166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_4333 on replicon NC_010505
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_4333  tol-pal system protein YbgF  100 
 
 
329 aa  652  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.105755 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5489  tol-pal system protein YbgF  61.68 
 
 
304 aa  357  2e-97  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.39153  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4842  tol-pal system protein YbgF  60.35 
 
 
341 aa  350  1e-95  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.29028  normal  0.989146 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5310  tol-pal system protein YbgF  61.77 
 
 
341 aa  348  7e-95  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5388  tol-pal system protein YbgF  61.28 
 
 
339 aa  344  1e-93  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.986897  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0281  tol-pal system protein YbgF  62.35 
 
 
313 aa  328  6e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.433103  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0778  tol-pal system protein YbgF  38.38 
 
 
386 aa  197  2e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0520444 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3636  tol-pal system protein YbgF  39.09 
 
 
395 aa  183  4e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.655529  normal  0.139464 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2713  TPR repeat-containing protein  35.12 
 
 
305 aa  166  4e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0957329  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6876  hypothetical protein  33.96 
 
 
348 aa  163  4e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.617207  normal  0.0553562 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3081  Tol-Pal system YbgF  39.29 
 
 
307 aa  155  7e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3508  TPR repeat-containing protein  37.69 
 
 
336 aa  150  3e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.024508  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4143  hypothetical protein  32.52 
 
 
345 aa  143  3e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1315  tol-pal system protein YbgF  31.51 
 
 
345 aa  143  5e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1816  hypothetical protein  32.59 
 
 
321 aa  142  6e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.18225  normal  0.591091 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3169  tetratricopeptide TPR_2  31.1 
 
 
334 aa  135  1e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.36621  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2625  Tol-Pal system YbgF  30.59 
 
 
345 aa  125  7e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.610072  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3493  tol-pal system protein YbgF  30.72 
 
 
328 aa  125  8e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.250731  normal  0.0902147 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3198  tol-pal system protein YbgF  32.45 
 
 
329 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3624  tol-pal system protein YbgF  29.93 
 
 
333 aa  119  6e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2124  Tol-Pal system YbgF  39.84 
 
 
301 aa  108  2e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.186495  normal  0.327311 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1221  Tol-Pal system YbgF  30.9 
 
 
505 aa  107  4e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1693  hypothetical protein  37.23 
 
 
488 aa  96.7  4e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1637  TPR repeat-containing molluscan rhodopsin  37.23 
 
 
488 aa  96.7  5e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2414  hypothetical protein  27.09 
 
 
291 aa  90.9  2e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1281  tol-pal system protein YbgF  34.21 
 
 
266 aa  84  4e-15  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  2.95525e-10  decreased coverage  4.50337e-06 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1096  hypothetical protein  34.86 
 
 
279 aa  82  1e-14  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.2221  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1158  tol-pal system protein YbgF  33.33 
 
 
269 aa  79.3  9e-14  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2954  tol-pal system protein YbgF  33.33 
 
 
269 aa  79  1e-13  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  6.55346e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2866  tol-pal system protein YbgF  33.33 
 
 
269 aa  79  1e-13  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.8827e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1399  tol-pal system protein YbgF  33.33 
 
 
269 aa  79  1e-13  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  3.06098e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3692  tetratricopeptide domain-containing protein  32.82 
 
 
239 aa  77  4e-13  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  8.93452e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0500  tol-pal system protein YbgF  39.45 
 
 
343 aa  76.3  8e-13  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2900  tol-pal system protein YbgF  31.75 
 
 
272 aa  74.3  2e-12  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  1.43705e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1697  tetratricopeptide domain-containing protein  35.19 
 
 
258 aa  75.1  2e-12  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  5.38849e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1251  tol-pal system protein YbgF  34.21 
 
 
258 aa  74.3  3e-12  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  6.56344e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2025  hypothetical protein  32.33 
 
 
322 aa  73.9  3e-12  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2196  Tol-Pal system YbgF  31.73 
 
 
262 aa  73.6  5e-12  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.114347  normal  0.506103 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51690  hypothetical protein  32.56 
 
 
274 aa  72.8  7e-12  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  1.28207e-08  hitchhiker  0.000871943 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36620  tol-pal system YbgF-like protein  34.31 
 
 
273 aa  72.8  7e-12  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1279  TPR repeat-containing protein  33.33 
 
 
270 aa  72.8  8e-12  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.131544  normal  0.407975 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3085  tol-pal system protein YbgF  33.33 
 
 
258 aa  72  1e-11  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  2.995e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0531  putative lipoprotein  33.87 
 
 
236 aa  72  1e-11  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4534  TPR repeat-containing protein  32.56 
 
 
274 aa  72.4  1e-11  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0388  tol-pal system protein YbgF  34.62 
 
 
325 aa  71.2  2e-11  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.0022084  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0845  tol-pal system protein YbgF  32.14 
 
 
263 aa  70.9  3e-11  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  1.28041e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0765  tol-pal system protein YbgF  32.14 
 
 
263 aa  70.9  3e-11  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  1.35641e-09  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2913  tol-pal system protein YbgF  32.14 
 
 
263 aa  70.9  3e-11  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  3.29093e-08  normal  0.329929 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0771  tol-pal system protein YbgF  32.14 
 
 
263 aa  70.9  3e-11  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  9.73622e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0796  tol-pal system protein YbgF  32.14 
 
 
263 aa  70.9  3e-11  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.27837e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0664  tol-pal system protein YbgF  32.14 
 
