More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A3122 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008825  Mpe_A3122  periplasmic-binding protein  100 
 
 
413 aa  832    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00833115  normal  0.0608186 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0650  porin  36.64 
 
 
369 aa  164  3e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000000349197  normal  0.162286 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3117  porin  34.92 
 
 
360 aa  159  1e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.482889  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3532  porin  34.95 
 
 
350 aa  148  2.0000000000000003e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.869887 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0683  porin  35.46 
 
 
374 aa  138  1e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.925989  normal  0.138138 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6212  porin Gram-negative type  32.34 
 
 
389 aa  138  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.324597  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05376  porin signal peptide protein  34.48 
 
 
368 aa  137  4e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0326647 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1231  OmpC family outer membrane porin  33.68 
 
 
396 aa  133  6e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00623674  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4097  OmpC family outer membrane porin  31.06 
 
 
389 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0112259  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5115  porin Gram-negative type  33.52 
 
 
335 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0274682 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0477  porin  33.8 
 
 
385 aa  127  3e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0452  porin  33.8 
 
 
385 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.14543  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2847  porin  33.42 
 
 
389 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0519  porin  33.61 
 
 
383 aa  127  5e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.680874  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0649  porin  33.42 
 
 
344 aa  127  5e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000220947  normal  0.240142 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1069  porin Gram-negative type  33.75 
 
 
372 aa  125  1e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.992947  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4768  porin  31.66 
 
 
384 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0724  porin  32.82 
 
 
348 aa  124  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  33.33 
 
 
338 aa  124  3e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000423032  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1107  outer membrane porin OpcP  33.42 
 
 
436 aa  123  7e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3634  outer membrane protein, (porin)  32.43 
 
 
383 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0548  porin  32.43 
 
 
383 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.979197  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0066  porin  32.43 
 
 
383 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3555  outer membrane porin  33.15 
 
 
436 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.525449  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3080  porin Gram-negative type  32.59 
 
 
381 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1679  outer membrane protein (porin)  31.71 
 
 
380 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.537554  normal  0.868597 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0910  OmpC family outer membrane porin  34.27 
 
 
381 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0510287  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5682  porin  34.83 
 
 
351 aa  120  3e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000517962  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0674  porin  31.55 
 
 
381 aa  121  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.161927  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2562  outer membrane porin, putative  33.15 
 
 
386 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.98462  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3536  outer membrane porin  33.15 
 
 
386 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3561  outer membrane porin  33.15 
 
 
386 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3221  putative outer membrane porin  33.15 
 
 
386 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1342  putative outer membrane porin  33.15 
 
 
386 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5359  porin  31.98 
 
 
376 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.292845  normal  0.581333 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0225  outer membrane protein (porin)  30.58 
 
 
383 aa  119  7e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.436147  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5137  porin  31.96 
 
 
397 aa  119  7e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.918884  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4608  porin  31.4 
 
 
397 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2603  porin  32.61 
 
 
335 aa  119  9.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00285277  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4283  porin  31.35 
 
 
380 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0748908  normal  0.344647 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2846  outer membrane protein (porin)  32.11 
 
 
383 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.42536 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1454  outer membrane porin OpcP  33.86 
 
 
414 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.176502  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0527  porin  33.86 
 
 
352 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0023989  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2894  OmpC family outer membrane porin  34.62 
 
 
387 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.33569  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0130  outer membrane porin protein  36.89 
 
 
326 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0258844  normal  0.0261696 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0483  putative outer membrane porin  32.79 
 
 
386 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0963  porin  31.42 
 
 
383 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000213989  normal  0.474423 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3194  porin  33.33 
 
 
380 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.809666  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4894  porin  32.11 
 
 
361 aa  118  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1003  porin  31.42 
 
 
383 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000241018  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6406  porin Gram-negative type  31.45 
 
 
381 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0263  putative outer membrane porin  34.32 
 
 
384 aa  117  3e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1286  putative outer membrane porin  34.32 
 
 
384 aa  117  3e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2546  outer membrane porin  34.32 
 
 
384 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1374  outer membrane porin  34.32 
 
 
384 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0533  putative outer membrane porin  34.32 
 
 
384 aa  117  3e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.121969  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1034  putative outer membrane porin  34.32 
 
 
384 aa  117  3e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1294  outer membrane porin  34.32 
 
 
384 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7056  porin Gram-negative type  34.7 
 
 
357 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.236319  normal  0.38539 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2478  outer membrane protein (porin)  33.73 
 
 
385 aa  117  5e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.917959 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1725  porin  33.77 
 
 
348 aa  116  6e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.340698 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0172  OmpC family outer membrane porin  33.51 
 
 
357 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3374  porin  33.82 
 
 
385 aa  116  7.999999999999999e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1228  OmpC family outer membrane porin  31.68 
 
 
387 aa  116  8.999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.208027 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5311  porin  29.75 
 
 
386 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6299  porin Gram-negative type  31.46 
 
 
369 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0812  OmpC family outer membrane porin  31.35 
 
 
388 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.366822 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4594  porin  31.98 
 
 
376 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.561867 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  35.16 
 
 
389 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1599  putative outer membrane porin signal peptide protein  32.6 
 
 
386 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102431  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7493  porin  30.97 
 
 
383 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0254041  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1304  porin  31.22 
 
 
349 aa  115  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.916901 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1357  porin  32.54 
 
 
386 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0495362  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3876  porin  33.43 
 
 
385 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.311637  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0875  porin  32.54 
 
 
386 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3897  porin  32.92 
 
 
372 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.239452 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0415  OmpC family outer membrane porin  29.68 
 
 
386 aa  114  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4039  porin  32 
 
 
379 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0993774  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2943  outer membrane porin  32.01 
 
 
379 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1266  porin  32.19 
 
 
386 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.162269 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5024  porin  31.35 
 
 
397 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4327  porin  31.91 
 
 
380 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.872591 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  29.34 
 
 
352 aa  114  4.0000000000000004e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1240  porin  32.19 
 
 
386 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.382217  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2000  porin Gram-negative type  31.1 
 
 
404 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.560915 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2089  outer membrane porin, putative  31.75 
 
 
379 aa  113  5e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1338  porin  32.28 
 
 
386 aa  114  5e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0334295 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3623  porin  32.62 
 
 
372 aa  114  5e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.21195  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2803  outer membrane protein (porin)  31.33 
 
 
387 aa  113  5e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0760601  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1957  putative outer membrane porin  31.75 
 
 
379 aa  113  5e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3009  outer membrane porin  31.75 
 
 
379 aa  113  5e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.205234  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4106  porin  33.94 
 
 
359 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.437968  normal  0.0586067 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5248  porin  31.08 
 
 
421 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3119  porin  31.08 
 
 
421 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6772  porin Gram-negative type  35.2 
 
 
377 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00264492  normal  0.103826 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3043  outer membrane protein  31.75 
 
 
379 aa  113  8.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000337977  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4644  porin  35.03 
 
 
387 aa  113  8.000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.182536  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0404  outer membrane protein (porin)  30.38 
 
 
397 aa  113  8.000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4571  porin  33.94 
 
 
359 aa  112  9e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.442786  hitchhiker  0.0000361687 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1937  porin  34.3 
 
 
386 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0139631 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>