161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A3542 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008825  Mpe_A3542  putative cytochrome  100 
 
 
181 aa  356  8e-98  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.510228  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1307  cytochrome c class I  64.07 
 
 
174 aa  200  9.999999999999999e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.466199 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0208  cytochrome c, class I  57.96 
 
 
180 aa  192  3e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0315  cytochrome c class I  58.28 
 
 
179 aa  191  4e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.326458  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0320  cytochrome c, class I  58.28 
 
 
180 aa  191  4e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.388168 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0336  cytochrome c, class I  61.45 
 
 
288 aa  184  7e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.358353 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4834  cytochrome c class I  56.42 
 
 
202 aa  181  4.0000000000000006e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.62683  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4983  cytochrome c, class I  59.12 
 
 
183 aa  181  4.0000000000000006e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0263  cytochrome c, class I  60.48 
 
 
293 aa  180  1e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0385  cytochrome c, class I  61.73 
 
 
299 aa  179  2e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0498  cytochrome c class I  60 
 
 
180 aa  175  3e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2999  cytochrome c class I  53.33 
 
 
319 aa  173  9.999999999999999e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0221845 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3020  cytochrome c class I  52.69 
 
 
298 aa  170  1e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.731004 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3367  cytochrome c class I  52.69 
 
 
297 aa  170  1e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0061  cytochrome c family protein  50.91 
 
 
298 aa  166  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3084  hypothetical protein  53.7 
 
 
294 aa  164  5e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.286797  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0164  cytochrome c class I  51.28 
 
 
295 aa  162  3e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2904  cytochrome c, class I  51.28 
 
 
295 aa  162  3e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0151  cytochrome c, class I  51.28 
 
 
295 aa  162  3e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3003  cytochrome c family protein  57.23 
 
 
299 aa  160  7e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0120  cytochrome c family protein  57.23 
 
 
299 aa  160  7e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.830572  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3876  cytochrome c class I  49.69 
 
 
300 aa  160  7e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3302  cytochrome c family protein  57.23 
 
 
299 aa  160  7e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.933009  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1534  cytochrome c family protein  57.23 
 
 
299 aa  160  7e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3990  cytochrome c family protein  57.23 
 
 
299 aa  160  7e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3322  cytochrome c, class I  52.17 
 
 
297 aa  159  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3918  cytochrome c5  56.6 
 
 
299 aa  159  1e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00486957  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3261  cytochrome c family protein  57.23 
 
 
300 aa  159  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0150  cytochrome c class I  50.64 
 
 
302 aa  158  5e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0138  cytochrome c, class I  50 
 
 
302 aa  157  6e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0147  cytochrome c class I  49.36 
 
 
297 aa  157  9e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.206313  normal  0.547254 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3330  cytochrome c, class I  49.36 
 
 
296 aa  157  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.606623  normal  0.724551 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0033  cytochrome c, class I  52.2 
 
 
167 aa  147  6e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.198707  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3473  cytochrome c, class I  51.2 
 
 
294 aa  143  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0029  cytochrome c class I  50.92 
 
 
163 aa  139  1.9999999999999998e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00298904  hitchhiker  0.00000795968 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3068  cytochrome c family protein  58.39 
 
 
275 aa  139  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0205  cytochrome c, class I  36.67 
 
 
185 aa  110  1.0000000000000001e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.641753  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0250  cytochrome c class I  48.62 
 
 
148 aa  107  9.000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000000296226  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0146  cytochrome c5  40.4 
 
 
266 aa  95.9  3e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.821024 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3877  cytochrome c, class I  40 
 
 
147 aa  89.4  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0425  cytochrome C, class I  47.12 
 
 
223 aa  88.6  5e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.501458  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0170  cytochrome c, class I  43.28 
 
 
145 aa  85.5  4e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0459  cytochrome c, class I  43.27 
 
 
225 aa  82.8  0.000000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0133127  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3091  cytochrome c class I  31.25 
 
 
273 aa  80.5  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.994793  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0072  cytochrome c, class I  47.42 
 
 
136 aa  77  0.0000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.663637  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0996  cytochrome c class I  54.17 
 
 
103 aa  76.3  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0183  cellulose binding, type IV  45.69 
 
 
134 aa  75.1  0.0000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.314607  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0605  cytochrome c, class I  37.14 
 
 
216 aa  72.8  0.000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00227735  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001977  cytochrome c5  41.27 
 
 
137 aa  73.2  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000375428  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2786  hypothetical protein  36.13 
 
 
142 aa  72.4  0.000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2655  hypothetical protein  36.97 
 
 
142 aa  72.8  0.000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00484  cb-type cytochrome oxidase subunit III  41.27 
 
 
131 aa  72.8  0.000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2556  cytochrome c5  45.1 
 
