More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_2198 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010725  Mpop_2198  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 
201 aa  410  1e-114  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.351873  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2517  transcriptional regulator, XRE family  96.5 
 
 
201 aa  398  9.999999999999999e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2242  helix-turn-helix domain-containing protein  96.5 
 
 
201 aa  398  9.999999999999999e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.453871 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0551  transcriptional regulator, XRE family  80.61 
 
 
198 aa  333  1e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4811  XRE family transcriptional regulator  74.5 
 
 
201 aa  322  2e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00213383 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  64.14 
 
 
232 aa  268  5e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4694  XRE family transcriptional regulator  66.5 
 
 
224 aa  266  2e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.607677 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  62.81 
 
 
225 aa  249  3e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2625  transcriptional regulator, XRE family  56.57 
 
 
217 aa  237  6.999999999999999e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  50.79 
 
 
227 aa  206  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  50.26 
 
 
227 aa  203  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  51.08 
 
 
219 aa  198  5e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3301  XRE family transcriptional regulator  50.26 
 
 
234 aa  197  1.0000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  51.34 
 
 
219 aa  196  1.0000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  46.6 
 
 
215 aa  181  9.000000000000001e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3035  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 
208 aa  168  6e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.348685 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  45.7 
 
 
213 aa  167  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1295  XRE family transcriptional regulator  44.21 
 
 
222 aa  161  6e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.419553 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0165  XRE family transcriptional regulator  43.32 
 
 
200 aa  160  1e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1702  transcriptional regulator, XRE family  42.55 
 
 
218 aa  159  3e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5514  XRE family transcriptional regulator  44.21 
 
 
222 aa  156  2e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.388539 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5265  XRE family transcriptional regulator  43.68 
 
 
219 aa  155  4e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4986  XRE family transcriptional regulator  43.68 
 
 
219 aa  155  4e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4897  XRE family transcriptional regulator  43.68 
 
 
219 aa  155  4e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2858  transcriptional regulator, XRE family  42.25 
 
 
215 aa  154  1e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000622832  normal  0.0374075 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  38.83 
 
 
198 aa  153  1e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4802  helix-turn-helix domain protein  44.21 
 
 
233 aa  153  2e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.329061  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3469  XRE family transcriptional regulator  40.22 
 
 
197 aa  150  8e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  40.44 
 
 
220 aa  149  3e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  41.21 
 
 
212 aa  148  5e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3519  transcriptional regulator, XRE family  40.88 
 
 
210 aa  147  1.0000000000000001e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0116433 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1987  transcriptional regulator, XRE family  39.23 
 
 
187 aa  146  3e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.144245  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2246  XRE family transcriptional regulator  38.59 
 
 
197 aa  145  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2247  transcriptional regulator, XRE family  40.33 
 
 
190 aa  144  6e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2272  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  38.59 
 
 
201 aa  144  9e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.306888  normal  0.104106 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2581  DNA-binding protein  38.04 
 
 
209 aa  143  1e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.449808  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5954  transcriptional regulator, XRE family  39.78 
 
 
187 aa  142  4e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1985  transcriptional regulator, XRE family  38.3 
 
 
190 aa  139  3e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.127285  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5931  transcriptional regulator, XRE family  38.83 
 
 
190 aa  138  4.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1879  transcriptional regulator, XRE family  36.81 
 
 
182 aa  137  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2038  transcriptional regulator  39.01 
 
 
230 aa  137  1e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.547476  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4528  transcriptional regulator, XRE family  39.64 
 
 
173 aa  136  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5833  transcriptional regulator, XRE family  39.05 
 
 
173 aa  135  3.0000000000000003e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4533  transcriptional regulator, XRE family  39.05 
 
 
173 aa  135  4e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4562  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 
173 aa  133  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4828  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 
173 aa  132  3.9999999999999996e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0464638  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  35.29 
 
