More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrub_0416 on replicon NC_013946
Organism: Meiothermus ruber DSM 1279



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013946  Mrub_0416  TRAP dicarboxylate transporter subunit DctP  100 
 
 
360 aa  731  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  4.42775e-07  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0449  Extracellular solute-binding protein, family 7  59.27 
 
 
360 aa  460  1e-128  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00145503  normal  0.0293677 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0883  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  58.95 
 
 
364 aa  449  1e-125  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.550638  hitchhiker  3.07081e-06 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1951  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  56.47 
 
 
371 aa  444  1e-123  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.29119 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4421  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  56.35 
 
 
368 aa  438  1e-122  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0066  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  63.53 
 
 
403 aa  432  1e-120  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  5.58926e-06  hitchhiker  0.00313159 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4010  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  62.57 
 
 
403 aa  430  1e-119  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  7.9745e-08  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3338  hypothetical protein  57.75 
 
 
358 aa  422  1e-117  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2999  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  55.16 
 
 
379 aa  420  1e-116  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3120  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  55.16 
 
 
379 aa  420  1e-116  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0172761  normal  0.942467 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28431  TRAP-T family tripartite transporter, substrate binding protein  55.31 
 
 
374 aa  421  1e-116  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.986733 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4422  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  55.42 
 
 
361 aa  392  1e-108  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4830  Extracellular solute-binding protein  50.41 
 
 
370 aa  388  1e-107  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.18293 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2164  transporter, periplasmic component  54.08 
 
 
356 aa  388  1e-107  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0458836 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4196  family 1 extracellular solute-binding protein  57.06 
 
 
333 aa  382  1e-105  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3063  TRAP dicarboxylate transporter DctM subunit  54.24 
 
 
402 aa  380  1e-104  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0234034  hitchhiker  0.000132937 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3328  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  53.65 
 
 
363 aa  378  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0914439  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2644  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  55.01 
 
 
373 aa  381  1e-104  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.841176  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4720  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  50.7 
 
 
364 aa  377  1e-103  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.607383  normal  0.0697574 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3466  putative periplasmic mannitol-binding protein  51.4 
 
 
363 aa  375  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.577251 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0598  twin-arginine translocation pathway signal  48.9 
 
 
362 aa  373  1e-102  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1273  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  50.72 
 
 
360 aa  369  1e-101  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3467  putative periplasmic mannitol-binding protein  50 
 
 
362 aa  369  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.526214 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0528  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  50.72 
 
 
360 aa  361  9e-99  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1474  twin-arginine translocation pathway signal  50 
 
 
362 aa  361  1e-98  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.112522  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2067  twin-arginine translocation pathway signal  49.72 
 
 
362 aa  361  1e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270219  normal  0.0802358 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3374  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  48.19 
 
 
368 aa  360  2e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.626283  normal  0.630322 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3676  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  48.19 
 
 
368 aa  359  4e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.318097 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1216  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  48.03 
 
 
362 aa  359  5e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1686  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  46.91 
 
 
365 aa  358  9e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.846032  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2835  putative exported solute binding protein  45 
 
 
360 aa  357  2e-97  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3392  twin-arginine translocation pathway signal  48.88 
 
 
362 aa  357  2e-97  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1749  twin-arginine translocation pathway signal  48.18 
 
 
359 aa  356  4e-97  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0960995 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2049  twin-arginine translocation pathway signal  48.6 
 
 
362 aa  356  4e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.207546 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2188  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  48.6 
 
 
363 aa  355  1e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0149275  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3789  periplasmic mannitol-binding protein  47.08 
 
 
368 aa  352  8e-96  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1748  twin-arginine translocation pathway signal  46.5 
 
 
359 aa  350  3e-95  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1750  twin-arginine translocation pathway signal  45.28 
 
 
359 aa  348  1e-94  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3396  twin-arginine translocation pathway signal  48.47 
 
 
397 aa  346  3e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.485475  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7131  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  48.6 
 
 
359 aa  343  2e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1558  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  46.74 
 
 
368 aa  343  3e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.197764  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3543  twin-arginine translocation pathway signal  47.55 
 
 
379 aa  342  7e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.568783  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2016  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  44.44 
 
 
359 aa  341  1e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0633546  normal  0.0167782 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0446  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  47.9 
 
 
372 aa  340  3e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00272496  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2873  twin-arginine translocation pathway signal  44.44 
 
