More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A3496 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  100 
 
 		 497 aa  990    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0961  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.13 
 
 		 465 aa  230  4e-59  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0066  GGDEF domain-containing protein  35.03 
 
 		 743 aa  229  8e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928161  normal  0.0154172 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.6 
 
 		 743 aa  222  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.766687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0136  diguanylate cyclase  33.4 
 
 		 1428 aa  219  1e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4812  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.68 
 
 		 1423 aa  216  9.999999999999999e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.330918  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.49 
 
 		 710 aa  210  5e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3195  sensor histidine kinase  54.95 
 
 		 438 aa  208  2e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.211172  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1925  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.63 
 
 		 728 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0535292  normal  0.500981 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2169  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.65 
 
 		 722 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0648584  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.24 
 
 		 352 aa  200  5e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3060  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  57.38 
 
 		 442 aa  200  6e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  37.96 
 
 		 367 aa  199  7e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1877  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.44 
 
 		 722 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3329  PAS:GGDEF  32.81 
 
 		 732 aa  196  1e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00020555 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.2 
 
 		 314 aa  192  9e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2063  diguanylate cyclase  39.16 
 
 		 338 aa  190  5e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.553076  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2332  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  38.38 
 
 		 960 aa  190  5.999999999999999e-47  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1946  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.64 
 
 		 722 aa  189  8e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.146362  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  52.27 
 
 		 341 aa  189  1e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2203  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.47 
 
 		 554 aa  188  2e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0309516  normal  0.310474 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2310  sensor histidine kinase/GAF domain-containing protein  43.22 
 
 		 400 aa  187  4e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.40578 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2914  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.38 
 
 		 312 aa  187  4e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0116  diguanylate cyclase  47.6 
 
 		 398 aa  187  5e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.864855  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2985  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  55.84 
 
 		 321 aa  186  9e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.369432  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03205  histidine kinase response regulator hybrid protein  51.16 
 
 		 542 aa  184  3e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.132161  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0252  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.89 
 
 		 310 aa  184  3e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.555837  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.02 
 
 		 481 aa  184  3e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5857  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.11 
 
 		 341 aa  184  4.0000000000000006e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.28 
 
 		 481 aa  184  4.0000000000000006e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0257  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.89 
 
 		 310 aa  183  5.0000000000000004e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.929741  normal  0.0241212 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02131  GGDEF domain-containing PAS signal transduction protein  29.15 
 
 		 794 aa  183  5.0000000000000004e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3974  signal transduction histidine kinase  39.68 
 
 		 635 aa  183  7e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0272817 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  51.98 
 
 		 536 aa  182  1e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  48.86 
 
 		 422 aa  181  2e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1117  PAS sensor protein  36.2 
 
 		 500 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5219  signal transduction histidine kinase  37.99 
 
 		 512 aa  179  7e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.673975 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1566  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.06 
 
 		 483 aa  179  8e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.25 
 
 		 636 aa  179  8e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  37.98 
 
 		 317 aa  179  9e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  52.02 
 
 		 339 aa  178  2e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1093  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.92 
 
 		 731 aa  178  2e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0225  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.99 
 
 		 325 aa  178  2e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2059  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.68 
 
 		 718 aa  178  2e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0475762  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4368  signal transduction histidine kinase  40.46 
 
 		 934 aa  177  3e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.523014 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3904  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.74 
 
 		 327 aa  177  4e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  54.72 
 
 		 1550 aa  177  4e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4027  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.74 
 
 		 327 aa  177  4e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1267  signal transduction histidine kinase  40.33 
 
 		 500 aa  176  7e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  49.71 
 
 		 480 aa  176  8e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3831  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.74 
 
 		 327 aa  176  9e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  51.09 
 
 		 313 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  47.51 
 
 		 591 aa  174  2.9999999999999996e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3828  putative GAF sensor protein  50 
 
 		 226 aa  173  6.999999999999999e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.673739 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.13 
 
 		 465 aa  173  6.999999999999999e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.38 
 
 		 624 aa  172  1e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.533876  normal  0.201744 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1392  putative sensory transduction histidine kinase  53.61 
 
 		 401 aa  172  1e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3048  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.69 
 
 		 683 aa  172  1e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.52 
 
 		 353 aa  172  1e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0430  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.14 
 
 		 327 aa  172  1e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4265  signal transduction histidine kinase  37.38 
 
 		 930 aa  172  1e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.588648  normal  0.462436 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 660 aa  171  2e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 660 aa  172  2e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2667  diguanylate cyclase  51.32 
 
 		 522 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.548675  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  47.59 
 
 		 344 aa  171  3e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3897  PAS sensor protein  37.38 
 
 		 930 aa  171  3e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.240133 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3803  diguanylate cyclase  32.51 
 
 		 489 aa  171  4e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0126112  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0219  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  32.51 
 
 		 489 aa  170  6e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  48.78 
 
 		 367 aa  169  9e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0798  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.65 
 
 		 622 aa  169  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.131749 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.48 
 
 		 628 aa  168  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.75 
 
 		 890 aa  167  5.9999999999999996e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  47.59 
 
 		 346 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  46.12 
 
 		 649 aa  166  9e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  48.96 
 
 		 503 aa  166  9e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50 
 
 		 308 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1328  diguanylate cyclase  42.08 
 
 		 648 aa  166  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5539  signal transduction histidine kinase  35.33 
 
 		 677 aa  165  2.0000000000000002e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.33 
 
 		 432 aa  165  2.0000000000000002e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00630975  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1392  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.96 
 
 		 483 aa  165  2.0000000000000002e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.103234  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1382  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.39 
 
 		 510 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  46.37 
 
 		 553 aa  164  3e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3902  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.98 
 
 		 990 aa  164  3e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  47.85 
 
 		 343 aa  164  3e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.73 
 
 		 330 aa  164  4.0000000000000004e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2357  diguanylate cyclase  47.31 
 
 		 252 aa  164  5.0000000000000005e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0709  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.06 
 
 		 322 aa  164  5.0000000000000005e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  46.7 
 
 		 1262 aa  164  5.0000000000000005e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1449  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.41 
 
 		 332 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08061  hypothetical protein  45 
 
 		 406 aa  163  6e-39  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.62 
 
 		 338 aa  163  6e-39  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  45.6 
 
 		 335 aa  163  6e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0431  hypothetical protein  34.19 
 
 		 345 aa  163  7e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.139342  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.06 
 
 		 890 aa  163  8.000000000000001e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1643  diguanylate cyclase with GAF sensor  50.98 
 
 		 506 aa  163  8.000000000000001e-39  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.65001 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  46.74 
 
 		 528 aa  162  9e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0621  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.5 
 
 		 1309 aa  162  9e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.288255 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2109  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.41 
 
 		 599 aa  162  1e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.161845  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04157  histidine kinase-response regulator hybrid protein  51.95 
 
 		 306 aa  162  1e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.851557  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  41.55 
 
 		 620 aa  161  2e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>