More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_2736 on replicon NC_010505
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_2736  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 
201 aa  408  1e-113  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.634457 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0381  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  78.54 
 
 
204 aa  328  2e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.58799 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1882  cold-shock DNA-binding domain protein  83.7 
 
 
189 aa  326  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3196  cold-shock DNA-binding domain protein  85.39 
 
 
181 aa  317  5e-86  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3007  cold-shock protein DNA-binding  79.27 
 
 
202 aa  316  2e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0372335  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3232  cold-shock DNA-binding domain protein  82.22 
 
 
181 aa  311  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.336817 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2530  cold-shock DNA-binding domain protein  72.02 
 
 
219 aa  260  8.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2938  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.02 
 
 
221 aa  260  1e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.645608  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2791  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.64 
 
 
220 aa  257  1e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.190915  normal  0.419031 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2801  cold-shock DNA-binding domain protein  70.83 
 
 
235 aa  256  1e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.674549  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4038  cold-shock DNA-binding protein family protein  72.96 
 
 
217 aa  255  4e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0877657 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.92 
 
 
192 aa  254  5e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0373427  hitchhiker  0.000349803 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1609  cold-shock protein, DNA-binding  70.91 
 
 
217 aa  254  5e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0789892  normal  0.308571 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1550  cold-shock DNA-binding domain protein  70.99 
 
 
192 aa  251  7e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.666809 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1744  cold-shock DNA-binding domain protein  70.99 
 
 
192 aa  250  8.000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000196433  normal  0.915282 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2286  cold shock protein  69.33 
 
 
192 aa  249  3e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00549771  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4174  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.74 
 
 
192 aa  248  6e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.524647  normal  0.907911 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2142  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.52 
 
 
217 aa  244  8e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.584578  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1923  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65 
 
 
193 aa  239  1e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.384724  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1228  cold-shock family protein  64.44 
 
 
193 aa  237  6.999999999999999e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1266  cold-shock family protein  63.89 
 
 
193 aa  234  5.0000000000000005e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.397552  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0551  cold-shock DNA-binding domain protein  66.86 
 
 
189 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1733  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.33 
 
 
197 aa  231  4.0000000000000004e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0834  cold-shock DNA-binding family protein  56.55 
 
 
179 aa  202  3e-51  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.253832  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1552  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.76 
 
 
205 aa  194  6e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.786136  normal  0.720192 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2974  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.5 
 
 
199 aa  184  1.0000000000000001e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.42307 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3010  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.85 
 
 
201 aa  158  6e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.850387  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2557  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.44 
 
 
198 aa  135  4e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.557959  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2474  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.03 
 
 
181 aa  131  6e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.251539  normal  0.0229175 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1498  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.52 
 
 
174 aa  127  1.0000000000000001e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.919918  normal  0.868857 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1788  putative cold shock protein  41.1 
 
 
173 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000033725  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0859  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.51 
 
 
197 aa  118  6e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.384047  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1021  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.07 
 
 
180 aa  114  7.999999999999999e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0436807  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2346  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.07 
 
 
180 aa  114  7.999999999999999e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1149  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.48 
 
 
179 aa  112  3e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  0.000000000107907  normal  0.195461 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1053  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.32 
 
 
180 aa  112  5e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0105  cold-shock DNA-binding domain protein  35.67 
 
 
204 aa  104  8e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.310654  normal  0.194385 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0538  cold-shock DNA-binding domain protein  34.16 
 
 
217 aa  94.4  1e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3142  cold-shock DNA-binding protein family protein  35.25 
 
 
267 aa  90.5  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.11906  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1528  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.75 
 
 
224 aa  90.1  2e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.689513  normal  0.786377 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0192  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  29.55 
 
 
241 aa  84  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.171575  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3723  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.12 
 
 
179 aa  84  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2344  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.73 
 
 
249 aa  83.6  0.000000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.157339 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0346  cold-shock DNA-binding domain protein  28.41 
 
 
242 aa  82.4  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.631485  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2262  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  28.09 
 
 
242 aa  81.3  0.000000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00533118 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0200  cold-shock DNA-binding domain protein  32.91 
 
 
311 aa  78.6  0.00000000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0333811  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0144  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  27.46 
 
 
259 aa  78.6  0.00000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.569824  normal  0.04146 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2901  cold-shock DNA-binding protein family protein  31.79 
 
 
288 aa  78.6  0.00000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.654674 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2279  cold-shock DNA-binding domain protein  29.03 
 