 
135 aa  72.4  0.000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000740682  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0461  cytochrome c, class I  38.93 
 
 
137 aa  70.9  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.943206  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2117  cytochrome c class I  43.02 
 
 
141 aa  68.9  0.00000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.0000000000139618  normal  0.419433 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0213  cytochrome c class I  43.42 
 
 
111 aa  68.9  0.00000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1247  Caa(3)-type oxidase, subunit IV  48 
 
 
230 aa  68.2  0.00000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0093  cytochrome c  43.3 
 
 
135 aa  67.8  0.00000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0144946  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00078  cytochrome c5  39.47 
 
 
135 aa  67.4  0.0000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0840  putative cytochrome c5  41.86 
 
 
157 aa  67.4  0.0000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.674138  normal  0.844917 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3859  cytochrome c5  40.51 
 
 
206 aa  66.2  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000764521  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1398  putative cytochrome c-type protein  51.32 
 
 
161 aa  66.6  0.0000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0906233  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1062  cytochrome c class I  51.28 
 
 
159 aa  66.2  0.0000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1141  cytochrome c, class I  51.28 
 
 
159 aa  66.2  0.0000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.828692  normal  0.616371 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2118  cytochrome c class I  41.18 
 
 
123 aa  65.1  0.0000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000000343097  normal  0.41454 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0917  cytochrome c-555  43.42 
 
 
111 aa  64.3  0.0000000009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.105307  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3568  cytochrome c, class I  46.05 
 
 
97 aa  63.9  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.199847  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4058  cytochrome c class I  49.33 
 
 
140 aa  63.5  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.435905  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4286  cytochrome c, class I  43.37 
 
 
97 aa  63.9  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000419984 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4170  cytochrome c class I  49.33 
 
 
140 aa  63.5  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2000  cytochrome c, class I  38.96 
 
 
192 aa  63.2  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0804521  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0246  cytochrome c  47.56 
 
 
97 aa  63.2  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00117918  normal  0.0109237 
 
 
-
 
NC_003296  RS02091  lipoprotein  48 
 
 
135 aa  62.8  0.000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0149  cytochrome c class I  30.61 
 
 
287 aa  62.8  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.481052  normal  0.118184 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3650  cytochrome c class I  43.42 
 
 
112 aa  62.8  0.000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0214  cytochrome c class I  43.21 
 
 
144 aa  62.8  0.000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0362  cytochrome c5-like protein  35.9 
 
 
195 aa  62.4  0.000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000104978  hitchhiker  0.00044408 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2352  cytochrome c class I  40 
 
 
128 aa  62  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0191  cytochrome c, class I  47.95 
 
 
97 aa  62  0.000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000235852  hitchhiker  0.00582407 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2463  cytochrome c, class I  33.59 
 
 
140 aa  61.2  0.000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.480155  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4918  putative cytochrome c family protein  47.37 
 
 
137 aa  60.8  0.000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.840892  hitchhiker  0.00914524 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4130  cytochrome c class I  40 
 
 
350 aa  60.8  0.00000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3197  cytochrome c, class I  46.15 
 
 
128 aa  60.5  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.657316  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0213  hypothetical protein  35.9 
 
 
173 aa  59.7  0.00000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000412444  hitchhiker  0.00201322 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4658  cytochrome c, class I  41.89 
 
 
97 aa  59.7  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000774786 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0153  cytochrome c-555, membrane-bound  35.06 
 
 
131 aa  59.7  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000000170393  normal  0.590725 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1443  cytochrome c-555, membrane-bound  38.82 
 
 
116 aa  60.1  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000888982  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0083  putative cytochrome c  36.25 
 
 
184 aa  60.1  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0180  cytochrome c, class I  43.84 
 
 
97 aa  60.1  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.245077  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2464  cytochrome c, class I  40.79 
 
 
112 aa  59.7  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.182087  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2304  cytochrome c class I  41.67 
 
 
107 aa  59.3  0.00000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000896467  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0216  cytochrome c class I  45.21 
 
 
97 aa  58.9  0.00000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0309264  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0152  cytochrome c-555  42.11 
 
 
110 aa  58.9  0.00000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000000110389  normal  0.576701 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0103  cytochrome c-555, membrane-bound  41.03 
 
 
140 aa  58.9  0.00000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0151549  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0654  cytochrome c class I  46.05 
 
 
148 aa  58.5  0.00000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6074  cytochrome c5  35.71 
 
 
142 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0233  cytochrome c, class I  36.36 
 
 
171 aa  57  0.0000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0215738  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0229  cytochrome c class I  41.46 
 
 
99 aa  57.4  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000537114  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0229  cytochrome c class I  41.46 
 
 
99 aa  57.4  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000024603  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4023  cytochrome c class I  41.46 
 
 
99 aa  57.4  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000136046  hitchhiker  0.0000237935 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>