290 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_3834 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_3834  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 79 aa  155  1e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2403  XRE family transcriptional regulator  50.68 
 
 		 75 aa  78.6  0.00000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 230 aa  70.1  0.000000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0914  transcriptional regulator, XRE family  46.99 
 
 		 96 aa  69.7  0.00000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3342  putative transcriptional regulatory protein  55.22 
 
 		 87 aa  69.3  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0179651  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  42.67 
 
 		 78 aa  68.2  0.00000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2793  transcriptional regulator, XRE family  51.52 
 
 		 76 aa  66.2  0.0000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2521  XRE family transcriptional regulator  53.03 
 
 		 86 aa  65.1  0.0000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3171  XRE family transcriptional regulator  50.75 
 
 		 85 aa  65.5  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.83484 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3490  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 76 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.23046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6540  XRE family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 113 aa  63.9  0.0000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4534  helix-turn-helix domain protein  52.38 
 
 		 80 aa  63.9  0.0000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1992  XRE family transcriptional regulator  45.59 
 
 		 74 aa  63.5  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.979113  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0252  XRE family transcriptional regulator  50.91 
 
 		 90 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2445  DNA-binding protein  40.28 
 
 		 101 aa  62.8  0.000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.153574  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 76 aa  62.4  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  42.19 
 
 		 154 aa  61.6  0.000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  51.56 
 
 		 77 aa  61.6  0.000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1848  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 76 aa  61.2  0.000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl455  Cro/CI family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 75 aa  60.8  0.000000006  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  1.33845e-27  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  41.43 
 
 		 76 aa  60.5  0.000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3201  XRE family transcriptional regulator  52.46 
 
 		 78 aa  60.5  0.000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000878656  hitchhiker  0.0000000379296 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0130  XRE family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 78 aa  60.5  0.000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0877719  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3368  XRE family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 78 aa  60.5  0.000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101662 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 78 aa  59.7  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  41.43 
 
 		 154 aa  59.7  0.00000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1991  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 69 aa  59.3  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl067  Cro/CI family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 78 aa  58.5  0.00000003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2338  helix-turn-helix domain protein  42.17 
 
 		 82 aa  58.5  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5723  transcriptional regulator, XRE family  52.83 
 
 		 90 aa  58.2  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118479  normal  0.785242 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0577  XRE family transcriptional regulator  51.43 
 
 		 82 aa  58.2  0.00000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0298135  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  47.06 
 
 		 72 aa  57.4  0.00000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  47.06 
 
 		 77 aa  57.4  0.00000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0713  ribulose-phosphate 3-epimerase  39.44 
 
 		 81 aa  57  0.00000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.625561 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0340  transcriptional regulator, XRE family  42.25 
 
 		 93 aa  57  0.00000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 72 aa  56.6  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 96 aa  56.2  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6563  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 72 aa  56.6  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 76 aa  56.2  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1199  subunit S of type I restriction-modification system  51.52 
 
 		 77 aa  56.2  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0196  subunit S of type I restriction-modification system  51.52 
 
 		 77 aa  56.2  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.525048 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  48.15 
 
 		 75 aa  55.8  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 72 aa  55.8  0.0000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2329  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 100 aa  55.1  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.632323  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1799  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 78 aa  55.1  0.0000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3268  XRE family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 91 aa  55.1  0.0000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 69 aa  54.7  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 84 aa  54.7  0.0000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  45 
 
 		 68 aa  54.7  0.0000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 69 aa  54.7  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 69 aa  54.7  0.0000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1574  XRE family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 57 aa  53.9  0.0000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0843  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 71 aa  53.5  0.0000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00421262 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3624  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 75 aa  53.1  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2294  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  49.09 
 
 		 80 aa  53.1  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00599682  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 70 aa  53.1  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4331  XRE family transcriptional regulator  49.09 
 
 		 88 aa  53.5  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2326  hypothetical protein  40.35 
 
 		 87 aa  52.4  0.000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1052  hypothetical protein  40.35 
 
 		 84 aa  52.4  0.000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 76 aa  52.8  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 76 aa  52.8  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0596  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 90 aa  52.8  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0888  XRE family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 67 aa  52.4  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  51.85 
 
 		 76 aa  51.6  0.000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4255  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 333 aa  52  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000524025 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4216  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 333 aa  52  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1816  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 191 aa  52  0.000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00473491  hitchhiker  0.000617218 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0668  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 87 aa  51.2  0.000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4719  transcriptional regulator, XRE family  39.71 
 
 		 86 aa  51.6  0.000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.155246 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 81 aa  51.2  0.000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5402  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 74 aa  51.2  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0772  putative transcriptional regulator, XRE family  45.76 
 
 		 199 aa  49.7  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3812  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 78 aa  49.7  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.497923 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1033  transcriptional regulator, XRE family  44.26 
 
 		 195 aa  50.1  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1219  putative HTH-type transcriptional regulator  43.64 
 
 		 75 aa  50.1  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.568152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2012  DNA-binding protein  46.43 
 
 		 67 aa  50.1  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0741905  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1109  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 183 aa  49.7  0.00001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46710  putative transcriptional regulator  40.58 
 
 		 216 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0037508  decreased coverage  0.000000167672 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1806  XRE family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 86 aa  49.7  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.579392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 76 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1180  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 81 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.133666  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4980  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 93 aa  49.3  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.213037  normal  0.656597 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6923  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 81 aa  48.9  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.251007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1485  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 75 aa  48.9  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3914  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 84 aa  49.3  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0985  transcriptional regulator, XRE family  37.68 
 
 		 83 aa  49.3  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00196627  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 81 aa  48.5  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0794  transcriptional regulator, XRE family  40.3 
 
 		 101 aa  48.5  0.00003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.382222 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  40.38 
 
 		 67 aa  48.5  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2436  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 68 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.109963  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1021  DNA-binding protein  43.14 
 
 		 180 aa  48.5  0.00003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000053147  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1427  transcriptional regulator, XRE family  42.42 
 
 		 68 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1522  transcriptional regulator, XRE family  42.42 
 
 		 68 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.379498  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3542  XRE family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 81 aa  48.5  0.00003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4174  XRE family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 81 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.852413  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2009  DNA-binding protein  40.32 
 
 		 66 aa  48.1  0.00004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0175635  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4024  putative transcriptional regulator  44.44 
 
 		 195 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.181748  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1357  helix-turn-helix domain-containing protein  41.07 
 
 		 76 aa  47.8  0.00005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.222468  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0078  hypothetical protein  37.31 
 
 		 73 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1579  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 182 aa  47.8  0.00005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.168139  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>