More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_1258 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_1258  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 571 aa  1174    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.564674  decreased coverage  0.00861873 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1428  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.64 
 
 		 544 aa  533  1e-150  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0102  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.49 
 
 		 518 aa  405  1.0000000000000001e-112  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2727  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.81 
 
 		 525 aa  406  1.0000000000000001e-112  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0412228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3136  choline dehydrogenase  41.81 
 
 		 531 aa  398  1e-109  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4708  Choline dehydrogenase  41.33 
 
 		 513 aa  367  1e-100  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4961  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.47 
 
 		 529 aa  366  1e-100  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5414  choline dehydrogenase, a flavoprotein  39.55 
 
 		 534 aa  361  2e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.269281 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3840  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.54 
 
 		 544 aa  359  8e-98  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.397758  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0803  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.65 
 
 		 581 aa  358  9.999999999999999e-98  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2604  choline dehydrogenase  40.8 
 
 		 562 aa  355  1e-96  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142768 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.54 
 
 		 534 aa  355  2e-96  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5443  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.7 
 
 		 542 aa  354  2.9999999999999997e-96  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.078996  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3099  choline dehydrogenase  39.43 
 
 		 562 aa  354  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3708  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.57 
 
 		 543 aa  354  2.9999999999999997e-96  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4519  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.6 
 
 		 542 aa  352  1e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0149458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0323  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40 
 
 		 562 aa  349  9e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.518363  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1334  choline dehydrogenase  38.11 
 
 		 560 aa  349  9e-95  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4010  choline dehydrogenase  37.66 
 
 		 561 aa  348  1e-94  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0405578  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4282  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.93 
 
 		 541 aa  348  2e-94  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0936618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.59 
 
 		 541 aa  347  5e-94  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0882717  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4865  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.42 
 
 		 539 aa  345  2e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.69396  normal  0.438414 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4657  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.16 
 
 		 537 aa  345  2e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.2 
 
 		 537 aa  344  2.9999999999999997e-93  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.979094 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4382  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.47 
 
 		 546 aa  343  4e-93  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3836  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.81 
 
 		 552 aa  343  5e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6126  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.11 
 
 		 569 aa  342  1e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939433 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.44 
 
 		 546 aa  342  2e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3651  choline dehydrogenase  38.5 
 
 		 553 aa  340  5e-92  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1119  choline dehydrogenase  36.53 
 
 		 564 aa  339  8e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4278  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.52 
 
 		 546 aa  338  1.9999999999999998e-91  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.942105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1946  choline dehydrogenase  37.12 
 
 		 560 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.110511  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3840  choline dehydrogenase  37.45 
 
 		 561 aa  337  2.9999999999999997e-91  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.68 
 
 		 542 aa  337  2.9999999999999997e-91  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.33687  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2781  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.59 
 
 		 538 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0926901  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0776  choline dehydrogenase  37.9 
 
 		 549 aa  337  3.9999999999999995e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0802775 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6414  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.11 
 
 		 569 aa  337  3.9999999999999995e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.981458 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1543  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.29 
 
 		 530 aa  337  5e-91  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01161  hypothetical alcohol dehydrogenase  38.46 
 
 		 550 aa  336  5.999999999999999e-91  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10850  putative dehydrogenase  37.5 
 
 		 559 aa  336  5.999999999999999e-91  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000202363  normal  0.801894 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2890  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.4 
 
 		 534 aa  335  9e-91  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.561362  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0996  alcohol dehydrogenase  38.19 
 
 		 559 aa  335  9e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6778  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.45 
 
 		 539 aa  335  1e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.485614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0991  choline dehydrogenase  38.23 
 
 		 552 aa  335  1e-90  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0436021  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3910  Choline dehydrogenase  40.57 
 
 		 531 aa  335  1e-90  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0327  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.27 
 
 		 522 aa  334  2e-90  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.330808 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1007  choline dehydrogenase  36.77 
 
 		 565 aa  334  2e-90  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4810  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37 
 
 		 534 aa  335  2e-90  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0562  choline dehydrogenase  38.48 
 
 		 549 aa  334  3e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.55111 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0181  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.68 
 
 		 571 aa  334  3e-90  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1325  choline dehydrogenase  36.69 
 
 		 561 aa  332  1e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3050  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.32 
 
