More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_B0401 on replicon NC_008826
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_3068  DNA topoisomerase III  49.93 
 
 		 865 aa  697    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2081  DNA topoisomerase III  48.95 
 
 		 876 aa  693    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.795726  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0066  DNA topoisomerase III  48.79 
 
 		 877 aa  681    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0155  DNA topoisomerase III  50.13 
 
 		 906 aa  694    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0401  DNA topoisomerase  100 
 
 		 851 aa  1744    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0152197  decreased coverage  0.0000578583 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2348  DNA topoisomerase III  50.13 
 
 		 869 aa  694    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3146  DNA topoisomerase III  50 
 
 		 865 aa  697    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.186369  normal  0.583492 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0139  DNA topoisomerase III  50.13 
 
 		 869 aa  694    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.968276  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5202  DNA topoisomerase III  47.1 
 
 		 980 aa  651    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.221506  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1780  DNA topoisomerase III  48.56 
 
 		 920 aa  691    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.778999 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0018  DNA topoisomerase III  47.24 
 
 		 839 aa  679    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.143927 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3412  DNA topoisomerase III  50.67 
 
 		 896 aa  691    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210579  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2271  DNA topoisomerase III  50.13 
 
 		 869 aa  694    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0343  DNA topoisomerase III  50.13 
 
 		 869 aa  694    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6481  DNA topoisomerase III  49.87 
 
 		 865 aa  692    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.987815 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3177  DNA topoisomerase III  44.12 
 
 		 920 aa  640    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.272894  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0396  DNA topoisomerase III  49.06 
 
 		 846 aa  694    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0125  DNA topoisomerase III  50.13 
 
 		 891 aa  693    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3955  DNA topoisomerase III  45.72 
 
 		 1002 aa  645    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.236337  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4713  DNA topoisomerase III  44.92 
 
 		 992 aa  652    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000244341  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4419  DNA topoisomerase III  49.87 
 
 		 888 aa  696    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0873603 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3127  DNA topoisomerase III  50.4 
 
 		 865 aa  701    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.588519  normal  0.127052 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3569  DNA topoisomerase III  48.47 
 
 		 891 aa  677    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3360  DNA topoisomerase III  46.93 
 
 		 876 aa  695    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.96718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2517  DNA topoisomerase III  50 
 
 		 865 aa  697    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3683  DNA topoisomerase III  46.58 
 
 		 876 aa  689    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0032  DNA topoisomerase III  48.71 
 
 		 908 aa  698    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0033  putative DNA topoisomerase III  47.73 
 
 		 815 aa  687    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.448865  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0265  DNA topoisomerase III  47.32 
 
 		 879 aa  687    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.948213  normal  0.0296543 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0884  DNA topoisomerase III  46.92 
 
 		 975 aa  665    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.979089 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3185  DNA topoisomerase III  49.93 
 
 		 865 aa  696    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3130  DNA topoisomerase III  50 
 
 		 865 aa  697    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.81773  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0146  DNA topoisomerase III  50.13 
 
 		 869 aa  694    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3339  DNA topoisomerase III  45.39 
 
 		 981 aa  657    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0099  DNA topoisomerase III  49.53 
 
 		 854 aa  711    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4627  DNA topoisomerase III  45.31 
 
 		 982 aa  655    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.957836  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0306  DNA topoisomerase III  50 
 
 		 889 aa  696    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3963  DNA topoisomerase III  45.48 
 
 		 990 aa  652    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.107223  normal  0.0620528 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3990  DNA topoisomerase III  45.27 
 
 		 981 aa  650    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.250381  normal  0.105693 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2810  DNA topoisomerase III  50.13 
 
 		 869 aa  694    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0229  DNA topoisomerase III  46.4 
 
 		 876 aa  630  1e-179  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00108901 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2998  DNA topoisomerase III  47.21 
 
 		 939 aa  629  1e-178  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.535221  normal  0.170765 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0898  DNA topoisomerase III  43.59 
 
 		 869 aa  548  1e-154  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1814  DNA topoisomerase III  37.97 
 
 		 746 aa  484  1e-135  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000049095  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0974  DNA topoisomerase III  38.63 
 
 		 799 aa  481  1e-134  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0752  DNA topoisomerase III  39.64 
 
 		 701 aa  481  1e-134  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0611429  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1803  DNA topoisomerase III  40.82 
 
 		 754 aa  476  1e-133  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1853  DNA topoisomerase III  38.6 
 
 		 695 aa  471  1.0000000000000001e-131  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.989434  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6109  DNA topoisomerase III  37.09 
 
 		 867 aa  464  1e-129  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4786  DNA topoisomerase III  38.13 
 
 		 729 aa  435  1e-120  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000176541  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1451  DNA topoisomerase III  40.58 
 
 		 620 aa  435  1e-120  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000215899  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0497  DNA topoisomerase  38.42 
 
 		 686 aa  427  1e-118  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.167665  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2001  DNA topoisomerase III  38.29 
 
 		 721 aa  423  1e-117  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0468853  normal  0.227685 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0358  DNA topoisomerase III  37.93 
 