 
359 aa  335  5e-91  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0345  extracellular solute-binding protein  47.56 
 
 
372 aa  333  2e-90  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.658083  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1733  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  47.19 
 
 
365 aa  333  2e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0097  TRAP-T family sorbitol/mannitol periplasmic binding protein SmoM  46.91 
 
 
365 aa  332  5e-90  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.410099  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1554  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  43.21 
 
 
360 aa  328  8e-89  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1502  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  43.98 
 
 
360 aa  328  9e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6361  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  48.04 
 
 
359 aa  328  9e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.104437 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1224  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  43.06 
 
 
360 aa  328  1e-88  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2874  twin-arginine translocation pathway signal  42.66 
 
 
361 aa  324  1e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2755  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  45.25 
 
 
373 aa  322  4e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.759944  normal  0.853539 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2532  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  45.25 
 
 
369 aa  322  6e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.403327  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3284  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  43.42 
 
 
360 aa  322  7e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.970201 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0361  extracellular solute-binding protein  47.26 
 
 
317 aa  320  2e-86  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.908183  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2460  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  46.67 
 
 
369 aa  320  3e-86  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.790522  normal  0.16157 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1572  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  44.32 
 
 
360 aa  318  7e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1719  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  46.06 
 
 
368 aa  318  8e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.457663  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2244  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  42.98 
 
 
359 aa  318  1e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.342958  normal  0.0290816 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2243  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  42.38 
 
 
360 aa  315  6e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.273001  normal  0.0162344 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3764  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  47.6 
 
 
379 aa  315  9e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.411475 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1563  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  43.24 
 
 
374 aa  310  2e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0179378  normal  0.0467055 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3285  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  42.86 
 
 
360 aa  309  5e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.960861 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0957  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.61 
 
 
360 aa  299  5e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.861985  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1039  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.61 
 
 
360 aa  299  5e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0821806 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0193  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.56 
 
 
362 aa  293  4e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.320423  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0394  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.86 
 
 
379 aa  289  4e-77  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0331945  hitchhiker  0.00125692 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3763  hypothetical protein  41.18 
 
 
378 aa  288  1e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.854395  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2011  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  42.99 
 
 
366 aa  288  1e-76  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0290842  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4436  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  42.63 
 
 
369 aa  287  2e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.636208 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3619  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  41.95 
 
 
364 aa  284  2e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0946  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  43.03 
 
 
374 aa  283  3e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0598  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  42.41 
 
 
367 aa  282  6e-75  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2542  TRAP-type mannitol/chloroaromatic compound transport system, periplasmic component  41.49 
 
 
363 aa  278  7e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.604361 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0428  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.71 
 
 
387 aa  278  1e-73  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0280038  normal  0.0226901 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4440  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  42.2 
 
 
369 aa  273  3e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.270003 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4441  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  42.01 
 
 
370 aa  273  4e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.135169 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3369  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.24 
 
 
372 aa  270  4e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3441  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.12 
 
 
400 aa  269  7e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.837811  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2882  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  42.9 
 
 
357 aa  268  1e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000710816 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0935  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.56 
 
 
370 aa  267  2e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113128  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0971  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.74 
 
 
371 aa  267  2e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000651502  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0921  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.94 
 
 
400 aa  267  2e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3566  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.63 
 
 
400 aa  266  3e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.123987  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0933  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.56 
 
 
371 aa  266  6e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0329289  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0531  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  43.03 
 
 
369 aa  265  6e-70  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.887659 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1416  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  41.34 
 
 
367 aa  265  8e-70  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0937  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.37 
 
 
369 aa  264  1e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.592464  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0085  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  43.79 
 
 
366 aa  264  2e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4514  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  41.05 
 
 
364 aa  263  5e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4515  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  42.59 
 
 
360 aa  263  5e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1100  extracellular solute-binding protein  38.89 
 
 
370 aa  253  3e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2815  twin-arginine translocation pathway signal  39.56 
 
 
364 aa  248  1e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.793224  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0459  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.86 
 
 
360 aa  247  2e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.141093  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0129  extracellular solute-binding protein  36.75 
 
 
362 aa  245  8e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189544  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0832  Extracellular solute-binding protein  38.24 
 
 
363 aa  244  1e-63  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1560  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.19 
 
 
373 aa  240  3e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.198541  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3477  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.57 
 
 
358 aa  239  7e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>