 
263 aa  70.9  3e-11  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.23566e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00691  hypothetical protein  32.14 
 
 
263 aa  70.9  3e-11  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  6.12768e-07  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00702  hypothetical protein  32.14 
 
 
263 aa  70.9  3e-11  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  4.22433e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1224  hypothetical protein  30.43 
 
 
268 aa  70.5  4e-11  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.899362 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1253  Tol-Pal system, YbgF  30.43 
 
 
268 aa  70.1  5e-11  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0226612  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3991  tol-pal system protein YbgF  31.53 
 
 
271 aa  70.1  5e-11  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.721689  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0070  hypothetical protein  34.29 
 
 
272 aa  69.7  6e-11  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0071  tol-pal system protein YbgF  34.29 
 
 
272 aa  69.7  6e-11  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.840894  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1240  tol-pal system protein YbgF  30.67 
 
 
264 aa  69.3  8e-11  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  2.29086e-08  normal  0.061063 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0965  tol-pal system protein YbgF  33.02 
 
 
487 aa  68.9  1e-10  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.666424  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1417  TPR repeat-containing protein  30.95 
 
 
248 aa  68.9  1e-10  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.210206  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2893  tol-pal system protein YbgF  31.25 
 
 
263 aa  68.9  1e-10  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  7.77215e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2020  hypothetical protein  29.87 
 
 
322 aa  68.9  1e-10  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4194  tol-pal system protein YbgF  31.53 
 
 
268 aa  68.9  1e-10  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.90283  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3970  hypothetical protein  30.95 
 
 
272 aa  68.6  2e-10  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.178755  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0846  tol-pal system protein YbgF  32.46 
 
 
262 aa  68.6  2e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00125289  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0813  tol-pal system protein YbgF  32.82 
 
 
262 aa  68.6  2e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0133975  normal  0.688577 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0909  tol-pal system protein YbgF  32.46 
 
 
262 aa  68.2  2e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  1.19726e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0786  tol-pal system protein YbgF  32.46 
 
 
262 aa  68.6  2e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  1.80184e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0877  tol-pal system protein YbgF  32.82 
 
 
262 aa  68.6  2e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  6.91126e-05  normal  0.439363 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4400  hypothetical protein  31.75 
 
 
279 aa  67  4e-10  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.374202  normal  0.949799 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0177  tol-pal system protein YbgF  31.78 
 
 
300 aa  66.6  5e-10  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.46859  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2017  tol system periplasmic component  31.78 
 
 
305 aa  66.6  6e-10  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.2216  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4425  tol-pal system protein YbgF  33.59 
 
 
283 aa  65.5  1e-09  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.667598 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4051  hypothetical protein  33.93 
 
 
243 aa  64.7  2e-09  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0410  hypothetical protein  32.69 
 
 
222 aa  64.7  2e-09  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.96847e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2973  TPR domain-containing protein  34.68 
 
 
266 aa  64.3  3e-09  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.485874  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2227  hypothetical protein  37.04 
 
 
265 aa  63.5  5e-09  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1733  TPR domain-containing protein  27.34 
 
 
263 aa  62.8  7e-09  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.402225  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3515  tol-pal system protein YbgF  33.67 
 
 
283 aa  62.8  9e-09  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  1.2222e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0078  hypothetical protein  30.25 
 
 
327 aa  62.4  1e-08  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0147  TPR repeat-containing protein  35.25 
 
 
257 aa  61.6  2e-08  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1597  hypothetical protein  30.66 
 
 
313 aa  60.8  3e-08  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.214914 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3584  tol-pal system protein YbgF  32.65 
 
 
283 aa  60.8  3e-08  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1464  hypothetical protein  30.51 
 
 
245 aa  60.1  5e-08  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  1.3069e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0729  TPR repeat-containing protein  28.06 
 
 
255 aa  59.7  6e-08  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.032974  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2552  putative lipoprotein  34.31 
 
 
242 aa  59.7  7e-08  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0473  tol-pal system protein YbgF  29.36 
 
 
350 aa  59.7  7e-08  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0955872  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3269  tol-pal system protein YbgF  29.91 
 
 
248 aa  58.5  1e-07  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00753149  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0641  tol-pal system protein YbgF  28.44 
 
 
232 aa  58.5  1e-07  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  3.02592e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1855  tetratricopeptide TPR_2  35.92 
 
 
254 aa  58.9  1e-07  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1529  TPR repeat-containing protein  30.17 
 
 
240 aa  58.5  2e-07  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  2.57088e-08  normal  0.395847 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0465  TPR repeat-containing protein  30.19 
 
 
377 aa  58.2  2e-07  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.992619 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0023  TPR domain-containing protein  29.2 
 
 
278 aa  58.2  2e-07  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.165753  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1900  hypothetical protein  39.33 
 
 
254 aa  57  4e-07  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.311417  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2363  tetratricopeptide TPR_2  34.29 
 
 
283 aa  57.4  4e-07  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.574477 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0484  tol-pal system protein YbgF  25.69 
 
 
318 aa  56.2  7e-07  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2208  Tol-Pal system YbgF  29.41 
 
 
275 aa  56.2  7e-07  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00178877  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0568  tol-pal system protein YbgF  35.35 
 
 
276 aa  56.2  8e-07  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.124562  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2527  hypothetical protein  30.3 
 
 
255 aa  56.2  8e-07  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000191168  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>