146 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_1972 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_2010  carbohydrate-selective porin OprB  90.61 
 
 
703 aa  1271    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.10211  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1972  Carbohydrate-selective porin OprB  100 
 
 
703 aa  1404    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0983998 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3804  carbohydrate-selective porin OprB  65.82 
 
 
708 aa  914    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0335542 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2286  Carbohydrate-selective porin OprB  90.75 
 
 
703 aa  1272    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.725177 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  46.74 
 
 
710 aa  493  9.999999999999999e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1552  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  41.58 
 
 
598 aa  416  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0187168  normal  0.160619 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  38.66 
 
 
662 aa  415  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  40.66 
 
 
661 aa  411  1e-113  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0329  carbohydrate-selective porin OprB  43.85 
 
 
674 aa  408  1.0000000000000001e-112  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  40.72 
 
 
692 aa  406  1.0000000000000001e-112  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  39.07 
 
 
689 aa  409  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7274  hypothetical protein  38.65 
 
 
693 aa  389  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3415  putative outer membrane protein of unknown function  37.24 
 
 
680 aa  358  2.9999999999999997e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154801  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4249  Carbohydrate-selective porin OprB  38.73 
 
 
670 aa  357  3.9999999999999996e-97  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4992  Carbohydrate-selective porin OprB  45.37 
 
 
498 aa  354  4e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000230615  hitchhiker  0.00966153 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3564  carbohydrate-selective porin OprB  36.61 
 
 
724 aa  352  1e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1131  Carbohydrate-selective porin OprB  44.42 
 
 
446 aa  351  3e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.778341 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1039  Carbohydrate-selective porin OprB  44.42 
 
 
462 aa  351  3e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.661938 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2536  Carbohydrate-selective porin OprB  44.89 
 
 
498 aa  345  1e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.761533 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1195  hypothetical protein  44.42 
 
 
501 aa  338  1.9999999999999998e-91  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.282348  normal  0.538855 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1454  hypothetical protein  33.63 
 
 
665 aa  330  8e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236827  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0411  hypothetical protein  39.13 
 
 
499 aa  310  5.9999999999999995e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0352  carbohydrate-selective porin OprB  40.52 
 
 
492 aa  308  2.0000000000000002e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3545  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  40.88 
 
 
437 aa  296  1e-78  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.339839 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1665  Carbohydrate-selective porin OprB  39.62 
 
 
482 aa  290  6e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2951  Carbohydrate-selective porin OprB  39.62 
 
 
482 aa  290  6e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6797  Carbohydrate-selective porin OprB  36.6 
 
 
458 aa  287  4e-76  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1590  Carbohydrate-selective porin OprB  39.38 
 
 
476 aa  287  5.999999999999999e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1331  carbohydrate-selective porin OprB  37.11 
 
 
494 aa  286  7e-76  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3166  Carbohydrate-selective porin OprB  38.28 
 
 
482 aa  281  4e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.390986  hitchhiker  0.000000000149961 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0647  Carbohydrate-selective porin OprB  35.88 
 
 
472 aa  276  1.0000000000000001e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0703  carbohydrate-selective porin OprB  35.81 
 
 
471 aa  271  2e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4280  carbohydrate-selective porin OprB  38.17 
 
 
478 aa  257  5e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2120  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  35.84 
 
 
490 aa  237  6e-61  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1395  Carbohydrate-selective porin OprB  27.85 
 
 
471 aa  159  2e-37  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.567539  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0794  Carbohydrate-selective porin OprB  27.39 
 
 
473 aa  154  4e-36  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.00000000000421873  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  31.47 
 
 
255 aa  79.7  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1238  outer membrane protein, 31 kDa  34.69 
 
 
234 aa  77.4  0.0000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1622  outer membrane protein Omp31  33.33 
 
 
261 aa  72.4  0.00000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1363  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  34.19 
 
 
207 aa  70.1  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.76499  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0900  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  35 
 
 
207 aa  68.6  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.801875  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5652  porin  32.54 
 
 
207 aa  66.6  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.303382  normal  0.313957 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4378  putative outer-membrane protein, putative secreted protein  35.19 
 
 
212 aa  66.2  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.0231919 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1088  porin  32.88 
 
 
211 aa  65.1  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000040892 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  30.51 
 
 
254 aa  64.7  0.000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1178  outer membrane protein  32.9 
 
 
207 aa  64.3  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.557551  normal  0.0838188 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2145  outer membrane protein  37.14 
 
 
274 aa  64.3  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.225218  normal  0.619069 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1282  putative outer membrane protein  33.33 
 
