More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_5337 on replicon NC_010505
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_5337  pseudouridine synthase  100 
 
 
224 aa  439  1e-122  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.588803  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4412  pseudouridine synthase  78.54 
 
 
228 aa  332  3e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  76.96 
 
 
239 aa  328  3e-89  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  76.96 
 
 
249 aa  327  1e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  78.2 
 
 
239 aa  326  2e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3409  pseudouridine synthase  74.43 
 
 
228 aa  319  2e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.386946 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3519  pseudouridine synthase  61.71 
 
 
234 aa  272  4e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.477125  normal  0.108825 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0213  pseudouridine synthase  60 
 
 
240 aa  253  1e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0138576 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  60.27 
 
 
264 aa  251  7e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0315  pseudouridine synthase  54.89 
 
 
264 aa  241  6e-63  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1390  pseudouridine synthase  58.22 
 
 
255 aa  240  1e-62  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.371905  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0311  pseudouridine synthase  58.26 
 
 
234 aa  239  2e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.148955 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0401  pseudouridine synthase  47.84 
 
 
292 aa  224  7e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0208  pseudouridine synthase  65.47 
 
 
322 aa  181  1e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.528553  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0516  pseudouridine synthase  64.49 
 
 
298 aa  176  3e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1376  pseudouridine synthase  47.91 
 
 
250 aa  174  7e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0453774 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0447  pseudouridylate synthase  49.48 
 
 
222 aa  174  1e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.129188  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1043  pseudouridine synthase  50.7 
 
 
227 aa  174  1e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2006  pseudouridine synthase  50.96 
 
 
227 aa  173  2e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.309939  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0361  pseudouridine synthase  62.41 
 
 
300 aa  173  2e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.713326  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0374  putative RNA pseudouridine synthase (Uracil hydrolyase)  61.48 
 
 
295 aa  171  8e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.458686  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0164  RluA family pseudouridine synthase  48.31 
 
 
324 aa  163  2e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2968  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  45.25 
 
 
224 aa  161  8e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.577134 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0864  pseudouridine synthase  52.66 
 
 
224 aa  157  1e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0335511  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  41.67 
 
 
368 aa  156  2e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  36.24 
 
 
307 aa  151  7e-36  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2102  pseudouridine synthase, RluD  43.89 
 
 
405 aa  150  1e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  43.72 
 
 
325 aa  149  3e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  43.3 
 
 
329 aa  146  3e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  41.82 
 
 
436 aa  140  1e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  39.55 
 
 
326 aa  138  7e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2505  RluA family pseudouridine synthase  36.82 
 
 
346 aa  138  8e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0090  pseudouridine synthase, RluA family  36.61 
 
 
349 aa  137  1e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.768556 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  38.14 
 
 
346 aa  137  2e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0966  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  38.84 
 
 
318 aa  136  3e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.948591  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  38.84 
 
 
326 aa  136  3e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  40.81 
 
 
330 aa  135  6e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0391  RluA family pseudouridine synthase  37.71 
 
 
346 aa  134  9e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  38.39 
 
 
313 aa  133  3e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  1.89125e-05  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.5 
 
 
300 aa  132  4e-30  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  4.47138e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6367  RluA family pseudouridine synthase  38.74 
 
 
469 aa  132  4e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.129788  normal  0.347421 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2767  RluA family pseudouridine synthase  40.71 
 
 
330 aa  132  4e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.901259 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7124  pseudouridine synthase, RluA family  39.19 
 
 
457 aa  132  5e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  42.27 
 
 
330 aa  132  6e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.397176 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.77 
 
 
300 aa  132  6e-30  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  2.04845e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.73 
 
 
327 aa  129  4e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  35.53 
 
 
327 aa  129  5e-29  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0291  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.34 
 
 
348 aa  128  9e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.503835  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2620  RluA family pseudouridine synthase  40.11 
 
