.57 
 
 
322 aa  125  7e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0178108  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0043  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  26.54 
 
 
318 aa  124  2e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1275  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  27.21 
 
 
336 aa  123  4e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0470295  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6105  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  29.52 
 
 
330 aa  123  4e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0719  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  28.84 
 
 
338 aa  122  6e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6902  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  29.25 
 
 
345 aa  122  7e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2372  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  27.46 
 
 
338 aa  120  2e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0135  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  28.19 
 
 
324 aa  120  3e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0289854  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2784  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  27.68 
 
 
330 aa  120  3e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0226757  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1438  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  28.62 
 
 
338 aa  120  3e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.597094 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2804  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  27.02 
 
 
339 aa  119  5e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.433152  normal  0.469505 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3079  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  28.95 
 
 
339 aa  119  9e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3341  hypothetical protein  24.73 
 
 
324 aa  119  9e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.699949  normal  0.164593 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2280  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  30.77 
 
 
325 aa  118  1e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1537  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  28.84 
 
 
345 aa  117  2e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.441099 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2993  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  27.24 
 
 
334 aa  117  2e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00571621  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3270  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, periplasmic component  27.42 
 
 
337 aa  117  2e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.243033 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0259  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  24.73 
 
 
324 aa  117  2e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5723  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  28.68 
 
 
335 aa  117  4e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3043  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  26.91 
 
 
333 aa  116  6e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.732321 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0561  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  29.35 
 
 
344 aa  115  7e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.471282  normal  0.306024 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1605  TRAP dicarboxylate family transporter DctP subunit  24.73 
 
 
324 aa  115  7e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0380662  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2952  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  28.03 
 
 
341 aa  115  8e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2479  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  25.62 
 
 
336 aa  115  8e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0731  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  32.5 
 
 
328 aa  115  1e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3433  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  25.96 
 
 
335 aa  115  1e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.386998  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3902  TRAP transporter solute receptor DctP family protein  27.76 
 
 
328 aa  114  2e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4076  TRAP transporter solute receptor DctP family protein  27.76 
 
 
328 aa  114  2e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3964  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  28.11 
 
 
328 aa  114  2e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.363818  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2757  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  25.93 
 
 
346 aa  114  3e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.191967  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0131  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  27.76 
 
 
328 aa  113  4e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0135  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  27.76 
 
 
328 aa  113  4e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4868  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  25.84 
 
 
330 aa  113  4e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.13349  normal  0.332179 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3783  TRAP transporter solute receptor DctP family protein  27.76 
 
 
328 aa  113  4e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03382  hypothetical protein  27.76 
 
 
328 aa  113  4e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.867398  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03431  predicted transporter  27.76 
 
 
328 aa  113  4e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.853726  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1540  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  26.99 
 
 
332 aa  113  4e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.285208  normal  0.0681608 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2443  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  28.95 
 
 
323 aa  113  5e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3809  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  27.39 
 
 
323 aa  112  6e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0641152 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4765  TRAP transporter solute receptor DctP family protein  27.39 
 
 
323 aa  112  6e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.844835  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4674  TRAP transporter solute receptor DctP family protein  27.39 
 
 
323 aa  112  6e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.841471 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4448  TRAP transporter solute receptor DctP family protein  27.39 
 
 
323 aa  112  6e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0368  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  25.28 
 
 
340 aa  112  7e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3447  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  26.13 
 
 
349 aa  112  1e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.890437  normal  0.0946211 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0919  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  25 
 
 
330 aa  112  1e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.110348  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0123  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  27.59 
 
 
337 aa  112  1e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8628  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  26.62 
 
 
328 aa  112  1e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4385  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  27.99 
 
 
338 aa  111  1e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.305111  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7227  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  28.92 
 
 
341 aa  110  2e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5742  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, binding periplasmic protein (DctP subunit)  28.45 
 
 
332 aa  111  2e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.551503  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1377  C4-dicarboxylate-binding periplasmic protein  27 
 
 
321 aa  111  2e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0438  TRAP dicarboxylate transporter, periplasmic ligand binding subunit DctP  28.92 
 
 
341 aa  110  2e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2686  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  27.01 
 
 
339 aa  111  2e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0789  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  26.28 
 
 
328 aa  111  2e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0958  TRAP dicarboxylate transporter  31.58 
 
 
326 aa  111  2e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.674704 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1798  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  25.25 
 
 
330 aa  110  4e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.135903  hitchhiker  0.000287044 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4816  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  25.89 
 
 
337 aa  110  4e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.244366 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3220  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  27.8 
 
 
324 aa  110  4e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3954  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  23.49 
 
 
335 aa  110  4e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.599308  normal  0.261189 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5228  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  28.37 
 
 
346 aa  110  5e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.379056  normal  0.0433147 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5644  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  27.51 
 
 
339 aa  109  7e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.331472  hitchhiker  0.00217249 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2567  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  27.14 
 
 
337 aa  108  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0507413  hitchhiker  1.75996e-09 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1744  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  23.94 
 
 
323 aa  108  1e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5668  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  26.15 
 
 
337 aa  108  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.889087  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0407  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  25.19 
 
 
346 aa  108  1e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1442  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  25 
 
 
336 aa  108  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.201981  hitchhiker  1.83061e-05 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1588  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  28.1 
 
 
335 aa  108  1e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  4.66861e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1932  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  25.39 
 
 
335 aa  108  2e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3009  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  25.61 
 
 
344 aa  108  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5944  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  28.57 
 
 
340 aa  108  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0162589  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6992  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  25.64 
 
 
343 aa  108  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.170519  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5094  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  25.89 
 
 
338 aa  108  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.122319  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0762  C4-dicarboxylate transport system, periplasmic component  26.1 
 
 
328 aa  107  2e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1941  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  23.94 
 
 
323 aa  107  3e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0800788  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4295  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  25.83 
 
 
330 aa  107  3e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.823966 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3520  trap dicarboxylate transporter DctP subunit  25.85 
 
 
327 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.656034  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3425  trap dicarboxylate transporter subunit DctP  25.85 
 
 
327 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.715099  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04932  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system periplasmic component  27.97 
 
 
347 aa  107  3e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4271  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  29.86 
 
 
330 aa  107  3e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2260  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  26.67 
 
 
334 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0772671  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3419  trap transporter solute receptor  25.85 
 
 
327 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.670449  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3350  trap transporter solute receptor, dctp family  25.85 
 
 
327 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2135  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  28.37 
 
 
365 aa  106  4e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>