More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_5387 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010725  Mpop_5387  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  100 
 
 
342 aa  639    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5309  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  76.95 
 
 
347 aa  444  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4841  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  75.99 
 
 
342 aa  422  1e-117  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0339142  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4334  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  59.24 
 
 
345 aa  283  4.0000000000000003e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.114566 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5490  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  56.37 
 
 
339 aa  253  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3637  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  47.47 
 
 
400 aa  205  1e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.845838  normal  0.200954 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0282  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  56.77 
 
 
344 aa  200  3e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.271533  normal  0.0151148 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0779  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  47.34 
 
 
377 aa  192  5e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0526339 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3082  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  46.38 
 
 
368 aa  192  6e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2711  tRNA(Ile)-lysidine synthase  43.48 
 
 
371 aa  181  2e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.658001  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4744  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  44.38 
 
 
346 aa  178  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1316  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  56 
 
 
346 aa  167  4e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3507  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  41.79 
 
 
345 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.381977  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2362  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  43.88 
 
 
430 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.54755  normal  0.628106 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6875  tRNA(Ile)-lysidine synthase  43.47 
 
 
358 aa  150  3e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.487527  normal  0.0484276 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2125  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.04 
 
 
443 aa  147  2.0000000000000003e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.378443  normal  0.301003 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0978  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  41 
 
 
422 aa  145  1e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0172584  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1817  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  54.23 
 
 
346 aa  143  4e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19753  normal  0.581265 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1114  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  47.6 
 
 
417 aa  138  1e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0822323  normal  0.384948 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4142  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  49.76 
 
 
347 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0689  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  52 
 
 
409 aa  137  2e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.544883  normal  0.119595 
 
 
-
 
NC_002978  WD1254  cell cycle protein MesJ, putative  33.59 
 
 
431 aa  137  4e-31  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1464  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.31 
 
 
464 aa  125  1e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.727377  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1179  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.31 
 
 
464 aa  125  1e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34468  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0074  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.6 
 
 
476 aa  124  2e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0125987  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0061  hypothetical protein  34.6 
 
 
476 aa  124  2e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.625972  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0077  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  47.57 
 
 
326 aa  124  2e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2413  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.35 
 
 
450 aa  124  2e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5246  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.47 
 
 
476 aa  123  4e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.320432  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0666  cell cycle protein  43.43 
 
 
412 aa  122  6e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0070  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.89 
 
 
476 aa  123  6e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.278443  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0062  hypothetical protein  34.04 
 
 
476 aa  122  7e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0062  hypothetical protein  34.04 
 
 
476 aa  122  7e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223025  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1097  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.67 
 
 
434 aa  122  7e-27  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.78 
 
 
462 aa  122  7e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0340332  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1551  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.61 
 
 
241 aa  122  8e-27  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000725449 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0058  cell cycle protein  34.04 
 
 
476 aa  122  8e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0071  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.04 
 
 
476 aa  122  8e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17280  hypothetical protein  41.04 
 
 
442 aa  122  9e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0058  cell cycle protein  34.04 
 
 
476 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.68 
 
 
464 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0079  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.67 
 
 
509 aa  120  1.9999999999999998e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0441  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  46.39 
 
 
321 aa  120  3e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.226465  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0878  cell cycle protein MesJ  35.96 
 
 
433 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.04 
 
 
476 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0321  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  38.81 
 
 
682 aa  119  4.9999999999999996e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.124455 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2319  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.93 
 
 
412 aa  119  6e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.074868  normal  0.706957 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.04 
 
 
476 aa  119  7e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0068  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.91 
 
 
480 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.552857  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0831  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.74 
 
 
344 aa  117  1.9999999999999998e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.209005  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0565  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.7 
 
 
412 aa  117  3e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4955  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.73 
 
 
324 aa  116  6e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.00345657  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1289  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.86 
 
 
436 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.7067 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1125  PP-loop  44.15 
 
 
484 aa  114  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00891393  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1004  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.41 
 
 
521 aa  114  3e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.925519  normal  0.368038 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0104  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  38.27 
 
 
455 aa  114  3e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0148  MesJ/Ycf62 family protein  31.76 
 
 
432 aa  113  4.0000000000000004e-24  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3492  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.4 
 
 
491 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0309662  normal  0.10805 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0144  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.13 
 
 
472 aa  113  4.0000000000000004e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000175887  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.66 
 
 
471 aa  113  5e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0862311  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1051  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.69 
 
 
442 aa  113  5e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3027  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.76 
 
 
486 aa  112  9e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00722625  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0437  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.33 
 
 
349 aa  112  9e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000203685  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8428  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.08 
 
 
358 aa  112  1.0000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0086  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.98 
 
 
470 aa  111  2.0000000000000002e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0511  PP-loop  31.94 
 
 
342 aa  110  3e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.39 
 
 
454 aa  110  3e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1011  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.36 
 
 
472 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.258759  normal  0.14023 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0959  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.97 
 
 
425 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3251  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.1 
 
 
344 aa  109  6e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0128413  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4065  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.42 
 
 
426 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000422892 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3626  hypothetical protein  39.81 
 
 
454 aa  108  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0712602  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0865  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  39.18 
 
 
676 aa  108  2e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000888188 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1105  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.23 
 
 
472 aa  107  3e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.340413  normal  0.54377 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1618  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.81 
 
 
524 aa  107  4e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0950801 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35710  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.54 
 
 
324 aa  106  6e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.165906  normal  0.743005 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0180  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.64 
 
 
326 aa  106  8e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.591688  normal  0.364393 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3780  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.08 
 
 
336 aa  105  8e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.782786  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1846  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.07 
 
 
388 aa  105  1e-21  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1467  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.45 
 
 
338 aa  105  1e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0235653 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1360  PP-loop  37.61 
 
 
445 aa  104  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2997  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.59 
 
 
323 aa  104  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1594  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.9 
 
 
457 aa  104  2e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0402  tRNA(Ile)-lysidine synthetase, MesJ  30.36 
 
 
430 aa  104  2e-21  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0260657  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0475  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.62 
 
 
449 aa  103  5e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0185  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.27 
 
 
326 aa  103  5e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0228  MesJ/Ycf62 family protein  35.47 
 
 
321 aa  103  6e-21  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.131932  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3197  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.57 
 
 
492 aa  103  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.508884  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1088  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  40.47 
 
 
487 aa  103  6e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00200666  normal  0.0296865 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0149  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.42 
 
 
376 aa  102  7e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3036  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.1 
 
 
440 aa  102  9e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0244601 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4748  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.78 
 
 
333 aa  102  1e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000165031 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0228  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.7 
 
 
473 aa  102  1e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2735  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.39 
 
 
459 aa  102  1e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000920326  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1692  tRNA(Ile)-lysidine synthase  33.62 
 
 
449 aa  102  1e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1810  cell cycle protein MesJ, putative  37.99 
 
 
471 aa  101  2e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0106411  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0996  cell cycle protein  34.47 
 
 
458 aa  101  2e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000144135  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2255  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.96 
 
 
470 aa  101  2e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000164425  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1980  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.7 
 
 
468 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1944  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.78 
 
 
494 aa  100  3e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>