 		 564 aa  332  1e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0715  choline dehydrogenase  37.76 
 
 		 572 aa  332  1e-89  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00120252  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0437  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.09 
 
 		 532 aa  332  1e-89  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.253187  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1315  choline dehydrogenase  36.69 
 
 		 561 aa  332  1e-89  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1882  choline dehydrogenase  38.83 
 
 		 551 aa  332  1e-89  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2190  choline dehydrogenase, a flavoprotein  38.25 
 
 		 541 aa  331  2e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.39 
 
 		 563 aa  331  2e-89  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0279119  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5947  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.11 
 
 		 550 aa  332  2e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1351  choline dehydrogenase  36.69 
 
 		 561 aa  331  2e-89  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.875987  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0889  choline dehydrogenase  37.14 
 
 		 549 aa  331  2e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3035  choline dehydrogenase  36.69 
 
 		 561 aa  331  2e-89  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.82163  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3808  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.7 
 
 		 547 aa  330  3e-89  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.605068  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3792  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.34 
 
 		 535 aa  331  3e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5650  Choline dehydrogenase  37.48 
 
 		 559 aa  330  4e-89  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5015  choline dehydrogenase, a flavoprotein  38.07 
 
 		 557 aa  330  4e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00654928  normal  0.219358 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2310  choline dehydrogenase  39.24 
 
 		 548 aa  330  4e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.568209  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1199  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.2 
 
 		 530 aa  330  6e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1383  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.74 
 
 		 551 aa  329  7e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00471975  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2481  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.03 
 
 		 534 aa  329  7e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.236507  normal  0.407022 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2709  choline dehydrogenase  37.21 
 
 		 549 aa  329  9e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1196  choline dehydrogenase  36.4 
 
 		 565 aa  329  1.0000000000000001e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000414657 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1635  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.96 
 
 		 534 aa  328  1.0000000000000001e-88  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.643208  normal  0.915824 
 
 
-
 
NC_004310  BR0553  choline dehydrogenase  37.21 
 
 		 549 aa  327  2.0000000000000001e-88  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.93918  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3717  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.91 
 
 		 531 aa  328  2.0000000000000001e-88  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.975922 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0804  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.19 
 
 		 540 aa  328  2.0000000000000001e-88  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1348  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.59 
 
 		 555 aa  327  3e-88  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3226  choline dehydrogenase  37.9 
 
 		 556 aa  327  3e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.191345 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02642  choline dehydrogenase  36.17 
 
 		 552 aa  327  3e-88  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2223  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.22 
 
 		 531 aa  327  3e-88  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.487572  normal  0.417914 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0554  choline dehydrogenase  37.21 
 
 		 549 aa  327  3e-88  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2072  choline dehydrogenase  35.93 
 
 		 562 aa  327  4.0000000000000003e-88  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0877  choline dehydrogenase  38.61 
 
 		 545 aa  327  4.0000000000000003e-88  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.988222  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3372  glucose-methanol-choline oxidoreductase:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  38.88 
 
 		 539 aa  326  6e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0477  Choline dehydrogenase  38.72 
 
 		 531 aa  326  7e-88  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3313  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.36 
 
 		 576 aa  326  8.000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2184  choline dehydrogenase  38.86 
 
 		 548 aa  326  8.000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0670  GMC family oxidoreductase  36.23 
 
 		 534 aa  325  1e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1582  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.3 
 
 		 533 aa  325  1e-87  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3164  choline dehydrogenase  38.33 
 
 		 551 aa  325  2e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.637341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3637  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.18 
 
 		 576 aa  324  2e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.67419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0084  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.72 
 
 		 561 aa  324  2e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6373  glucose-methanol-choline oxidoreductase:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  35.98 
 
 		 540 aa  324  3e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06179  choline dehydrogenase  34.91 
 
 		 569 aa  324  3e-87  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.55 
 
 		 536 aa  324  3e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0073  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.72 
 
 		 561 aa  323  4e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4377  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.09 
 
 		 551 aa  323  4e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0123  putative alcohol dehydrogenase oxidoreductase protein  38.18 
 
 		 574 aa  323  6e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3345  putative choline dehydrogenase lipoprotein oxidoreductase  37.99 
 
 		 544 aa  323  6e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0698  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.9 
 
 		 551 aa  323  7e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.763915  decreased coverage  0.00316946 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>