More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrub_2277 on replicon NC_013946
Organism: Meiothermus ruber DSM 1279



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014212  Mesil_3074  extracellular solute-binding protein family 5  70.64 
 
 
621 aa  881    Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.00000149398  normal  0.300897 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2731  extracellular solute-binding protein family 5  57.49 
 
 
622 aa  728    Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2277  extracellular solute-binding protein family 5  100 
 
 
615 aa  1258    Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00527261  decreased coverage  0.000000000210766 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0324  extracellular solute-binding protein  38.65 
 
 
586 aa  407  1.0000000000000001e-112  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.000000261589  hitchhiker  0.0038707 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5299  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  24.2 
 
 
556 aa  145  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0093  extracellular solute-binding protein  26.9 
 
 
604 aa  144  5e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.503977 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  24.17 
 
 
546 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0197  extracellular solute-binding protein  27.47 
 
 
605 aa  141  3.9999999999999997e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.386701  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3501  extracellular solute-binding protein  24.87 
 
 
639 aa  141  3.9999999999999997e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000268642  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2657  extracellular solute-binding protein  24.7 
 
 
617 aa  133  7.999999999999999e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000297428  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  23.73 
 
 
540 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  23.62 
 
 
538 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0872  extracellular solute-binding protein  25.22 
 
 
541 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00426332  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2049  extracellular solute-binding protein  22.47 
 
 
540 aa  121  3.9999999999999996e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1145  extracellular solute-binding protein  24.16 
 
 
565 aa  121  3.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00838015  normal  0.546746 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3006  extracellular solute-binding protein  24.03 
 
 
528 aa  119  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.165169  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1590  extracellular solute-binding protein family 5  22.64 
 
 
534 aa  119  1.9999999999999998e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0639  extracellular solute-binding protein family 5  25.32 
 
 
580 aa  119  1.9999999999999998e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000307469  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3158  extracellular solute-binding protein  22.93 
 
 
535 aa  117  7.999999999999999e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0788  extracellular solute-binding protein family 5  22.71 
 
 
576 aa  116  8.999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.301156 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  22.28 
 
 
538 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3496  extracellular solute-binding protein  23.08 
 
 
590 aa  115  2.0000000000000002e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1367  extracellular solute-binding protein family 5  25.27 
 
 
577 aa  115  2.0000000000000002e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.0090511  hitchhiker  0.000580883 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1649  extracellular solute-binding protein family 5  22.74 
 
 
584 aa  115  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0936  extracellular solute-binding protein  24.39 
 
 
526 aa  115  3e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2944  extracellular solute-binding protein family 5  24.27 
 
 
587 aa  114  4.0000000000000004e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0305195 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  22.04 
 
 
533 aa  114  7.000000000000001e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1764  extracellular solute-binding protein family 5  23.25 
 
 
526 aa  113  9e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.295464 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2087  extracellular solute-binding protein family 5  23.36 
 
 
522 aa  111  3e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.159106  normal  0.621098 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2870  periplasmic dipeptide transport protein  21.98 
 
 
509 aa  109  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00619899  normal  0.837363 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  26.04 
 
 
536 aa  108  3e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1886  periplasmic dipeptide transport protein precursor  23.37 
 
 
525 aa  107  5e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.105927  normal  0.91526 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  26.65 
 
 
529 aa  107  5e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2564  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  24.25 
 
 
542 aa  107  5e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0172077  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  23.82 
 
 
539 aa  107  9e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0337  extracellular solute-binding protein family 5  22.91 
 
 
581 aa  105  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4719  extracellular solute-binding protein  23.48 
 
 
591 aa  105  2e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.42042  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0910  extracellular solute-binding protein  20.43 
 
 
555 aa  105  2e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.463169  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1810  extracellular solute-binding protein  23.52 
 
 
595 aa  104  4e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1563  extracellular solute-binding protein  20.86 
 
 
588 aa  104  5e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.176735  normal  0.279007 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1663  extracellular solute-binding protein family 5  23.36 
 
 
578 aa  102  1e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0397427  normal  0.183706 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2555  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, oligopeptide/dipeptide-binding protein  21.96 
 
 
580 aa  103  1e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2258  solute-binding family 5 protein  21.96 
 
 
579 aa  103  1e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  23.94 
 
 
559 aa  103  1e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2542  extracellular solute-binding protein  25.05 
 
 
521 aa  102  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0150221  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0585  extracellular solute-binding protein family 5  24.63 
 
 
628 aa  100  5e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.952367  normal  0.0792841 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1172  family 1 extracellular solute-binding protein  23.42 
 
 
594 aa  100  8e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  23.73 
 
 
529 aa  100  8e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0520  extracellular solute-binding protein family 5  23.48 
 
 
545 aa  99.8  1e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2857  extracellular solute-binding protein  23.59 
 
