179 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrub_2452 on replicon NC_013946
Organism: Meiothermus ruber DSM 1279



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  100 
 
 
419 aa  856  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0836  type I restriction-modification system S subunit  55.81 
 
 
416 aa  432  1e-120  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.444813  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2415  restriction modification system DNA specificity domain  49.41 
 
 
418 aa  367  1e-100  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.589349  normal  0.260014 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2791  type I restriction-modification system, S subunit  49.41 
 
 
418 aa  367  1e-100  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  49.66 
 
 
447 aa  367  1e-100  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.539395  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4778  restriction modification system DNA specificity subunit  45 
 
 
415 aa  346  3e-94  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.16943  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2016  restriction modification system DNA specificity subunit  43.59 
 
 
417 aa  326  5e-88  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0839323  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2909  restriction modification system DNA specificity subunit  42.82 
 
 
440 aa  308  1e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  48.83 
 
 
549 aa  290  3e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0287  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  41.25 
 
 
471 aa  286  5e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1087  type I restriction-modification system, S subunit  37.06 
 
 
422 aa  263  5e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247708  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  43.01 
 
 
432 aa  230  3e-59  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  33.25 
 
 
397 aa  230  4e-59  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0549  restriction modification system DNA specificity subunit  34.33 
 
 
385 aa  221  2e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.29 
 
 
413 aa  212  8e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.17 
 
 
388 aa  209  9e-53  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  37.95 
 
 
429 aa  204  3e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3129  restriction modification system DNA specificity subunit  32.58 
 
 
416 aa  196  8e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.343622  normal  0.0250234 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2285  hypothetical protein  35.4 
 
 
425 aa  188  1e-46  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0313194  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3297  restriction modification system DNA specificity subunit  36.78 
 
 
430 aa  187  4e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000489204 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1103  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.77 
 
 
400 aa  175  2e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0442932  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0637  restriction modification system DNA specificity domain  31.69 
 
 
422 aa  167  3e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1037  restriction modification system DNA specificity domain  32.6 
 
 
364 aa  166  5e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0890662  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3768  restriction modification system DNA specificity subunit  44.51 
 
 
374 aa  160  4e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.36553  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1360  restriction modification system DNA specificity subunit  27.19 
 
 
453 aa  150  4e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  28.98 
 
 
424 aa  148  2e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3757  restriction modification system S subunit  30.25 
 
 
436 aa  146  7e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.386531  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1094  restriction modification system DNA specificity domain protein  39.2 
 
 
205 aa  144  4e-33  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0782363  normal  0.473834 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1941  restriction endonuclease S subunits-like  30.36 
 
 
451 aa  141  2e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0182546  normal  0.0682578 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.29 
 
 
428 aa  140  3e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  29.47 
 
 
420 aa  139  1e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1218  restriction modification system DNA specificity subunit  40.24 
 
 
351 aa  138  2e-31  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.67755  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0006  restriction modification system, type I  31 
 
 
412 aa  133  7e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1307  restriction modification system DNA specificity subunit  29.76 
 
 
285 aa  131  2e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.186237 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4472  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.53 
 
 
428 aa  131  2e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2910  putative type I restriction-modification system, S subunit  32.06 
 
 
373 aa  128  2e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1710  restriction modification system DNA specificity subunit  43.04 
 
 
414 aa  127  3e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1095  hypothetical protein  30.29 
 
 
401 aa  127  4e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2742  type I restriction-modification system specificity determinant  35.53 
 
 
398 aa  127  5e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.971087  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0223  putative HsdS protein  27.37 
 
 
438 aa  125  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2722  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.11 
 
 
385 aa  122  8e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0871  restriction modification system DNA specificity subunit  37.91 
 
 
211 aa  122  9e-27  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  34.3 
 
 
511 aa  122  1e-26  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  28.66 
 
 
429 aa  120  4e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  36.32 
 
 
476 aa  120  6e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1220  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.58 
 
 
620 aa  117  4e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.12 
 
 
565 aa  117  5e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3382  restriction modification system DNA specificity subunit  28.36 
 
 
485 aa  114  2e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4241  restriction modification system DNA specificity subunit  26.86 
 
 
411 aa  114  3e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.491612  hitchhiker  0.00127278 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4163  restriction modification system DNA specificity subunit  27.5 
 
