More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_0010 on replicon NC_010505
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_0010  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 
289 aa  568  1e-161  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.847041  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0370  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  61.69 
 
 
297 aa  332  5e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0325  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  61.69 
 
 
297 aa  330  1e-89  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.964819  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0401  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  62.46 
 
 
297 aa  330  2e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0492  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  67.42 
 
 
189 aa  228  9e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.6637  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1688  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  63.48 
 
 
186 aa  217  2e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.609877 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3293  exonuclease  40.4 
 
 
314 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.413977  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3096  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  47.75 
 
 
201 aa  176  4e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.316534  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2865  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3-5 exonuclease  42.39 
 
 
207 aa  160  2e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.161368  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2577  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  44.94 
 
 
196 aa  160  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.181188  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1394  DNA polymerase III subunit epsilon  40.56 
 
 
302 aa  160  3e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00500752  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1655  DNA polymerase III subunit epsilon  40.56 
 
 
302 aa  159  4e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.312969  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2838  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  48.28 
 
 
199 aa  149  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.507206  hitchhiker  0.0093058 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0595  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.63 
 
 
170 aa  137  2e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.837923  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.22 
 
 
183 aa  129  5.0000000000000004e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0141  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  46.91 
 
 
177 aa  129  6e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000727822  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2578  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  43.96 
 
 
337 aa  125  1e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0358543  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1948  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  38.27 
 
 
184 aa  120  1.9999999999999998e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.111386  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1982  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.27 
 
 
184 aa  120  1.9999999999999998e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.83 
 
 
210 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2310  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.46 
 
 
336 aa  117  3e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000167854 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1529  DNA polymerase III, epsilon subunit related 3'-5' exonuclease  40.12 
 
 
177 aa  115  6e-25  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1432  exonuclease  36.36 
 
 
184 aa  115  7.999999999999999e-25  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1582  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  42.01 
 
 
176 aa  110  3e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2432  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  41.1 
 
 
164 aa  110  3e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000167398  hitchhiker  0.000000855103 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2129  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  45.52 
 
 
335 aa  109  5e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08390  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  42.57 
 
 
381 aa  103  3e-21  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.69329  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0402  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  36.9 
 
 
179 aa  99.8  5e-20  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000167602  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1746  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.35 
 
 
280 aa  95.1  1e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3538  transposase  39.05 
 
 
282 aa  93.6  3e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.761047 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1633  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.25 
 
 
367 aa  92.4  8e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.117294  hitchhiker  0.000656325 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1294  DNA polymerase III, epsilon subunit related 3'-5' exonuclease  36.02 
 
 
177 aa  92  1e-17  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1663  DNA polymerase III, epsilon subunit or related 3'-5' exonuclease  33.71 
 
 
177 aa  90.9  2e-17  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4454  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.87 
 
 
187 aa  87  3e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000618173 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0330  exonuclease  32.51 
 
 
334 aa  84.7  0.000000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4078  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.69 
 
 
197 aa  84.3  0.000000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1818  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.75 
 
 
180 aa  83.2  0.000000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.562654 
 
 
-
 
NC_002950  PG0223  exonuclease  35.66 
 
 
163 aa  82  0.00000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0132  exonuclease  32.92 
 
 
196 aa  81.3  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.294449  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.14 
 
 
462 aa  72.8  0.000000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2115  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.5 
 
 
921 aa  72  0.00000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  31.68 
 
 
1397 aa  70.9  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2024  Rad3-related DNA helicase  28.66 
 
 
791 aa  70.9  0.00000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.323186  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.92 
 
 
453 aa  69.3  0.00000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0726  DNA polymerase III subunit epsilon  32.85 
 
 
273 aa  69.3  0.00000000008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3631  DNA polymerase III subunit epsilon  28.82 
 
 
315 aa  68.6  0.0000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.095912  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3316  DNA polymerase III subunit epsilon  28.82 
 
 
315 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3622  DNA polymerase III subunit epsilon  28.82 
 
 
315 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000564162 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3719  DNA polymerase III subunit epsilon  29.87 
 
 
315 aa  67.4  0.0000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.128581  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3297  DNA polymerase III subunit epsilon  29.3 
 
 
315 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.413632  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3637  DNA polymerase III subunit epsilon  29.3 
 
