More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A2899 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 
226 aa  454  1e-127  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1839  GntR family transcriptional regulator  72.15 
 
 
220 aa  307  1.0000000000000001e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00000090483  n/a   
 
 
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  69.12 
 
 
240 aa  299  3e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  63.72 
 
 
239 aa  263  2e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4643  transcriptional regulator, GntR family  60.93 
 
 
221 aa  252  3e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215636  normal  0.668191 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  59.24 
 
 
224 aa  244  6e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1292  GntR family transcriptional regulator  59.81 
 
 
221 aa  241  7.999999999999999e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.284438 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0572  transcriptional regulator, GntR family  58.29 
 
 
216 aa  239  2e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.666259  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  54.03 
 
 
223 aa  239  2.9999999999999997e-62  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0614  transcriptional regulator, GntR family  57.35 
 
 
216 aa  237  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22125  normal  0.431633 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  57.77 
 
 
251 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5373  transcriptional regulator GntR family  57.28 
 
 
216 aa  230  1e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.693668  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1660  transcriptional regulator, GntR family  54.79 
 
 
223 aa  216  2e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1385  GntR domain-containing protein  54.79 
 
 
223 aa  216  2e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00179807 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7256  transcriptional regulator, GntR family  58.29 
 
 
218 aa  210  1e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0660662  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1722  GntR family transcriptional regulator  50.49 
 
 
218 aa  205  4e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2908  GntR family transcriptional regulator  55.25 
 
 
217 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1381  transcriptional regulator, GntR family  54.79 
 
 
223 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.526175  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3571  hypothetical protein  49.29 
 
 
230 aa  188  5.999999999999999e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.792294 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  47.83 
 
 
222 aa  188  7e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3196  transcriptional regulator, GntR family  44.5 
 
 
237 aa  181  9.000000000000001e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.594143 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3004  transcriptional regulator  49.27 
 
 
218 aa  178  5.999999999999999e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.729807  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0023  transcriptional regulator, GntR family  45.71 
 
 
230 aa  178  7e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0022  GntR domain-containing protein  45.71 
 
 
228 aa  178  7e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3298  GntR family transcriptional regulator  50 
 
 
226 aa  176  3e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4283  GntR family transcriptional regulator  46.43 
 
 
222 aa  176  4e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0724479  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3148  transcriptional regulator, GntR family  45.41 
 
 
222 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6860  GntR family transcriptional regulator  45.41 
 
 
242 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0520  GntR family transcriptional regulator  53.77 
 
 
225 aa  173  1.9999999999999998e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.656964  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0043  transcriptional regulator, GntR family  45.71 
 
 
231 aa  172  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0169991 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3801  GntR-like  47.4 
 
 
237 aa  167  9e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0723  GntR family transcriptional regulator  46.97 
 
 
243 aa  167  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.214964  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1652  transcriptional regulator, GntR family  46.35 
 
 
248 aa  165  4e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13154  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4056  GntR family transcriptional regulator  46.39 
 
 
244 aa  164  6.9999999999999995e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.153402  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2445  transcriptional regulator, GntR family  48.47 
 
 
230 aa  164  8e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4654  GntR family transcriptional regulator  46.08 
 
 
238 aa  157  1e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.456786  normal  0.661063 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5660  transcriptional regulator GntR family  44.67 
 
 
227 aa  151  5.9999999999999996e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.495941  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_6647  GntR family transcriptional regulator  40.1 
 
 
227 aa  149  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00159077  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  42.35 
 
 
221 aa  146  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  37.88 
 
 
214 aa  145  4.0000000000000006e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5947  GntR family transcriptional regulator  36.76 
 
 
218 aa  138  7.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.386506  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4082  transcriptional regulator, GntR family  38.35 
 
 
223 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.833771  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4801  GntR family transcriptional regulator  38.28 
 
 
254 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0205444  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6458  transcriptional regulator, GntR family  44.63 
 
