158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_0971 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010725  Mpop_0971  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 
135 aa  266  1e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.508784  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1041  helix-turn-helix domain-containing protein  97.74 
 
 
142 aa  258  2e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0368815 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1168  transcriptional regulator, XRE family  97.74 
 
 
142 aa  258  2e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.092853  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3125  XRE family transcriptional regulator  79.84 
 
 
162 aa  206  6e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.412901  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3762  transcriptional regulator, XRE family  84.3 
 
 
135 aa  206  1e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.117326  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2160  transcriptional regulator, XRE family  81.75 
 
 
134 aa  202  2e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.468793  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1563  transcriptional regulator, XRE family  80.16 
 
 
135 aa  201  3e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2456  XRE family transcriptional regulator  79.2 
 
 
134 aa  196  1e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.214066  normal  0.20041 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0155  helix-turn-helix domain-containing protein  72.95 
 
 
135 aa  178  2e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4834  transcriptional regulator, XRE family  69.05 
 
 
135 aa  174  3e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.592449  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4795  transcriptional regulator, XRE family  72.13 
 
 
134 aa  172  2e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0939257  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0154  helix-turn-helix domain-containing protein  68.85 
 
 
134 aa  171  2e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3522  helix-turn-helix domain-containing protein  65.57 
 
 
135 aa  161  4e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0066  XRE family transcriptional regulator  58.27 
 
 
146 aa  139  1e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0319384  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6290  transcriptional regulator, XRE family  61.48 
 
 
121 aa  137  7e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2429  XRE family transcriptional regulator  51.54 
 
 
143 aa  112  2e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.214939  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0753  XRE family transcriptional regulator  46.83 
 
 
135 aa  112  3e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.057083  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2071  Cro/CI family transcriptional regulator  46.09 
 
 
137 aa  106  9e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0247654  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2159  Cro/CI family transcriptional regulator  46.09 
 
 
137 aa  106  9e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  3.14405e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0016  transcriptional regulator, XRE family  43.31 
 
 
138 aa  102  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000711578 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3923  XRE family transcriptional regulator  46.92 
 
 
140 aa  101  4e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.680179  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7073  transcriptional regulator  42.52 
 
 
138 aa  101  4e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0443  transcriptional regulator  42.64 
 
 
140 aa  100  5e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  5.54716e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2959  transcriptional regulator, XRE family  41.27 
 
 
141 aa  100  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.676432  normal  0.753241 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1248  DNA-binding protein  39.52 
 
 
137 aa  100  7e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.821781  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0045  XRE family transcriptional regulator  42.97 
 
 
139 aa  99.8  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  7.42068e-06  hitchhiker  6.14145e-11 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3208  transcriptional regulator, XRE family  40.77 
 
 
141 aa  99.8  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2727  transcriptional regulator, XRE family  47.9 
 
 
133 aa  99.4  2e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0473  XRE family transcriptional regulator  43.85 
 
 
138 aa  98.2  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.54052 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8067  transcriptional regulator  44.96 
 
 
146 aa  98.2  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.262846  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3038  XRE family transcriptional regulator  44.88 
 
 
140 aa  97.8  4e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0014  transcriptional regulator, XRE family  43.75 
 
 
139 aa  97.4  6e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.881591  normal  0.120221 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0447  transcriptional regulator, XRE family  45.11 
 
 
139 aa  97.4  6e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0237  XRE family transcriptional regulator  41.98 
 
 
139 aa  96.3  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0595  XRE family transcriptional regulator  41.98 
 
 
139 aa  95.5  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.958783  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0019  XRE family transcriptional regulator  41.98 
 
 
139 aa  93.2  1e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0558597 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0026  XRE family transcriptional regulator  41.98 
 
 
139 aa  93.2  1e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2935  XRE family transcriptional regulator  42.52 
 
 
128 aa  92.4  2e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0051  XRE family transcriptional regulator  40.31 
 
 
138 aa  92.4  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5225  XRE family transcriptional regulator  45.83 
 
 
140 aa  91.3  4e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0329  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 
171 aa  91.3  5e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.846996  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2806  putative transcriptional regulatory protein  46.36 
 
 
131 aa  90.5  7e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1815  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
137 aa  89.4  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0843474  normal  0.166838 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0230  transcriptional regulator, XRE family  41.6 
 
 
137 aa  88.6  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.737224  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6091  transcriptional regulator, XRE family  41.98 
 
 
152 aa  89.4  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4530  XRE family transcriptional regulator  38.17 
 
 
152 aa  88.2  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2892  transcriptional regulator, XRE family  38.81 
 
 
166 aa  88.6  3e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.203012 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2104  transcriptional regulator, XRE family  40.71 
 
 
174 aa  87.8  4e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0021  XRE family transcriptional regulator  42.31 
 
 
161 aa  86.3  1e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9533  transcriptional regulator Cro/CI family  41.3 
 
 
141 aa  86.7  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.140693  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3622  XRE family transcriptional regulator  38.13 
 
 
147 aa  85.1  3e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0834  XRE family transcriptional regulator  41.41 
 
