187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_4491 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_4009  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  97.51 
 
 
441 aa  758    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4491  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  100 
 
 
441 aa  871    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4378  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  97.51 
 
 
441 aa  758    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.335616  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5070  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  67.65 
 
 
437 aa  588  1e-167  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0344553 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6026  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  56.03 
 
 
431 aa  427  1e-118  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5803  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  54.85 
 
 
432 aa  419  1e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0144913 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4441  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  34.15 
 
 
437 aa  209  1e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00526852 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3092  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  33.5 
 
 
450 aa  191  2e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.148936 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1313  aromatic hydrocarbon degradation protein  32.42 
 
 
429 aa  178  1e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1758  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.16 
 
 
430 aa  168  2e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.407775  normal  0.7461 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2658  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.86 
 
 
450 aa  159  9e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000308676  normal  0.803813 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2706  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.74 
 
 
400 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.327378  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2596  long chain fatty acid transport protein  31.28 
 
 
405 aa  153  7e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0488563  normal  0.346925 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03551  outer membrane protein  30.4 
 
 
446 aa  152  8.999999999999999e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2013  membrane protein involved in aromatic hydrocarbon degradation  30.3 
 
 
432 aa  151  3e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1767  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.95 
 
 
424 aa  150  5e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0166103  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3004  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.11 
 
 
450 aa  149  7e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.853487  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3059  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.16 
 
 
442 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.292585  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2113  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.42 
 
 
364 aa  147  4.0000000000000006e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.628404  normal  0.519362 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0068  aromatic hydrocarbon degradation protein  29.56 
 
 
417 aa  143  5e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.952244  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2562  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.15 
 
 
429 aa  143  5e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000928224  hitchhiker  0.000000000130731 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0808  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.74 
 
 
415 aa  143  6e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124211  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0035  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.68 
 
 
459 aa  142  9e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.05747  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1720  outer membrane protein  29.05 
 
 
424 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0182152  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1379  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.52 
 
 
450 aa  142  9.999999999999999e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.918562  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47540  putative outer membrane protein precursor  26.97 
 
 
424 aa  138  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.638983 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0397  long-chain fatty acid transport protein  27.83 
 
 
445 aa  138  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000252847 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0350  aromatic hydrocarbon degradation protein  30.55 
 
 
401 aa  137  5e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000805243 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0500  aromatic hydrocarbon degradation protein  29.19 
 
 
420 aa  136  9e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4030  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.05 
 
 
426 aa  136  9e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0150189  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3669  aromatic hydrocarbon degradation protein  28.86 
 
 
427 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.832534  normal  0.097076 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1655  aromatic hydrocarbon degradation protein  26.62 
 
 
423 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0166252  hitchhiker  0.00574559 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0893  outer membrane protein P1, putative  27.93 
 
 
422 aa  132  9e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.325084  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4546  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.17 
 
 
432 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495383  normal  0.0136159 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2482  aromatic hydrocarbon degradation protein  27.59 
 
 
423 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1287  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.86 
 
 
421 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.102696  normal  0.683767 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3793  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.16 
 
 
436 aa  130  4.0000000000000003e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0891393 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0328  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.31 
 
 
447 aa  129  8.000000000000001e-29  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1548  aromatic hydrocarbon degradation protein  27.05 
 
 
442 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000033121  hitchhiker  0.00764259 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03834  Long-chain fatty acid transport protein  26.6 
 
 
464 aa  127  3e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000417169  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4102  outer membrane protein  25.45 
 
 
429 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.630925  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4232  long-chain fatty acid transport protein  28.57 
 
 
437 aa  127  5e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1245  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.69 
 
 
421 aa  127  5e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0947409  normal  0.253916 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0306  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.23 
 
 
449 aa  125  1e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00126384 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1689  aromatic hydrocarbon degradation protein  27.23 
 
 
421 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.918972  normal  0.897129 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3342  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.54 
 
 
436 aa  123  7e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.15331  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002851  long-chain fatty acid transport protein  26.38 
 
 
442 aa  122  9.999999999999999e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3839  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.76 
 
 
430 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000632854  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3824  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.43 
 
 
428 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1252  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.85 
 
 
446 aa  119  7.999999999999999e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.000958296  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03125  hypothetical protein  25 
 
