82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A3477 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_A3477  hypothetical protein  100 
 
 		 359 aa  728    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0560  Radical SAM domain protein  84.08 
 
 		 360 aa  622  1e-177  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1409  hypothetical protein  81.06 
 
 		 356 aa  615  1e-175  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2714  Radical SAM domain protein  80.45 
 
 		 356 aa  608  1e-173  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2103  radical SAM domain-containing protein  81.62 
 
 		 362 aa  598  1e-170  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.938739  normal  0.248825 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4562  radical SAM domain-containing protein  80.45 
 
 		 360 aa  600  1e-170  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.343645  normal  0.720303 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0057  Radical SAM domain protein  73.18 
 
 		 367 aa  545  1e-154  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.615692  normal  0.0888986 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5394  Radical SAM domain protein  72.35 
 
 		 367 aa  541  1e-153  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.313238  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0246  radical SAM domain-containing protein  71.51 
 
 		 367 aa  536  1e-151  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7577  Biotin synthase-related enzyme  72.24 
 
 		 323 aa  476  1e-133  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.146272  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1993  Radical SAM domain protein  68.16 
 
 		 370 aa  470  1.0000000000000001e-131  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2620  Radical SAM domain protein  64.07 
 
 		 371 aa  467  9.999999999999999e-131  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_13141  hypothetical protein  52.22 
 
 		 362 aa  410  1e-113  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1109  Elongator protein 3/MiaB/NifB  54.5 
 
 		 362 aa  400  9.999999999999999e-111  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.370435 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0838  Elongator protein 3/MiaB/NifB  55.03 
 
 		 365 aa  392  1e-108  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.195743  normal  0.168484 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4750  Radical SAM domain protein  53.35 
 
 		 379 aa  357  1.9999999999999998e-97  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.219205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2060  Radical SAM domain protein  46.13 
 
 		 374 aa  273  3e-72  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6661  radical SAM domain-containing protein  48.6 
 
 		 337 aa  271  2e-71  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.000604358  normal  0.799079 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4690  Radical SAM domain protein  44.94 
 
 		 351 aa  247  2e-64  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1221  radical SAM domain-containing protein  44.75 
 
 		 356 aa  244  9.999999999999999e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142364 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0775  radical SAM domain-containing protein  27.08 
 
 		 404 aa  88.2  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2885  Radical SAM domain protein  27.27 
 
 		 405 aa  87.8  3e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.806461  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1164  Radical SAM domain protein  27.87 
 
 		 331 aa  82.4  0.00000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.987774  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0963  hypothetical protein  24.19 
 
 		 380 aa  79  0.0000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2001  radical SAM domain-containing protein  26.82 
 
 		 377 aa  77  0.0000000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2747  hypothetical protein  29.6 
 
 		 401 aa  75.9  0.000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0196  hypothetical protein  27.34 
 
 		 401 aa  75.9  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0631  radical SAM domain-containing protein  27.6 
 
 		 314 aa  75.1  0.000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0187035  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0394  radical SAM domain-containing protein  26.19 
 
 		 322 aa  72  0.00000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0596  radical SAM domain-containing protein  24.3 
 
 		 322 aa  72  0.00000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.351823  normal  0.189258 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0270  hypothetical protein  27.24 
 
 		 405 aa  72  0.00000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.901692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0230  hypothetical protein  24.75 
 
 		 343 aa  70.5  0.00000000004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2543  radical SAM domain protein  23.83 
 
 		 378 aa  70.1  0.00000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2171  Radical SAM domain protein  23.83 
 
 		 378 aa  70.1  0.00000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00159358  decreased coverage  0.000000000651126 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2140  Radical SAM domain protein  27.66 
 
 		 323 aa  68.9  0.0000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.103642  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2204  radical SAM domain protein  22.45 
 
 		 383 aa  68.2  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1508  radical SAM domain-containing protein  22.67 
 
 		 266 aa  67.8  0.0000000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0445  radical SAM family protein  34.29 
 
 		 349 aa  64.3  0.000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0644  Radical SAM domain protein  24.29 
 
 		 390 aa  64.3  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.14053  normal  0.0928811 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2197  radical SAM family protein  23.95 
 