 
405 aa  114  4e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.864984  normal  0.0584456 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.13 
 
 
442 aa  114  4e-24  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  26.07 
 
 
439 aa  110  4e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0005  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.86 
 
 
378 aa  110  5e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3499  restriction modification system DNA specificity subunit  34.78 
 
 
405 aa  108  2e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.082109 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3144  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.98 
 
 
412 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.527027  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1808  restriction modification system DNA specificity subunit  26.22 
 
 
483 aa  104  4e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.300643  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  26.32 
 
 
456 aa  99.8  8e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  24.8 
 
 
392 aa  97.4  4e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  27.86 
 
 
426 aa  96.7  7e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12768  type I restriction/modification system specificity determinant hsdS.1  51.65 
 
 
91 aa  95.9  1e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1219  restriction modification system DNA specificity domain  25.15 
 
 
412 aa  95.9  1e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4007  restriction endonuclease S subunits-like  23.83 
 
 
412 aa  94.4  3e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  23.54 
 
 
425 aa  93.2  8e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  37.14 
 
 
450 aa  92.4  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2237  restriction modification system DNA specificity subunit  26.27 
 
 
412 aa  90.1  7e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  28.9 
 
 
409 aa  89.7  9e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0035  hypothetical protein  27.08 
 
 
400 aa  88.2  3e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.89444 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1566  restriction modification system DNA specificity subunit  26.19 
 
 
403 aa  85.9  1e-15  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0293394  unclonable  1.92379e-05 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.87 
 
 
457 aa  85.9  1e-15  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1176  restriction modification system DNA specificity subunit  27.43 
 
 
408 aa  85.5  1e-15  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.882603  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.05 
 
 
424 aa  85.1  2e-15  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  26.55 
 
 
426 aa  84.7  3e-15  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2673  restriction modification system DNA specificity subunit  36.31 
 
 
415 aa  84.7  3e-15  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.574489 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2665  type I restriction-modification system specificity subunit  25.73 
 
 
446 aa  83.2  9e-15  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0650221  normal  0.332066 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  26.89 
 
 
453 aa  82.8  9e-15  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0808  specificity determinant HsdS-like  31.21 
 
 
363 aa  81.6  2e-14  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.361917  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.65 
 
 
442 aa  81.6  2e-14  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4348  restriction modification system DNA specificity subunit  30.6 
 
 
363 aa  82.4  2e-14  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  25.45 
 
 
419 aa  81.6  2e-14  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  unclonable  4.06123e-05 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1536  hypothetical protein  23.61 
 
 
380 aa  80.9  4e-14  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00344436  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  30.07 
 
 
387 aa  80.9  4e-14  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  22.88 
 
 
427 aa  80.1  7e-14  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1122  restriction endonuclease S subunits-like  27.48 
 
 
428 aa  78.6  2e-13  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.878738  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003235  type I restriction-modification system specificity subunit S  29.04 
 
 
437 aa  78.6  2e-13  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.18 
 
 
493 aa  78.6  2e-13  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2467  restriction modification system DNA specificity domain  24.87 
 
 
438 aa  77.8  3e-13  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0987  restriction modification system DNA specificity subunit  29.88 
 
 
390 aa  76.3  9e-13  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  30.82 
 
 
417 aa  76.3  1e-12  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0895  N-6 DNA methylase  31.94 
 
 
834 aa  75.1  2e-12  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  25.17 
 
 
456 aa  75.1  2e-12  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2988  restriction modification system DNA specificity domain protein  30 
 
 
386 aa  73.6  6e-12  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7555  Restriction endonuclease S subunits-like protein  23.63 
 
 
402 aa  72.8  1e-11  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4083  restriction modification system DNA specificity subunit  20.36 
 
 
409 aa  71.2  3e-11  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2249  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.54 
 
 
384 aa  71.6  3e-11  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.153937  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0504  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.57 
 
 
408 aa  68.9  1e-10  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  26.14 
 
 
427 aa  69.7  1e-10  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2508  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  26.79 
 
 
401 aa  68.9  2e-10  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.39699  normal  0.700746 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  23.87 
 
 
402 aa  68.2  3e-10  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  22.73 
 
 
422 aa  68.2  3e-10  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0333  restriction modification system DNA specificity subunit  23.28 
 
 
371 aa  67.8  3e-10  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>