 
429 aa  119  7.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0560  long-chain fatty acid transport protein  25.19 
 
 
432 aa  119  9.999999999999999e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00871251  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3234  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.96 
 
 
420 aa  117  3.9999999999999997e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1410  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.33 
 
 
406 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.343268  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0065  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.46 
 
 
428 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.709413 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3082  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.28 
 
 
416 aa  113  7.000000000000001e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000123053  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0698  long-chain fatty acid transport protein  28.37 
 
 
419 aa  113  8.000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60730  putative outer membrane protein  24 
 
 
463 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1804  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.61 
 
 
426 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.388514  normal  0.581648 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0351  outer membrane protein transport protein  26.87 
 
 
407 aa  110  5e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0140181  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0104  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.32 
 
 
439 aa  110  6e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.881453 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5229  outer membrane protein  23.9 
 
 
482 aa  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3816  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.85 
 
 
450 aa  108  2e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0539  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.89 
 
 
488 aa  108  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2620  long-chain fatty acid outer membrane transporter  26.21 
 
 
437 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0208452  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2745  long-chain fatty acid outer membrane transporter  25.97 
 
 
435 aa  107  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00852795  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2580  long-chain fatty acid outer membrane transporter  25.97 
 
 
435 aa  107  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00696507  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0340  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.12 
 
 
450 aa  107  5e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000312339  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2634  long-chain fatty acid outer membrane transporter  25.97 
 
 
437 aa  107  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0127967  hitchhiker  0.00000000000285546 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2531  long-chain fatty acid outer membrane transporter  25.73 
 
 
435 aa  107  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.876174  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2824  long-chain fatty acid outer membrane transporter  25.94 
 
 
427 aa  106  8e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.489519  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2270  outer membrane protein transport protein  25.06 
 
 
438 aa  104  2e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000125338  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1441  long-chain fatty acid outer membrane transporter  24.81 
 
 
415 aa  105  2e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1585  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.08 
 
 
404 aa  105  2e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2708  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.53 
 
 
413 aa  105  2e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0589559 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0401  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.25 
 
 
449 aa  104  4e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000690815 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0389  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.25 
 
 
449 aa  104  4e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0390  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.01 
 
 
449 aa  103  5e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0415  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.01 
 
 
449 aa  103  5e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000169798 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3757  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.57 
 
 
449 aa  103  9e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0902024 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1710  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.68 
 
 
430 aa  102  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2884  long-chain fatty acid outer membrane transporter  24.16 
 
 
444 aa  102  1e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.576882  normal  0.4259 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3046  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.45 
 
 
430 aa  102  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05817  hypothetical protein  25.33 
 
 
414 aa  101  2e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000183  long-chain fatty acid transport protein  25.67 
 
 
414 aa  101  3e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0205909  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1338  long-chain fatty acid outer membrane transporter  25.45 
 
 
417 aa  100  5e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3521  long-chain fatty acid transport protein, outer membrane protein  23.81 
 
 
407 aa  99.8  9e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1774  hypothetical protein  25.79 
 
 
480 aa  99.4  1e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0339  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.83 
 
 
452 aa  99.4  1e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000148311  normal  0.499418 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3381  long-chain fatty acid outer membrane transporter  25.36 
 
 
440 aa  99  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1551  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.05 
 
 
400 aa  99.4  1e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0286516  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3584  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.87 
 
 
448 aa  98.6  2e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0475  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.81 
 
 
451 aa  98.6  2e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2495  long-chain fatty acid outer membrane transporter  24.82 
 
 
446 aa  98.2  2e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3487  long-chain fatty acid outer membrane transporter  24.82 
 
 
446 aa  98.2  3e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2724  long-chain fatty acid outer membrane transporter  24.82 
 
 
446 aa  98.2  3e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1309  long-chain fatty acid outer membrane transporter  24.82 
 
 
446 aa  98.2  3e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.613202  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2640  long-chain fatty acid outer membrane transporter  24.82 
 
 
446 aa  98.2  3e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1993  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.93 
 
 
412 aa  97.4  4e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.131408  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0339  OMPP1/FadL/TodX family outer membrane protein  25.93 
 
 
409 aa  97.4  4e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.746595  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>