More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A1287 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008825  Mpe_A1287  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  100 
 
 
287 aa  591  1e-168  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.200444  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  76.66 
 
 
278 aa  446  1.0000000000000001e-124  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  74.56 
 
 
279 aa  422  1e-117  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  74.56 
 
 
279 aa  422  1e-117  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  74.3 
 
 
279 aa  421  1e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  71.38 
 
 
280 aa  415  9.999999999999999e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  72.08 
 
 
293 aa  417  9.999999999999999e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  71.48 
 
 
280 aa  404  1.0000000000000001e-112  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1456  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  75.35 
 
 
286 aa  399  9.999999999999999e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2572  squalene synthase HpnD  74.91 
 
 
281 aa  395  1e-109  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0455716 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1549  squalene/phytoene synthase  71.02 
 
 
279 aa  389  1e-107  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  60 
 
 
277 aa  325  5e-88  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  57.8 
 
 
277 aa  321  9.999999999999999e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  53.71 
 
 
278 aa  305  7e-82  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  55.09 
 
 
280 aa  304  1.0000000000000001e-81  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1371  squalene/phytoene synthase  57.8 
 
 
302 aa  303  2.0000000000000002e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  54.7 
 
 
293 aa  303  3.0000000000000004e-81  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  52.28 
 
 
285 aa  286  2.9999999999999996e-76  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  55.12 
 
 
281 aa  283  3.0000000000000004e-75  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1652  putative phytoene synthase protein  51.93 
 
 
290 aa  272  6e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.665297 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1565  squalene synthase HpnD  50.53 
 
 
277 aa  265  5.999999999999999e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0179833  normal  0.166486 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1894  squalene synthase HpnD  50.18 
 
 
277 aa  265  8e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.635436  normal  0.151415 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1944  squalene/phytoene synthase  48.94 
 
 
276 aa  252  4.0000000000000004e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.134668  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1482  phytoene synthase, putative  46.26 
 
 
307 aa  237  1e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.135853  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2347  putative phytoene synthase  46.26 
 
 
280 aa  237  1e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2502  phytoene synthase, putative  46.26 
 
 
307 aa  237  1e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1975  putative phytoene synthase  46.26 
 
 
278 aa  238  1e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.264351  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1248  putative phytoene synthase  46.26 
 
 
278 aa  238  1e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.245345  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3330  putative phytoene synthase  46.26 
 
 
278 aa  238  1e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.10709  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2389  putative phytoene synthase  46.26 
 
 
280 aa  237  1e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2098  phytoene synthase, putative  44.84 
 
 
278 aa  226  4e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.389143  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5245  squalene/phytoene synthase  45.71 
 
 
303 aa  225  6e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1958  squalene synthase HpnD  44.93 
 
 
300 aa  223  3e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0340477  normal  0.450684 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1042  squalene/phytoene synthase  41.11 
 
 
286 aa  219  3e-56  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.100807  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1006  squalene/phytoene synthase  44.77 
 
 
302 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.109233  normal  0.62289 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1337  squalene synthase HpnD  46.79 
 
 
352 aa  218  1e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00058937 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6145  squalene/phytoene synthase  44.93 
 
 
300 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1934  squalene/phytoene synthase  44.93 
 
 
300 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1849  squalene synthase HpnD  44.84 
 
 
277 aa  211  1e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.775732  hitchhiker  0.00598695 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1922  squalene/phytoene synthase  45.29 
 
 
303 aa  210  3e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.691361  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2303  putative phytoene synthase  41.01 
 
 
284 aa  207  1e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.244566  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1883  Squalene/phytoene synthase  42.6 
 
 
292 aa  203  3e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0657917 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0906  squalene/phytoene synthase  39.02 
 
 
284 aa  179  4e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0584416  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0306  squalene/phytoene synthase  36.56 
 
 
288 aa  172  6.999999999999999e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  44.5 
 
 
331 aa  162  5.0000000000000005e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0026  squalene/phytoene synthase  33.71 
 
 
268 aa  159  5e-38  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  39.78 
 
 
337 aa  156  3e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  37.63 
 
 
337 aa  149  5e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2441  Phytoene synthase  36.71 
 
 
289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.214033  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0118  squalene/phytoene synthase  39.85 
 