 
216 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.467399  normal  0.135131 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3723  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 
216 aa  133  1.9999999999999998e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.504621 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2767  GntR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
231 aa  132  3e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1347  GntR family transcriptional regulator  39.7 
 
 
234 aa  132  5e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.744622  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  41.21 
 
 
219 aa  130  2.0000000000000002e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5139  GntR family transcriptional regulator  36.87 
 
 
242 aa  126  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.911419  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  38.3 
 
 
223 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1392  GntR family transcriptional regulator  36.79 
 
 
224 aa  125  7e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0675425  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  38.59 
 
 
223 aa  124  1e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4473  transcriptional regulator, GntR family  44.07 
 
 
224 aa  124  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.729614 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  36.51 
 
 
212 aa  123  2e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  40.54 
 
 
241 aa  123  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  37.25 
 
 
219 aa  121  7e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  36 
 
 
248 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  35.45 
 
 
212 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  37.06 
 
 
228 aa  118  7.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  38.92 
 
 
241 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3002  GntR family transcriptional regulator  39.46 
 
 
241 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  2.78265e-16  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  40.54 
 
 
224 aa  116  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  38.54 
 
 
222 aa  115  6e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
233 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  37.2 
 
 
222 aa  113  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4617  GntR family transcriptional regulator  36.92 
 
 
239 aa  114  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4449  GntR family transcriptional regulator  35.79 
 
 
241 aa  113  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00199071  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  36.51 
 
 
238 aa  112  4.0000000000000004e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2905  transcriptional regulator, GntR family  35.53 
 
 
231 aa  112  4.0000000000000004e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2906  GntR family transcriptional regulator  37.3 
 
 
226 aa  112  6e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359044  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4718  transcriptional regulator, GntR family  38.5 
 
 
274 aa  111  8.000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0061626 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3139  GntR family transcriptional regulator  35.81 
 
 
284 aa  111  8.000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00307264  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2160  GntR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
211 aa  111  8.000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0507248  normal  0.384122 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3021  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
234 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.222763 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  34.07 
 
 
211 aa  111  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2915  GntR family transcriptional regulator  33.03 
 
 
222 aa  110  2.0000000000000002e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.18394 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2384  GntR family transcriptional regulator  34.57 
 
 
211 aa  110  2.0000000000000002e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4201  regulatory protein GntR HTH  39.04 
 
 
263 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.316316 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4650  regulatory protein GntR HTH  36.73 
 
 
230 aa  109  3e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.380465 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
255 aa  109  3e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0644  GntR family transcriptional regulator  35.5 
 
 
244 aa  109  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412108  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4571  transcriptional regulator, GntR family  37.97 
 
 
263 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2755  GntR family transcriptional regulator  39.18 
 
 
222 aa  108  6e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5113  transcriptional regulator, GntR family  36.73 
 
 
230 aa  108  6e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0844169  normal  0.823532 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2798  GntR family transcriptional regulator  35 
 
 
233 aa  108  8.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.297778 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  38.42 
 
 
222 aa  108  9.000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2769  transcriptional regulator, GntR family  37.7 
 
 
223 aa  107  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 
222 aa  107  1e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4792  GntR family transcriptional regulator  36.1 
 
 
240 aa  106  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.815698  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  32.12 
 
 
226 aa  106  3e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0081  transcriptional regulator, GntR family  35.44 
 
 
231 aa  106  3e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  31.98 
 
 
234 aa  105  5e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
229 aa  105  8e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  36.1 
 
 
223 aa  104  9e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  36.1 
 
 
223 aa  104  9e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  31.63 
 
 
235 aa  104  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  36.27 
 
 
267 aa  103  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  37 
 
 
235 aa  104  1e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4046  GntR family transcriptional regulator  39.77 
 
 
235 aa  103  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3401  transcriptional regulator, GntR family  34.43 
 
 
256 aa  103  2e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>