 
196 aa  97.1  1e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  32.94 
 
 
196 aa  96.3  3e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  30.41 
 
 
198 aa  95.1  6e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  31.1 
 
 
188 aa  89.7  3e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  31.1 
 
 
188 aa  89  4e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  30.95 
 
 
187 aa  88.6  5e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  30.95 
 
 
187 aa  88.6  6e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  33.91 
 
 
199 aa  88.6  6e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  33.91 
 
 
199 aa  88.2  7e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  31.52 
 
 
197 aa  87  2e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1034  transcriptional regulator, XRE family  32.42 
 
 
181 aa  86.7  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000342515  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3025  XRE family transcriptional regulator  28.33 
 
 
281 aa  82.4  0.000000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.925102 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  28.48 
 
 
187 aa  81.6  0.000000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  28.82 
 
 
187 aa  80.5  0.00000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  29.41 
 
 
211 aa  80.5  0.00000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2941  XRE family transcriptional regulator  28.33 
 
 
271 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0631546  normal  0.420407 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3075  XRE family transcriptional regulator  28.33 
 
 
269 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  27.12 
 
 
189 aa  79  0.00000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6377  XRE family transcriptional regulator  28.33 
 
 
286 aa  79  0.00000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  29.31 
 
 
180 aa  78.6  0.00000000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  28.73 
 
 
188 aa  75.9  0.0000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0842  cupin 2 domain-containing protein  31.87 
 
 
188 aa  75.1  0.0000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  27.72 
 
 
187 aa  75.1  0.0000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0311  cupin 2 domain-containing protein  30.32 
 
 
189 aa  74.7  0.0000000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0556  MerR family transcriptional regulator  29.26 
 
 
189 aa  73.9  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  26.95 
 
 
204 aa  72.4  0.000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3049  XRE family transcriptional regulator  26.67 
 
 
259 aa  71.6  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0258201 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  26.6 
 
 
201 aa  71.6  0.000000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  27.27 
 
 
181 aa  71.2  0.000000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2416  XRE family transcriptional regulator  26.67 
 
 
259 aa  71.2  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1649  XRE family transcriptional regulator  27.92 
 
 
181 aa  71.2  0.000000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.176921  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3030  XRE family transcriptional regulator  26.67 
 
 
259 aa  71.2  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  27.27 
 
 
181 aa  70.9  0.00000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
181 aa  70.9  0.00000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  26.62 
 
 
181 aa  70.9  0.00000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  27.27 
 
 
181 aa  70.9  0.00000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  28.49 
 
 
197 aa  70.9  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  26.62 
 
 
181 aa  70.1  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16550  predicted transcriptional regulator  33.13 
 
 
204 aa  70.1  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.45133 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  26.62 
 
 
181 aa  70.1  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  30.05 
 
 
189 aa  69.3  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4838  transcriptional regulator, XRE family  27.75 
 
 
193 aa  69.7  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0168811  hitchhiker  0.0000750229 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  29.17 
 
 
199 aa  69.7  0.00000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4522  transcriptional regulator, XRE family  28.43 
 
 
188 aa  69.3  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0681879  normal  0.0291061 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  32.32 
 
 
292 aa  68.9  0.00000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2327  transcriptional regulator, XRE family  26.32 
 
 
189 aa  68.6  0.00000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1795  DNA-binding protein  25.97 
 
 
181 aa  68.2  0.00000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  30.26 
 
 
192 aa  68.6  0.00000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0108  transcriptional regulator, XRE family  28.34 
 
 
186 aa  68.2  0.00000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4448  XRE family transcriptional regulator  28.05 
 
 
193 aa  67.8  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0311191  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3546  DNA-binding protein  25.97 
 
 
181 aa  67.8  0.0000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  26.99 
 
 
176 aa  67.4  0.0000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  32.56 
 
 
201 aa  67  0.0000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3046  transcriptional regulator  28.42 
 
 
201 aa  67  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.948594  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>