More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_0062 on replicon NC_010505
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_0062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
255 aa  496  1e-139  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710312  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2753  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.73 
 
 
260 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.53957  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.76 
 
 
258 aa  282  3.0000000000000004e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.3 
 
 
257 aa  274  1.0000000000000001e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.807197  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6365  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.55 
 
 
263 aa  265  4e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.54288  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.2 
 
 
251 aa  265  5e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5289  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.96 
 
 
263 aa  265  5.999999999999999e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0559291  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3848  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.23 
 
 
253 aa  252  4.0000000000000004e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.41 
 
 
253 aa  251  8.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4614  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.04 
 
 
250 aa  251  1e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0012  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.2 
 
 
256 aa  249  4e-65  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.777235  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1212  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  52.57 
 
 
253 aa  246  2e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3793  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.55 
 
 
253 aa  242  3e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.6 
 
 
253 aa  241  6e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.42 
 
 
253 aa  241  1e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35950  putative dehydrogenase  55.78 
 
 
255 aa  236  2e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00392824  hitchhiker  0.00000000000000176535 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2794  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  55.38 
 
 
255 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2718  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.8 
 
 
253 aa  233  3e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.410014 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3288  short chain dehydrogenase  47.29 
 
 
260 aa  232  4.0000000000000004e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0233742  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3017  short chain dehydrogenase  45.91 
 
 
260 aa  230  2e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1896  short chain dehydrogenase  45.14 
 
 
260 aa  229  4e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.506281 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2067  short chain dehydrogenase  44.75 
 
 
260 aa  228  9e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0224014 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2348  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.03 
 
 
281 aa  224  1e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3138  short chain dehydrogenase  45.14 
 
 
260 aa  223  2e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0721208  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1985  short chain dehydrogenase  44.4 
 
 
261 aa  221  9e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3083  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.53 
 
 
259 aa  221  9.999999999999999e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.192229  normal  0.191447 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1655  short chain dehydrogenase  44.4 
 
 
261 aa  220  9.999999999999999e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0365832  normal  0.0290451 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3982  short chain dehydrogenase  43.46 
 
 
260 aa  221  9.999999999999999e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0357942 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1568  short chain dehydrogenase  43.14 
 
 
301 aa  214  8e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2673  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.61 
 
 
253 aa  210  2e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.381753  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1358  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.97 
 
 
258 aa  205  5e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.469708  normal  0.558071 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1379  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.75 
 
 
249 aa  204  9e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1448  short chain dehydrogenase  45.14 
 
 
260 aa  204  1e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.213081  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.51 
 
 
255 aa  204  2e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2764  short chain dehydrogenase  43.31 
 
 
258 aa  198  6e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.191986  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1263  short chain dehydrogenase  43.63 
 
 
270 aa  198  7.999999999999999e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6403  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44 
 
 
258 aa  198  9e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1787  short chain dehydrogenase  43.7 
 
 
258 aa  198  9e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1147  short chain dehydrogenase  45.17 
 
 
261 aa  198  9e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0981  2-deoxy-d-gluconate 3-dehydrogenase, putative  44.72 
 
 
249 aa  196  2.0000000000000003e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
257 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000680094  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1363  short chain dehydrogenase  42.91 
 
 
258 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.737736 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0918  putative 2-deoxy-d-gluconate 3-dehydrogenase  44.72 
 
 
249 aa  196  2.0000000000000003e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.311873  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1566  short chain dehydrogenase  43.31 
 
 
258 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.4 
 
 
255 aa  196  4.0000000000000005e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.24294  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
259 aa  193  2e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000516058  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.28 
 
 
254 aa  192  3e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  45.28 
 
 
254 aa  192  4e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0894  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.79 
 
 
266 aa  191  7e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1440  short chain dehydrogenase  44.53 
 
 
260 aa  191  8e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0980  short chain dehydrogenase  44.53 
 
 
260 aa  191  8e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1462  short chain dehydrogenase  44.53 
 
 
260 aa  191  8e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4607  short chain dehydrogenase  44.14 
 
 
260 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0183292  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1387  short chain dehydrogenase  44.09 
 
 
258 aa  189  4e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1347  short chain dehydrogenase  44.09 
 
 
258 aa  188  5.999999999999999e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9124  gluconate 5-dehydrogenase  41.6 
 
 
256 aa  187  2e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.991877  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1115  short chain dehydrogenase  43.92 
 
 
259 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00652763  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1870  short chain dehydrogenase  43.92 
 
 
259 aa  186  4e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0823567  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1692  short chain dehydrogenase  43.92 
 
 
259 aa  186  4e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.749857  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0943  short chain dehydrogenase  43.92 
 
 
259 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0218  short chain dehydrogenase  43.92 
 
 
259 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0481209  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1557  short chain dehydrogenase  43.92 
 
 
259 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396998  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1716  short chain dehydrogenase  43.92 
 
 
259 aa  186  4e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2612  short chain dehydrogenase  42.75 
 
 
259 aa  185  6e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11957  short chain dehydrogenase  40.73 
 
 
255 aa  184  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0556392  normal  0.717734 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1540  gluconate 5-dehydrogenase  38.49 
 
 
255 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0166996  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.8 
 
 
258 aa  181  8.000000000000001e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.332641 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46750  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.89 
 
 
257 aa  181  9.000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.658343  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0659  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.09 
 
 
245 aa  181  1e-44  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.372694  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0947  gluconate 5-dehydrogenase oxidoreductase protein  41.06 
 
 
258 aa  180  2e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.815693 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.71 
 
 
256 aa  180  2e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.872247 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0367  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.21 
 
 
253 aa  180  2e-44  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.228313 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 
255 aa  180  2e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1662  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.24 
 
 
245 aa  178  7e-44  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.6 
 
 
247 aa  178  7e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3895  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.69 
 
 
248 aa  178  8e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.589012  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2494  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.64 
 
 
248 aa  177  1e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000082608  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1438  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.56 
 
 
245 aa  177  1e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2353  gluconate 5-dehydrogenase  42.23 
 
 
262 aa  177  1e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0946  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
255 aa  176  3e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.245481  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  37.74 
 
 
259 aa  176  3e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_642  oxidoreductase, short chain dehydrogenase  39.69 
 
 
265 aa  175  6e-43  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100952  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.89 
 
 
257 aa  175  7e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.313012  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4345  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.03 
 
 
253 aa  174  8e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.108758  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4431  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.03 
 
 
253 aa  174  8e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.564431  normal  0.112699 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.3 
 
 
246 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
255 aa  173  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.199732  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2207  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  45.45 
 
 
256 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3568  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 
253 aa  174  1.9999999999999998e-42  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0232  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.5 
 
 
251 aa  173  1.9999999999999998e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0935  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.76 
 
 
251 aa  173  2.9999999999999996e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2785  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
255 aa  173  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2829  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
255 aa  173  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.150517  normal  0.215397 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.63 
 
 
253 aa  172  3.9999999999999995e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3369  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.76 
 
 
251 aa  172  3.9999999999999995e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.589225 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0987  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.76 
 
 
251 aa  172  3.9999999999999995e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.48 
 
 
257 aa  172  3.9999999999999995e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000174096  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6443  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.22 
 
 
253 aa  172  3.9999999999999995e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.246968  normal  0.169503 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.03 
 
 
256 aa  172  5e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.346824  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0778  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.56 
 
 
249 aa  172  5e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>