 
310 aa  75.5  0.0000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.703886  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3156  cold-shock DNA-binding domain protein  27.08 
 
 
268 aa  74.3  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04410  cold shock domain protein CspD  33.97 
 
 
317 aa  72.4  0.000000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.528564 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0312  cold-shock DNA-binding domain protein  30.19 
 
 
418 aa  72  0.000000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.147611  hitchhiker  0.000223606 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00593  cold shock protein E  37.68 
 
 
69 aa  67.4  0.0000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.337159  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3002  cold-shock DNA-binding domain protein  37.68 
 
 
69 aa  67.4  0.0000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0574427  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0648  cold shock protein CspE  37.68 
 
 
69 aa  67.4  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00594526  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3021  cold shock protein CspE  37.68 
 
 
69 aa  67.4  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0130834  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3093  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.27 
 
 
72 aa  67.4  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.475725  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2246  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.27 
 
 
67 aa  67.8  0.0000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000000157436  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0675  cold shock protein CspE  37.68 
 
 
69 aa  67.4  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000392249  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00582  hypothetical protein  37.68 
 
 
69 aa  67.4  0.0000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.287726  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0644  cold shock protein CspE  37.68 
 
 
69 aa  67.4  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0784428  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0712  cold shock protein CspE  37.68 
 
 
69 aa  67.4  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0018015  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0538  cold shock protein CspE  37.68 
 
 
69 aa  67.4  0.0000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2140  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.26 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000000648799  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2974  cold shock protein CspE  36.23 
 
 
69 aa  65.9  0.0000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0637761  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0730  cold shock protein CspE  36.23 
 
 
69 aa  65.9  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0567  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.68 
 
 
68 aa  65.9  0.0000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  0.0000000000101913  hitchhiker  0.000143899 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0744  cold shock protein CspE  36.23 
 
 
69 aa  65.9  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.231158  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0788  cold shock protein CspE  36.23 
 
 
69 aa  65.9  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0838453  normal  0.873226 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1159  cold shock protein CspE  36.23 
 
 
69 aa  65.9  0.0000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2894  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.3 
 
 
69 aa  65.9  0.0000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.620309 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0684  cold shock protein CspE  36.23 
 
 
69 aa  65.9  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0670  cold shock protein CspE  36.23 
 
 
69 aa  65.9  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00211319  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0798  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.34 
 
 
68 aa  65.5  0.0000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000106482  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3167  cold-shock DNA-binding domain protein  39.34 
 
 
68 aa  65.5  0.0000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493488  hitchhiker  0.00220171 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  36.23 
 
 
69 aa  65.5  0.0000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0261  cold shock protein CspE  36.23 
 
 
69 aa  65.5  0.0000000006  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4276  cold-shock DNA-binding domain protein  38.71 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1858  cold shock protein CspE  36.23 
 
 
69 aa  65.1  0.0000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0644498  normal  0.32354 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3031  cold shock protein CspE  36.23 
 
 
69 aa  65.1  0.0000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.036334  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0103  cold-shock DNA-binding domain protein  37.5 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2958  cold shock protein CspE  36.23 
 
 
69 aa  65.1  0.0000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0282333  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4386  cold-shock DNA-binding domain protein  38.71 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.490734 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1083  cold-shock DNA-binding domain protein  36.23 
 
 
69 aa  64.7  0.0000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.92 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.68 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1465  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.92 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.359616  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03406  major cold shock protein  38.81 
 
 
70 aa  64.3  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1251  cold-shock DNA-binding domain protein  39.34 
 
 
67 aa  64.3  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.791861  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3877  major cold shock protein  38.81 
 
 
70 aa  64.3  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.76351  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3929  major cold shock protein  38.81 
 
 
70 aa  64.3  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4409  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.68 
 
 
67 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0855  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.34 
 
 
68 aa  64.3  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.563444  normal  0.445485 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  39.34 
 
 
67 aa  63.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3845  major cold shock protein  38.81 
 
 
70 aa  64.3  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.644384  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03357  hypothetical protein  38.81 
 
 
70 aa  64.3  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4033  major cold shock protein  38.81 
 
 
70 aa  64.3  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.661127  normal  0.575238 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4932  major cold shock protein  38.81 
 
 
70 aa  64.3  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.859989 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3757  major cold shock protein  38.81 
 
 
70 aa  64.3  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3970  major cold shock protein  38.81 
 
 
70 aa  64.3  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>