 
315 aa  67.4  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00085894  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  30.91 
 
 
1442 aa  67  0.0000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3404  DNA polymerase III subunit epsilon  28.82 
 
 
315 aa  67.4  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3366  DNA polymerase III subunit epsilon  28.82 
 
 
315 aa  67.4  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000146706  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3672  DNA polymerase III subunit epsilon  28.82 
 
 
315 aa  67.4  0.0000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.22056  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1597  DNA polymerase III subunit epsilon  29.3 
 
 
315 aa  67.4  0.0000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0450283  hitchhiker  0.0000576312 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1751  DNA polymerase III subunit epsilon  32.56 
 
 
242 aa  66.2  0.0000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2874  DNA polymerase III subunit epsilon  30 
 
 
244 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0167654  normal  0.331291 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.72 
 
 
721 aa  65.9  0.0000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0816  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.07 
 
 
206 aa  65.9  0.0000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1872  DNA polymerase III subunit epsilon  33.14 
 
 
242 aa  65.9  0.0000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000816139  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.66 
 
 
232 aa  65.9  0.0000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  28.22 
 
 
1433 aa  65.9  0.0000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2092  exodeoxyribonuclease X  33.33 
 
 
232 aa  65.5  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2037  exodeoxyribonuclease X  33.33 
 
 
232 aa  65.9  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0918048 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2032  exodeoxyribonuclease X  33.33 
 
 
232 aa  65.5  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.786881 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0598  DNA polymerase III, alpha subunit  29.75 
 
 
1365 aa  65.1  0.000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0768  exonuclease  33.33 
 
 
207 aa  65.5  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.898331  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1341  DNA polymerase III subunit epsilon  34.19 
 
 
267 aa  65.1  0.000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.426567  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2073  DNA polymerase III subunit epsilon  31.58 
 
 
242 aa  65.1  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.466344  normal  0.632153 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.53 
 
 
565 aa  64.7  0.000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1647  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.83 
 
 
466 aa  64.7  0.000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  33.33 
 
 
242 aa  64.7  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2129  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.92 
 
 
547 aa  64.3  0.000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165153  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4160  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.36 
 
 
218 aa  64.7  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1246  exodeoxyribonuclease X  32.64 
 
 
232 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.940165  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01815  exodeoxyribonuclease X  31.69 
 
 
220 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0016  DNA-directed DNA polymerase  35.66 
 
 
218 aa  63.9  0.000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.169701  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2958  hypothetical protein  33.14 
 
 
617 aa  63.9  0.000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154785  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1788  exodeoxyribonuclease X  30.99 
 
 
220 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0941 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01803  hypothetical protein  31.69 
 
 
220 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  33.33 
 
 
584 aa  63.5  0.000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0803  DNA polymerase III subunit epsilon  31.49 
 
 
244 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1284  DNA polymerase III subunit epsilon  31.49 
 
 
244 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000499827  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1255  DNA polymerase III subunit epsilon  31.75 
 
 
244 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0108719  normal  0.264434 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1371  exodeoxyribonuclease X  32.64 
 
 
232 aa  63.5  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000325159 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  28.02 
 
 
578 aa  63.5  0.000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0016  DNA-directed DNA polymerase  34.97 
 
 
221 aa  63.5  0.000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3956  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.96 
 
 
502 aa  63.5  0.000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.323553  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2686  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.71 
 
 
610 aa  63.2  0.000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.700207  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0863  DNA polymerase III subunit epsilon  30 
 
 
265 aa  63.2  0.000000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1798  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.99 
 
 
220 aa  62.8  0.000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2074  exodeoxyribonuclease X  30.99 
 
 
220 aa  62.8  0.000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1342  exodeoxyribonuclease X  30.99 
 
 
220 aa  62.8  0.000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.214775 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2120  exodeoxyribonuclease X  30.99 
 
 
220 aa  62.8  0.000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3952  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.86 
 
 
169 aa  62.8  0.000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4900  DNA polymerase III subunit epsilon  34.13 
 
 
330 aa  62.8  0.000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.989955  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.93 
 
 
205 aa  62.8  0.000000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4989  DNA polymerase III subunit epsilon  34.13 
 
 
330 aa  62.8  0.000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1935  exodeoxyribonuclease X  30.99 
 
 
220 aa  62.8  0.000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>