 
207 aa  63.9  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.494917  normal  0.183567 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2756  putative outer membrane protein  29.03 
 
 
247 aa  63.2  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0841875  normal  0.703235 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3147  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  35 
 
 
206 aa  63.2  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0657581  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1234  porin  32.19 
 
 
211 aa  63.2  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.248035  hitchhiker  0.0000166827 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3155  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  28.8 
 
 
246 aa  62.8  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0423  outer membrane protein, 31 kDa  29.36 
 
 
240 aa  62.4  0.00000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.91759  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3142  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  33.51 
 
 
240 aa  62  0.00000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  31.36 
 
 
452 aa  62  0.00000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0748  putative outer membrane protein  31.82 
 
 
447 aa  61.6  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.272117 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2527  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  31.29 
 
 
206 aa  61.2  0.00000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.442194 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2788  hypothetical protein  31.76 
 
 
578 aa  61.2  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0959536  normal  0.707292 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  32.87 
 
 
225 aa  60.8  0.00000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0366  outer membrane protein Omp31  29.26 
 
 
240 aa  60.8  0.00000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS06177  hypothetical protein  41.33 
 
 
116 aa  59.7  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4523  putative outer-membrane protein precursor  28.64 
 
 
237 aa  59.3  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0108  porin  28.07 
 
 
244 aa  58.9  0.0000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.0665959 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2815  outer membrane insertion C-terminal signal  29.67 
 
 
997 aa  58.2  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71405  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4615  outer membrane protein  30.97 
 
 
449 aa  57.8  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1729  putative outer membrane protein precursor  32.86 
 
 
206 aa  57.8  0.0000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.259515 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4276  carbohydrate-selective porin OprB  29.59 
 
 
444 aa  57.4  0.0000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.308576  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0096  outer membrane protein, 31 kDa  33.82 
 
 
237 aa  57.4  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  30.43 
 
 
255 aa  57  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_010373  M446_7000  hypothetical protein  29.39 
 
 
583 aa  57  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.000000122606  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1445  porin B  29.08 
 
 
444 aa  56.6  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.374886  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0188  outer membrane protein  31.74 
 
 
453 aa  56.6  0.000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0566764  normal  0.419379 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0795  putative outer membrane protein  31 
 
 
454 aa  55.8  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.755835 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4360  carbohydrate-selective porin OprB  32.64 
 
 
444 aa  56.6  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.081551  normal  0.195321 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1973  OmpA-like transmembrane region  35.25 
 
 
216 aa  55.1  0.000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2341  porin  32.12 
 
 
236 aa  55.1  0.000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608955  normal  0.297853 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1082  carbohydrate-selective porin OprB  28.19 
 
 
448 aa  55.1  0.000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0774059  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2756  putative outer membrane protein  30.43 
 
 
241 aa  55.1  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2845  outer membrane autotransporter barrel  30.92 
 
 
652 aa  53.9  0.000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171202  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2294  porin  29.56 
 
 
250 aa  53.9  0.000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  30.94 
 
 
258 aa  53.9  0.000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1561  outer membrane protein  28.63 
 
 
212 aa  53.9  0.000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2714  outer membrane protein  28.88 
 
 
243 aa  53.5  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155382  normal  0.61221 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4374  putative outer-membrane protein  31.16 
 
 
248 aa  53.1  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0950016 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4312  porin  32.88 
 
 
228 aa  53.5  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3614  putative outer membrane protein  29.8 
 
 
235 aa  53.1  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1770  putative outer membrane protein  28.52 
 
 
571 aa  52.8  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3175  hypothetical protein  25.53 
 
 
566 aa  52.4  0.00003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424838  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2567  hypothetical protein  28.06 
 
 
234 aa  52  0.00003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6124  porin  29.19 
 
 
288 aa  51.6  0.00004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4576  carbohydrate-selective porin OprB  22.07 
 
 
453 aa  51.6  0.00005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3299  porin  34.35 
 
 
287 aa  51.6  0.00005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.466189  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4377  putative outer-membrane protein  31.16 
 
 
245 aa  51.2  0.00006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.222597  normal  0.062323 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  29.5 
 
 
248 aa  51.2  0.00006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0888  porin  29.61 
 
 
239 aa  50.8  0.00009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164958 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1941  outer membrane protein  28 
 
 
254 aa  50.4  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5303  porin  33.56 
 
 
299 aa  50.4  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381713  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2587  porin  26.67 
 
 
213 aa  50.4  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0125  porin  29.11 
 
 
283 aa  50.1  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5086  porin  28.51 
 
 
274 aa  49.3  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.62657  normal  0.99686 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>