 
290 aa  144  1e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  31.97 
 
 
311 aa  142  8e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  33.1 
 
 
311 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0064  squalene-phytoene synthase  35.34 
 
 
687 aa  140  3e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4189  Squalene/phytoene synthase  33.82 
 
 
312 aa  139  4.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal  0.235652 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  34.43 
 
 
324 aa  138  1e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1158  Squalene/phytoene synthase  34.4 
 
 
310 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  33.33 
 
 
310 aa  137  2e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2874  phytoene synthase  31.79 
 
 
310 aa  137  3.0000000000000003e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.109595  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1175  phytoene desaturase  34.31 
 
 
316 aa  136  4e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.111689  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1827  squalene synthase HpnD  35.02 
 
 
298 aa  136  4e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  31.39 
 
 
309 aa  136  5e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7027  squalene synthase HpnD  35.59 
 
 
282 aa  135  5e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.597423  hitchhiker  0.000000555779 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0309  Phytoene synthase  32.06 
 
 
310 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.334071  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4794  phytoene synthase  33.22 
 
 
310 aa  135  9.999999999999999e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000235829  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  31.75 
 
 
310 aa  134  9.999999999999999e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0010  putative squalene/phytoene synthase  35.59 
 
 
306 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1984  phytoene synthase  33.09 
 
 
308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.735846  normal  0.234628 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0309  Squalene/phytoene synthase  31.71 
 
 
310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  31.39 
 
 
309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_12559  predicted protein  30.89 
 
 
273 aa  133  3e-30  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.209763  normal  0.196988 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01601  squalene and phytoene synthase  30.53 
 
 
302 aa  132  6.999999999999999e-30  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.37181  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7144  squalene synthase HpnD  38.22 
 
 
283 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0145  squalene and phytoene synthase  31.2 
 
 
302 aa  130  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4149  phytoene synthase  33.57 
 
 
282 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.165993  normal  0.461254 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01621  squalene and phytoene synthase  30.83 
 
 
302 aa  130  3e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1724  squalene/phytoene synthase  35.57 
 
 
279 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.949729  normal  0.0688647 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5424  squalene synthase HpnD  35.06 
 
 
283 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.766675  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02151  squalene and phytoene synthase  30.6 
 
 
312 aa  127  2.0000000000000002e-28  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2244  Phytoene synthase  34.15 
 
 
303 aa  127  2.0000000000000002e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2271  squalene/phytoene synthase  35.86 
 
 
278 aa  127  3e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.3606  normal  0.152656 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1464  Squalene/phytoene synthase  32.3 
 
 
311 aa  127  3e-28  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4010  phytoene synthase  31.9 
 
 
325 aa  127  3e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3241  squalene synthase HpnD  35.53 
 
 
294 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.154532 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1509  squalene and phytoene synthase  30.6 
 
 
312 aa  126  4.0000000000000003e-28  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3154  squalene synthase HpnD  35.34 
 
 
285 aa  126  5e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2361  phytoene synthase, putative  35.55 
 
 
397 aa  126  5e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1833  squalene synthase HpnD  33.7 
 
 
283 aa  126  5e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13432  phytoene synthase phyA  35.52 
 
 
302 aa  125  6e-28  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2967  putative phytoene synthase  43.6 
 
 
279 aa  125  7e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3575  squalene/phytoene synthase  34.22 
 
 
279 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0912672  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6349  squalene synthase HpnD  37.69 
 
 
284 aa  125  9e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00743094  normal  0.0909411 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2394  phytoene synthase  31.88 
 
 
302 aa  124  1e-27  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3277  squalene/phytoene synthase family protein  35.25 
 
 
282 aa  124  2e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.173331  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4263  squalene synthase HpnD  33.99 
 
 
279 aa  123  3e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2102  putative phytoene synthase  35.25 
 
 
282 aa  123  3e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01711  squalene and phytoene synthase  31.32 
 
 
302 aa  123  3e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.460844  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4139  squalene synthase HpnD  32.71 
 
 
290 aa  123  3e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1411  putative phytoene synthase  35.25 
 
 
282 aa  123  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.590662  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3163  squalene/phytoene synthase family protein  35.25 
 
 
282 aa  123  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.395921  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1131  putative phytoene synthase  35.25 
 
 
282 aa  123  3e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0886071  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>