More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_2842 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010725  Mpop_2842  Diaminopimelate epimerase  100 
 
 
296 aa  596  1e-169  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0231315  normal  0.30071 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2947  Diaminopimelate epimerase  94.26 
 
 
296 aa  552  1e-156  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.13292  hitchhiker  0.00138717 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2720  diaminopimelate epimerase  93.92 
 
 
296 aa  548  1e-155  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.991154 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5335  diaminopimelate epimerase  81.44 
 
 
325 aa  474  1e-133  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0183  diaminopimelate epimerase  75.77 
 
 
293 aa  420  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3656  diaminopimelate epimerase  74.06 
 
 
293 aa  410  1e-113  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0381626  hitchhiker  0.0055401 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0215  diaminopimelate epimerase  60.2 
 
 
288 aa  324  9e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.388683  normal  0.0159433 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3404  diaminopimelate epimerase  57.14 
 
 
297 aa  318  9e-86  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.410121 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0372  diaminopimelate epimerase  58.45 
 
 
289 aa  315  5e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.963682  normal  0.800614 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2776  diaminopimelate epimerase  57.43 
 
 
297 aa  315  8e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0505261  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0251  diaminopimelate epimerase  59.32 
 
 
293 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.185112  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0359  diaminopimelate epimerase  59.66 
 
 
293 aa  306  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.281765  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0514  diaminopimelate epimerase  58.5 
 
 
293 aa  305  7e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.2458  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3575  diaminopimelate epimerase  56.42 
 
 
290 aa  297  1e-79  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1850  Diaminopimelate epimerase  56.31 
 
 
290 aa  295  9e-79  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.501367 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3093  diaminopimelate epimerase  57.5 
 
 
292 aa  292  4e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.99362 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3391  diaminopimelate epimerase  54.86 
 
 
293 aa  291  1e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1932  diaminopimelate epimerase  54.96 
 
 
303 aa  290  2e-77  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1859  diaminopimelate epimerase  54.96 
 
 
303 aa  290  2e-77  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.225197  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3748  diaminopimelate epimerase  54.98 
 
 
301 aa  288  9e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0927  diaminopimelate epimerase  57.09 
 
 
300 aa  287  1e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4071  diaminopimelate epimerase  54.64 
 
 
301 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4198  diaminopimelate epimerase  53.38 
 
 
303 aa  259  5.0000000000000005e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1415  diaminopimelate epimerase  52.04 
 
 
293 aa  253  3e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0411  diaminopimelate epimerase  50 
 
 
290 aa  239  5.999999999999999e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.254161  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4868  diaminopimelate epimerase  47.59 
 
 
289 aa  234  2.0000000000000002e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2498  diaminopimelate epimerase  48.62 
 
 
277 aa  224  9e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0760107  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1183  diaminopimelate epimerase  46.53 
 
 
280 aa  220  3e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.147631  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0019  diaminopimelate epimerase  45.36 
 
 
282 aa  210  2e-53  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1402  diaminopimelate epimerase  45.94 
 
 
275 aa  210  3e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0816431  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0523  Diaminopimelate epimerase  43.69 
 
 
279 aa  208  8e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2809  diaminopimelate epimerase  42.36 
 
 
275 aa  207  2e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.241517 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3228  diaminopimelate epimerase  43.75 
 
 
282 aa  204  1e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.0035809  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0019  diaminopimelate epimerase  45.55 
 
 
294 aa  203  3e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0318  diaminopimelate epimerase  41.36 
 
 
281 aa  202  6e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0050  diaminopimelate epimerase  39.48 
 
 
267 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.184283  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2979  diaminopimelate epimerase  45.1 
 
 
278 aa  193  2e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0583058 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2730  diaminopimelate epimerase  43.54 
 
 
268 aa  193  3e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0948067  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0026  diaminopimelate epimerase  39.11 
 
 
267 aa  192  5e-48  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2595  diaminopimelate epimerase  44.41 
 
 
278 aa  192  6e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0936  diaminopimelate epimerase  44.06 
 
 
276 aa  192  8e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2928  diaminopimelate epimerase  44.2 
 
 
274 aa  190  2e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.276892 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0237  diaminopimelate epimerase  43.22 
 
 
277 aa  186  3e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.142779  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0164  diaminopimelate epimerase  39.08 
 
 
277 aa  186  3e-46  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.543882  normal  0.191958 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09711  diaminopimelate epimerase  39.72 
 
 
286 aa  186  3e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.646782  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3088  diaminopimelate epimerase  42.12 
 
 
282 aa  184  1.0000000000000001e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.233699  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1927  diaminopimelate epimerase  41.34 
 
 
280 aa  183  2.0000000000000003e-45  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1738  diaminopimelate epimerase  38.38 
 
 
277 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0004  diaminopimelate epimerase  37.37 
 
 
292 aa  183  3e-45  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0554484  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0912  diaminopimelate epimerase  39.02 
 