 
347 aa  128  9e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  38.18 
 
 
329 aa  127  1e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1312  RluA family pseudouridine synthase  35.63 
 
 
350 aa  127  1e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  35.56 
 
 
324 aa  126  2e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  37 
 
 
302 aa  127  2e-28  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0354  pseudouridine synthase, RluA family  38.05 
 
 
446 aa  126  3e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115819  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0857  RluA family pseudouridine synthase  35.9 
 
 
471 aa  126  3e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000295039 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  39.17 
 
 
560 aa  125  3e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4767  RluA family pseudouridine synthase  36.36 
 
 
364 aa  126  3e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305838  hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0018  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (rRNA-uridine isomerase D)  34.09 
 
 
326 aa  125  4e-28  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0278  RluA family pseudouridine synthase  37.05 
 
 
468 aa  125  4e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  36.16 
 
 
327 aa  125  5e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2896  pseudouridine synthase  43.39 
 
 
218 aa  125  5e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.76004  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2133  RluA family pseudouridine synthase  35.11 
 
 
318 aa  125  5e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0322  pseudouridine synthase, RluA family  37.05 
 
 
468 aa  125  6e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.539792  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.59 
 
 
316 aa  124  1e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1394  pseudouridine synthase, RluD  36.32 
 
 
412 aa  124  1e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.377241  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  39.11 
 
 
320 aa  123  2e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  2.67472e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0624  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.63 
 
 
354 aa  123  2e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2989  pseudouridine synthase  38.1 
 
 
548 aa  123  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  39.56 
 
 
316 aa  124  2e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.32 
 
 
312 aa  123  3e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3182  pseudouridine synthase  40.7 
 
 
551 aa  123  3e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.186572  normal  0.110581 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.48 
 
 
308 aa  122  3e-27  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  37.73 
 
 
330 aa  122  3e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.798058 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.12 
 
 
458 aa  123  3e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.3 
 
 
322 aa  122  4e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3831  pseudouridylate synthase  39.52 
 
 
218 aa  122  4e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  32.55 
 
 
293 aa  122  4e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3624  pseudouridine synthase, RluA family  35.87 
 
 
455 aa  122  5e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  38.83 
 
 
319 aa  122  5e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.22 
 
 
307 aa  122  5e-27  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0218  pseudouridine synthase, RluA family  41.82 
 
 
301 aa  121  8e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805878  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0596  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  40.78 
 
 
308 aa  121  8e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  5.79613e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.93 
 
 
333 aa  121  8e-27  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1589  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  40.78 
 
 
308 aa  121  9e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0462053  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0315  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.34 
 
 
348 aa  121  9e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.458148 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1460  pseudouridine synthase  42.19 
 
 
217 aa  121  1e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3403  pseudouridine synthase RluD  35.68 
 
 
501 aa  120  1e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0666836  normal  0.0916306 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1196  pseudouridine synthase, RluA family  32.84 
 
 
307 aa  120  1e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  38.38 
 
 
319 aa  121  1e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2914  pseudouridine synthase  40.2 
 
 
551 aa  120  1e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  40.62 
 
 
310 aa  120  2e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  33.63 
 
 
305 aa  120  2e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0207  pseudouridine synthase, RluA family  41.01 
 
 
302 aa  120  2e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.604096  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1575  pseudouridine synthase, RluD  35.53 
 
 
411 aa  119  3e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.286446  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2335  pseudouridine synthase RluD  36.68 
 
 
453 aa  119  3e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.134936 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0790  RluA family pseudouridine synthase  36.89 
 
 
348 aa  119  3e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.143813  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1374  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.87 
 
 
543 aa  119  3e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.302563 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.34 
 
 
319 aa  119  3e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1931  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.59 
 
 
195 aa  119  4e-26  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.176665  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1884  pseudouridine synthase, RluA family  35.78 
 
 
329 aa  119  4e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0958449  normal  0.0260992 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>