 
593 aa  100  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.358002 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2814  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  24.59 
 
 
521 aa  99  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.1277  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3566  dipeptide/oligopeptide-binding protein  23.51 
 
 
562 aa  99  2e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.672958  normal  0.0864129 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1344  extracellular solute-binding protein  24.38 
 
 
638 aa  99  2e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.439366 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4858  putative ABC transporter, substrate-binding protein  23.96 
 
 
531 aa  99.4  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.185299  normal  0.554017 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1169  oligopeptide-binding protein of oligopeptide ABC transporter  24.38 
 
 
587 aa  99  3e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.317639  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0817  extracellular solute-binding protein  23.24 
 
 
549 aa  98.6  3e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22663  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0982  extracellular solute-binding protein family 5  23.69 
 
 
567 aa  98.2  4e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1564  extracellular solute-binding protein  26.22 
 
 
578 aa  97.4  6e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.00697686  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2321  extracellular solute-binding protein family 5  21.68 
 
 
580 aa  97.4  6e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.815964 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2270  extracellular solute-binding protein family 5  21.68 
 
 
580 aa  97.4  6e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0195  extracellular solute-binding protein  22.4 
 
 
526 aa  97.1  8e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0015  extracellular solute-binding protein family 5  26.87 
 
 
516 aa  97.4  8e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1837  extracellular solute-binding protein family 5  23.61 
 
 
532 aa  97.1  9e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.350378  normal  0.136519 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1143  extracellular solute-binding protein family 5  27.37 
 
 
577 aa  97.1  1e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.0057674  normal  0.283725 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18790  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  24.43 
 
 
540 aa  96.3  1e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00232176  normal  0.206883 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5671  extracellular solute-binding protein  24.28 
 
 
531 aa  96.3  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.880059  normal  0.0905991 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2546  extracellular solute-binding protein  21.55 
 
 
531 aa  96.7  1e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.145645  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1621  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  23.61 
 
 
594 aa  96.3  1e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0947  extracellular solute-binding protein family 5  24.24 
 
 
622 aa  95.9  2e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  22.63 
 
 
532 aa  95.9  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6297  extracellular solute-binding protein family 5  22.96 
 
 
537 aa  96.3  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.346111  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4386  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  19.76 
 
 
529 aa  95.1  3e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.775513  hitchhiker  3.14637e-22 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2335  extracellular solute-binding protein  23.77 
 
 
531 aa  95.5  3e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913035  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4764  extracellular solute-binding protein  25.72 
 
 
539 aa  95.1  3e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3490  extracellular solute-binding protein  25.36 
 
 
529 aa  95.5  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2161  extracellular solute-binding protein family 5  23.41 
 
 
532 aa  95.5  3e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.283164 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0146  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.93 
 
 
539 aa  95.1  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.29775 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4285  extracellular solute-binding protein  22.2 
 
 
530 aa  95.5  3e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.261799  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1440  extracellular solute-binding protein family 5  26.09 
 
 
514 aa  94.4  6e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.136539  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7212  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  25.16 
 
 
531 aa  94  8e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0015  extracellular solute-binding protein family 5  26.87 
 
 
516 aa  93.2  1e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.406265  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0009  extracellular solute-binding protein family 5  24.86 
 
 
544 aa  93.2  1e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327799  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0945  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  20.07 
 
 
528 aa  93.2  1e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00751792  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1000  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  19.76 
 
 
529 aa  92.4  2e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  24.39 
 
 
524 aa  92.4  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0900  extracellular solute-binding protein family 5  23.75 
 
 
561 aa  92  2e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0366  extracellular solute-binding protein family 5  22.43 
 
 
607 aa  91.7  3e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0822  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  19.82 
 
 
528 aa  92  3e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000176887  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0132  extracellular solute-binding protein  22.8 
 
 
532 aa  91.7  4e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0359  extracellular solute-binding protein family 5  21.75 
 
 
607 aa  90.9  6e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0391  extracellular solute-binding protein  23.14 
 
 
522 aa  90.5  9e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1386  extracellular solute-binding protein  22.22 
 
 
578 aa  90.1  1e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.37673  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1300  extracellular solute-binding protein  23.45 
 
 
526 aa  90.1  1e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.901266 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07058  hypothetical protein  23.57 
 
 
559 aa  89.7  1e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0266  extracellular solute-binding protein family 5  20.35 
 
 
575 aa  89.7  2e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0205  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  23.38 
 
 
575 aa  89  2e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0008  extracellular solute-binding protein family 5  24.23 
 
 
544 aa  89  2e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00260142  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0245  oligopeptide-binding protein OppA  21.31 
 
 
575 aa  89.4  2e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0551474  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2857  putative oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  23.24 
 
 
532 aa  89.7  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.207734 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0940  extracellular solute-binding protein family 5  21.2 
 
 
559 aa  89  2e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>