More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_0089 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010725  Mpop_0089  diguanylate cyclase  100 
 
 
407 aa  805    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.181863  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3745  putative GGDEF/cyclase  37.07 
 
 
392 aa  209  5e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3031  hypothetical protein  37.5 
 
 
405 aa  203  4e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.887651  normal  0.918064 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7195  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.6 
 
 
644 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0409  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.29 
 
 
643 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2984  GGDEF domain-containing protein  33.42 
 
 
483 aa  172  7.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.301535 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3486  diguanylate cyclase  34.22 
 
 
449 aa  170  5e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.121522  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2465  diguanylate cyclase  32.55 
 
 
427 aa  162  1e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2876  diguanylate cyclase  30.31 
 
 
385 aa  139  1e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0407  GGDEF domain-containing protein  43.39 
 
 
873 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0669941  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.2 
 
 
652 aa  136  8e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.864277  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4752  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.2 
 
 
652 aa  136  8e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.724915 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4668  diguanylate cyclase  42.63 
 
 
423 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.665798  normal  0.140275 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4534  diguanylate cyclase  43.16 
 
 
423 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0836312  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2778  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.75 
 
 
1010 aa  134  3e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4670  GGDEF domain-containing protein  42.11 
 
 
423 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.406009 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3340  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.03 
 
 
607 aa  131  2.0000000000000002e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.489198 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3902  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.74 
 
 
990 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1378  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44 
 
 
1055 aa  131  3e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.552774  normal  0.0127558 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6413  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.83 
 
 
508 aa  130  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.905746 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3448  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.27 
 
 
696 aa  130  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2656  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.27 
 
 
696 aa  130  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1499  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  43.85 
 
 
854 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0164548  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1540  diguanylate cyclase  41.15 
 
 
516 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.13452 
 
 
-
 
NC_003296  RS00808  hypothetical protein  44.38 
 
 
578 aa  130  6e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2308  diguanylate cyclase  42.49 
 
 
928 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00466975  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4198  diguanylate cyclase  43.01 
 
 
514 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0953262  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2088  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.02 
 
 
700 aa  129  9.000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.133326  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3610  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.6 
 
 
583 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0361  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  39.36 
 
 
873 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0483164  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  38.94 
 
 
685 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3854  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.45 
 
 
516 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.353141  normal  0.927825 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4315  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.45 
 
 
516 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.44489 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3006  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.08 
 
 
1064 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2039  diguanylate cyclase with extracellular sensor  42.78 
 
 
912 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0269682  hitchhiker  0.000000244551 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3579  hypothetical protein  38.46 
 
 
685 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0227937  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0508  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.16 
 
 
917 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0729931 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1331  diguanylate cyclase  51.25 
 
 
811 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.894809  normal  0.828271 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2037  diguanylate cyclase  42.78 
 
 
928 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2424  diguanylate cyclase  42.78 
 
 
928 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00236557  normal  0.130217 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5527  sensory box/GGDEF family protein  42.22 
 
 
604 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0590  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37 
 
 
1144 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.851066  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0336  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.8 
 
 
319 aa  127  5e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.208046  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0490  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.84 
 
 
742 aa  127  5e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0534462  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.66 
 
 
947 aa  126  6e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  48.5 
 
 
832 aa  126  7e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.425647  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  43.85 
 
 
614 aa  126  7e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4411  GAF domain/GGDEF domain/EAL domain-containing protein  41.76 
 
 
831 aa  125  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.523822  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5048  sensory box/GGDEF family protein  41.67 
 
 
892 aa  125  1e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5950  diguanylate cyclase  42.25 
 
 
604 aa  125  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.407449  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3125  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.92 
 
 
712 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5883  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.51 
 
 
516 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0454667 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3617  diguanylate cyclase  42.08 
 
 
422 aa  125  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2231  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.06 
 
 
699 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1532  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  50.62 
 
 
811 aa  125  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.308961  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1952  diguanylate cyclase  38.92 
 
 
937 aa  125  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.105215  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3327  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.16 
 
 
693 aa  124  2e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.166514  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5197  sensory box/GGDEF family protein  41.67 
 
 
892 aa  125  2e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.619616  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5032  hypothetical protein  41.67 
 
 
892 aa  125  2e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3022  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.16 
 
 
1015 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5441  sensory box/GGDEF family protein  41.67 
 
 
735 aa  124  2e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0638  diguanylate cyclase  43.18 
 
 
737 aa  124  2e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0991066 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1336  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.16 
 
 
1015 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2227  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.71 
 
 
698 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.330245  normal  0.58075 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.16 
 
 
1015 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.595031 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0739  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.84 
 
 
735 aa  125  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5593  sensory box/GGDEF family protein  41.67 
 
 
892 aa  125  2e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4812  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  47.93 
 
 
1423 aa  124  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.330918  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4423  diguanylate cyclase  42.51 
 
 
516 aa  125  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2031  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.96 
 
 
569 aa  124  2e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.538954  normal  0.171579 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3943  diguanylate cyclase  42.51 
 
 
495 aa  125  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1864  putative diguanylate cyclase  43.33 
 
 
882 aa  124  3e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.327534  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.23 
 
 
720 aa  124  3e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.559949  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0495  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.63 
 
 
907 aa  124  3e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.128556 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1659  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  47.85 
 
 
833 aa  124  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0467119  normal  0.0611646 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3125  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.75 
 
 
823 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.655002 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2227  diguanylate cyclase  46.02 
 
 
662 aa  124  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.327123  normal  0.115705 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4627  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.19 
 
 
585 aa  124  4e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1326  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.16 
 
 
1015 aa  124  4e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1988  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.94 
 
 
435 aa  124  4e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2185  diguanylate cyclase  40.39 
 
 
941 aa  124  4e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.260855  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2593  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.25 
 
 
608 aa  124  4e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0703266 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.85 
 
 
833 aa  123  5e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1199  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.96 
 
 
1014 aa  123  5e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.553063 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1156  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.97 
 
 
673 aa  123  5e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1544  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.44 
 
 
762 aa  123  5e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3985  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.31 
 
 
730 aa  123  5e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.310873  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3606  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.25 
 
 
757 aa  123  6e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1888  GGDEF domain-containing protein  44 
 
 
930 aa  123  6e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000133848  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.36 
 
 
772 aa  123  6e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05432  hypothetical protein  44.57 
 
 
915 aa  123  7e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1139  GGDEF/GAF/EAL domain-containing protein  40.22 
 
 
781 aa  123  7e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0850133  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3923  sensory box protein  41.18 
 
 
297 aa  123  7e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1170  hypothetical protein  37.25 
 
 
768 aa  123  7e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1176  hypothetical protein  37.25 
 
 
768 aa  123  7e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4193  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.25 
 
 
703 aa  123  7e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950963  normal  0.519215 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.71 
 
 
1244 aa  123  7e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3694  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.27 
 
 
664 aa  123  8e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.27 
 
 
664 aa  122  8e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0693  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.27 
 
 
664 aa  122  8e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>