 
145 aa  84.7  4e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.211274  normal  0.760334 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3177  XRE family transcriptional regulator  42.06 
 
 
142 aa  84.3  4e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0647326  normal  0.0138701 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1061  XRE family transcriptional regulator  37.68 
 
 
155 aa  83.6  9e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.161431  normal  0.803902 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2278  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 
136 aa  83.6  9e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.504941  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3775  XRE family transcriptional regulator  38.4 
 
 
210 aa  83.2  1e-15  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0026  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 
144 aa  82.4  2e-15  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.153059  normal  0.660956 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6504  transcriptional regulator, XRE family  39.69 
 
 
152 aa  82  2e-15  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1149  XRE family transcriptional regulator  44.55 
 
 
120 aa  81.6  3e-15  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.016899  hitchhiker  2.34075e-06 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6040  transcriptional regulator, XRE family  41.09 
 
 
134 aa  81.6  4e-15  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.591688 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7198  transcriptional regulator, XRE family  41.09 
 
 
134 aa  81.3  4e-15  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0637638 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0230  DNA-binding protein  35.94 
 
 
144 aa  81.6  4e-15  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0592162  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3242  XRE family transcriptional regulator  37.41 
 
 
149 aa  80.1  8e-15  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3578  XRE family transcriptional regulator  54.93 
 
 
140 aa  78.6  3e-14  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0278  XRE family transcriptional regulator  37.82 
 
 
145 aa  78.6  3e-14  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2775  putative transcriptional regulator  46.3 
 
 
123 aa  78.6  3e-14  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1502  XRE family transcriptional regulator  37.82 
 
 
136 aa  77.8  5e-14  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.662366  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3598  XRE family transcriptional regulator  39.84 
 
 
156 aa  77.4  6e-14  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00212083  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1388  XRE family transcriptional regulator  39.02 
 
 
119 aa  73.9  7e-13  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.346177 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1892  XRE family transcriptional regulator  42.31 
 
 
120 aa  73.6  8e-13  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0540  XRE family transcriptional regulator  42.31 
 
 
120 aa  73.6  8e-13  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0675  XRE family transcriptional regulator  42.31 
 
 
120 aa  73.6  8e-13  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00325967 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4093  transcriptional regulator, XRE family  53.85 
 
 
121 aa  71.2  4e-12  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1909  XRE family transcriptional regulator  40.19 
 
 
123 aa  71.2  5e-12  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4413  transcriptional regulator, XRE family  53.85 
 
 
121 aa  70.9  5e-12  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.465238  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1232  XRE family transcriptional regulator  40.71 
 
 
126 aa  71.2  5e-12  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.236768  normal  0.265611 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1020  XRE family transcriptional regulator  39.02 
 
 
149 aa  70.5  8e-12  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.638142  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2505  XRE family transcriptional regulator  38.21 
 
 
128 aa  70.1  1e-11  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3790  XRE family transcriptional regulator  36.44 
 
 
129 aa  68.6  3e-11  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  hitchhiker  2.1488e-06 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6073  XRE family transcriptional regulator  49.23 
 
 
148 aa  67  9e-11  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1221  XRE family transcriptional regulator  38.14 
 
 
127 aa  65.9  2e-10  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.309245  normal  0.121494 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1118  putative transcriptional regulator  51.67 
 
 
213 aa  64.3  5e-10  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2958  transcriptional regulator HTH family  37.29 
 
 
134 aa  64.3  6e-10  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0894  transcriptional regulator  51.67 
 
 
215 aa  63.9  7e-10  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3608  XRE family transcriptional regulator  45.59 
 
 
130 aa  62.4  2e-09  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6134  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 
139 aa  60.5  7e-09  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.577442 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0591  XRE family transcriptional regulator  26.55 
 
 
113 aa  60.1  1e-08  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3398  XRE family transcriptional regulator  55.77 
 
 
180 aa  60.1  1e-08  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3777  XRE family transcriptional regulator  35.2 
 
 
125 aa  59.7  1e-08  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5734  XRE family transcriptional regulator  42.47 
 
 
124 aa  58.5  3e-08  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3305  helix-turn-helix domain-containing protein  35.66 
 
 
135 aa  57.4  7e-08  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.875341  normal  0.568841 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3628  transcriptional regulator, XRE family  35.66 
 
 
135 aa  57.4  7e-08  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.422451  normal  0.286276 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1458  transcriptional regulator, XRE family  34.82 
 
 
114 aa  55.5  2e-07  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5909  transcriptional regulator, XRE family  43.66 
 
 
149 aa  55.1  3e-07  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.27764  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3505  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 
135 aa  55.1  3e-07  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.497351 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7356  XRE family transcriptional regulator  43.21 
 
 
84 aa  54.3  6e-07  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.87835  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2300  transcriptional regulator, XRE family  44.78 
 
 
135 aa  52  2e-06  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0137231  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4492  XRE family transcriptional regulator  36.99 
 
 
135 aa  50.4  8e-06  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6062  XRE family transcriptional regulator  38.03 
 
 
138 aa  50.4  9e-06  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0255  transcriptional regulator, putative  29.52 
 
 
308 aa  50.4  9e-06  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>