 
286 aa  183  3e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09731  diaminopimelate epimerase  39.02 
 
 
286 aa  183  3e-45  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.137092  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0724  diaminopimelate epimerase  38.03 
 
 
277 aa  183  3e-45  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0456566  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1208  diaminopimelate epimerase  41.58 
 
 
263 aa  183  4.0000000000000006e-45  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1173  diaminopimelate epimerase  40.36 
 
 
278 aa  179  4e-44  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.16632  hitchhiker  0.0076294 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1150  Diaminopimelate epimerase  41.58 
 
 
287 aa  179  4.999999999999999e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.756006  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0192  diaminopimelate epimerase  41.03 
 
 
276 aa  177  2e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3100  diaminopimelate epimerase  37.85 
 
 
280 aa  177  3e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.239794  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0395  diaminopimelate epimerase  46.89 
 
 
275 aa  176  3e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.47994  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1418  diaminopimelate epimerase  39.19 
 
 
279 aa  176  4e-43  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.827991  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0495  diaminopimelate epimerase  39.86 
 
 
308 aa  175  7e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0266  diaminopimelate epimerase  41.7 
 
 
276 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11570  Diaminopimelate epimerase  38.04 
 
 
284 aa  174  9.999999999999999e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3975  diaminopimelate epimerase  39.05 
 
 
274 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.525187  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0125  diaminopimelate epimerase  36.56 
 
 
274 aa  173  2.9999999999999996e-42  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0045  Diaminopimelate epimerase  39.02 
 
 
278 aa  173  3.9999999999999995e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09701  diaminopimelate epimerase  37.01 
 
 
286 aa  172  5e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0227672  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2393  diaminopimelate epimerase  39.3 
 
 
276 aa  172  7.999999999999999e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.976013  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0039  diaminopimelate epimerase  39.52 
 
 
292 aa  172  9e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.258665 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3739  diaminopimelate epimerase  43.01 
 
 
278 aa  171  9e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000351695 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3907  Diaminopimelate epimerase  40 
 
 
283 aa  171  1e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.739136  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5143  diaminopimelate epimerase  41.22 
 
 
281 aa  171  1e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.75804e-23 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0185  diaminopimelate epimerase  39.79 
 
 
280 aa  171  1e-41  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00343666  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4166  diaminopimelate epimerase  38.32 
 
 
274 aa  170  3e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0349  diaminopimelate epimerase  37.02 
 
 
293 aa  169  4e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000570655  hitchhiker  0.0000127535 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2326  diaminopimelate epimerase  38.77 
 
 
281 aa  169  4e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2363  Diaminopimelate epimerase  39.72 
 
 
297 aa  169  5e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000154753  hitchhiker  0.00000000163815 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_34582  predicted protein  39.08 
 
 
334 aa  168  9e-41  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5228  diaminopimelate epimerase  42.4 
 
 
287 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2377  diaminopimelate epimerase  38.41 
 
 
281 aa  168  1e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.63698  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5289  diaminopimelate epimerase  42.76 
 
 
276 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2743  diaminopimelate epimerase  39.86 
 
 
288 aa  167  2e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0353205  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2998  diaminopimelate epimerase  39.06 
 
 
292 aa  166  2.9999999999999998e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5499  diaminopimelate epimerase  42.2 
 
 
276 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0033  diaminopimelate epimerase  38.83 
 
 
292 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3688  diaminopimelate epimerase  39.06 
 
 
315 aa  167  2.9999999999999998e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.24568  normal  0.690927 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2992  diaminopimelate epimerase  37.94 
 
 
282 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000459249  normal  0.46742 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3113  diaminopimelate epimerase  40.07 
 
 
277 aa  166  2.9999999999999998e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.534786  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4756  diaminopimelate epimerase  36.43 
 
 
288 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0061  diaminopimelate epimerase  40.49 
 
 
279 aa  166  2.9999999999999998e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03685  diaminopimelate epimerase  38.69 
 
 
274 aa  166  4e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.163573  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4170  Diaminopimelate epimerase  38.69 
 
 
274 aa  166  4e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.837067  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0224  diaminopimelate epimerase  41.84 
 
 
276 aa  166  4e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4328  diaminopimelate epimerase  38.69 
 
 
274 aa  166  4e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0899  diaminopimelate epimerase  39.53 
 
 
294 aa  166  4e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03634  hypothetical protein  38.69 
 
 
274 aa  166  4e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.191697  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4034  diaminopimelate epimerase  38.69 
 
 
274 aa  166  4e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5248  diaminopimelate epimerase  38.69 
 
 
274 aa  166  4e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4175  diaminopimelate epimerase  38.69 
 
 
274 aa  166  4e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0210737 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4198  diaminopimelate epimerase  38.69 
 
 
274 aa  166  4e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.180433  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69690  diaminopimelate epimerase  41.34 
 
 
276 aa  166  5e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0119345  normal  0.292475 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>