 		 330 aa  62  0.00000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.804971  normal  0.445705 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2046  radical SAM domain-containing protein  26.77 
 
 		 331 aa  60.8  0.00000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1662  radical SAM family Fe-S protein  26.17 
 
 		 327 aa  60.5  0.00000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0844  radical SAM domain-containing protein  24.89 
 
 		 421 aa  55.8  0.000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.757233  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1034  radical SAM domain-containing protein  22.16 
 
 		 375 aa  55.5  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_04411  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  31.78 
 
 		 356 aa  54.7  0.000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0033  radical SAM domain-containing protein  26.05 
 
 		 296 aa  54.3  0.000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.531209  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1803  radical SAM family protein  23.66 
 
 		 321 aa  54.7  0.000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0210  radical SAM enzyme, Cfr family  29.55 
 
 		 367 aa  53.5  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.128689 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2257  radical SAM family Fe-S protein  24.72 
 
 		 446 aa  52  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.452543  normal  0.874565 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0592  Radical SAM domain protein  26.13 
 
 		 371 aa  51.6  0.00002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000000649486  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0906  hypothetical protein  26.4 
 
 		 354 aa  51.6  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000883258  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6000  radical SAM domain-containing protein  25.1 
 
 		 380 aa  50.8  0.00003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1052  Radical SAM domain protein  24.68 
 
 		 366 aa  50.4  0.00004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.652305  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14130  radical SAM enzyme, Cfr family  26.62 
 
 		 351 aa  49.7  0.00007  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0912  radical SAM domain-containing protein  20.94 
 
 		 295 aa  49.3  0.00009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3189  lipoyl synthase  27.75 
 
 		 290 aa  49.7  0.00009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.411626  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0906  radical SAM enzyme, Cfr family  27.91 
 
 		 356 aa  48.9  0.0001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0756  hypothetical protein  22 
 
 		 331 aa  49.3  0.0001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000116616 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0962  radical SAM domain-containing protein  27.62 
 
 		 290 aa  48.9  0.0001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0572  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  23.02 
 
 		 349 aa  49.3  0.0001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00705994  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2063  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  29.46 
 
 		 351 aa  48.1  0.0002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.029616  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2088  Radical SAM domain protein  26 
 
 		 351 aa  47  0.0006  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1708  radical SAM protein  23.81 
 
 		 350 aa  47  0.0006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0732  radical SAM enzyme, Cfr family  27.56 
 
 		 377 aa  46.6  0.0007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2804  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  28.68 
 
 		 355 aa  46.6  0.0008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.745253 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0609  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  26.98 
 
 		 351 aa  46.2  0.0008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.164087  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2310  radical SAM enzyme, Cfr family  24.6 
 
 		 349 aa  44.7  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0772545  hitchhiker  0.000694436 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0841  biotin synthase  25.54 
 
 		 344 aa  44.7  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28470  radical SAM enzyme, Cfr family  24.6 
 
 		 344 aa  44.3  0.003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.267861  hitchhiker  0.00294853 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1674  hypothetical protein  25.79 
 
 		 343 aa  43.9  0.004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1131  biotin synthase  23.53 
 
 		 341 aa  43.9  0.004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2311  radical SAM protein  26.43 
 
 		 371 aa  44.3  0.004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1338  radical SAM enzyme, Cfr family  25 
 
 		 351 aa  44.3  0.004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0802459  normal  0.737261 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3129  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  23.02 
 
 		 380 aa  43.5  0.005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1503  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  24.78 
 
 		 340 aa  43.5  0.005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.578618  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1727  hypothetical protein  23.13 
 
 		 421 aa  43.5  0.006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1558  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 		 355 aa  43.5  0.006  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.0417812 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0681  radical SAM domain-containing protein  26.92 
 
 		 283 aa  43.5  0.006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2956  radical SAM enzyme, Cfr family  23.7 
 
 		 342 aa  43.1  0.007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2783  radical SAM enzyme, Cfr family  24.6 
 
 		 408 aa  43.1  0.008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1520  Radical SAM domain protein  25.77 
 
 		 310 aa  42.7  0.009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0726  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  28.46 
 
 		 383 aa  42.7  0.01  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>