 		 729 aa  421  1e-116  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.89538  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0922  DNA topoisomerase III  37.77 
 
 		 722 aa  416  9.999999999999999e-116  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0431  DNA topoisomerase III  37.19 
 
 		 729 aa  411  1e-113  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.128239  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0474  DNA topoisomerase III  37.33 
 
 		 729 aa  409  1e-113  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0349  DNA topoisomerase  38.42 
 
 		 689 aa  407  1.0000000000000001e-112  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.26912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0356  DNA topoisomerase III  37.11 
 
 		 729 aa  403  1e-111  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0485  DNA topoisomerase III  36.44 
 
 		 729 aa  401  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0418  DNA topoisomerase III  36.59 
 
 		 729 aa  402  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.198302 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0361  DNA topoisomerase III  36.59 
 
 		 729 aa  402  9.999999999999999e-111  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0351  DNA topoisomerase III  36.59 
 
 		 729 aa  402  9.999999999999999e-111  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0347  DNA topoisomerase III  36.44 
 
 		 729 aa  402  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0375  DNA topoisomerase III  36.59 
 
 		 729 aa  402  9.999999999999999e-111  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4887  DNA topoisomerase III  36.98 
 
 		 729 aa  401  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1318  DNA topoisomerase III  35.26 
 
 		 805 aa  399  1e-109  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000791242  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2520  DNA topoisomerase III  37.89 
 
 		 697 aa  391  1e-107  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3176  DNA topoisomerase III  37.82 
 
 		 873 aa  388  1e-106  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3236  DNA topoisomerase  34.06 
 
 		 777 aa  384  1e-105  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1489  DNA topoisomerase III  36.08 
 
 		 731 aa  382  1e-104  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1760  DNA topoisomerase III  35.77 
 
 		 731 aa  379  1e-103  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3223  DNA topoisomerase III  35.71 
 
 		 730 aa  375  1e-102  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2289  DNA topoisomerase III  31.85 
 
 		 768 aa  372  1e-101  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3602  DNA topoisomerase III  33.29 
 
 		 719 aa  367  1e-100  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.358507  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1341  DNA topoisomerase III  34.2 
 
 		 712 aa  365  3e-99  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0104  DNA topoisomerase III  35.04 
 
 		 675 aa  363  8e-99  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000375285 
 
 
-
 
NC_002950  PG1495  DNA topoisomerase III  34.7 
 
 		 697 aa  358  1.9999999999999998e-97  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0210844 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0272  DNA topoisomerase III  32.97 
 
 		 707 aa  357  3.9999999999999996e-97  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.369574 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2541  DNA topoisomerase III  36.38 
 
 		 744 aa  354  4e-96  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.111653  normal  0.0440835 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1767  DNA topoisomerase III  33.24 
 
 		 714 aa  350  5e-95  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.181202  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3021  DNA topoisomerase  34.14 
 
 		 689 aa  347  7e-94  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2044  DNA topoisomerase type IA central domain protein  36.2 
 
 		 608 aa  346  1e-93  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0995937  hitchhiker  0.00726991 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1836  DNA topoisomerase III  34.67 
 
 		 711 aa  345  2.9999999999999997e-93  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.000000886336  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0839  DNA topoisomerase type IA central domain-containing protein  34 
 
 		 681 aa  344  5e-93  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0618738  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1612  DNA topoisomerase III  34.34 
 
 		 680 aa  343  7e-93  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2322  DNA topoisomerase III  34.53 
 
 		 711 aa  343  8e-93  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0191867  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2281  DNA topoisomerase III  34.53 
 
 		 711 aa  343  8e-93  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00290966  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1984  DNA topoisomerase III  33.38 
 
 		 714 aa  338  1.9999999999999998e-91  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.122502  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1767  DNA topoisomerase III  33.38 
 
 		 714 aa  338  2.9999999999999997e-91  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.258845  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1744  DNA topoisomerase III  33.38 
 
 		 714 aa  338  2.9999999999999997e-91  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.129964  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1905  DNA topoisomerase III  33.38 
 
 		 714 aa  338  2.9999999999999997e-91  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000492134  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2011  DNA topoisomerase III  33.38 
 
 		 714 aa  338  2.9999999999999997e-91  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00587828  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3433  DNA topoisomerase III  33.38 
 
 		 714 aa  338  2.9999999999999997e-91  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000032124  hitchhiker  0.00000000499159 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1940  DNA topoisomerase III  33.38 
 
 		 714 aa  338  3.9999999999999995e-91  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08242e-41 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1911  DNA topoisomerase III  33.38 
 
 		 714 aa  337  7.999999999999999e-91  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.129988  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1725  DNA topoisomerase III  33.38 
 
 		 714 aa  336  1e-90  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0147593  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2624  DNA topoisomerase III  33.87 
 
 		 718 aa  334  3e-90  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4107  DNA topoisomerase III  35.22 
 
 		 679 aa  333  8e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0727596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1472  DNA topoisomerase III  33.24 
 
 		 714 aa  333  1e-89  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000939771  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>