More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A1239 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008825  Mpe_A1239  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
309 aa  610  1e-173  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0735  transcriptional regulator, LysR family  47.65 
 
 
301 aa  248  1e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.645433  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4453  LysR family transcriptional regulator  47.46 
 
 
302 aa  230  2e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0347042 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1100  LysR, substrate-binding  42.3 
 
 
307 aa  226  4e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2914  LysR family transcriptional regulator  45.58 
 
 
299 aa  225  6e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3328  transcriptional regulator, LysR family  40.73 
 
 
327 aa  221  2e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.125153 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0631  LysR family transcriptional regulator  40.73 
 
 
327 aa  220  2e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.764037 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3788  LysR family transcriptional regulator  45.13 
 
 
310 aa  219  6e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0896823  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5101  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 
304 aa  215  7e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2720  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 
310 aa  215  8e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2080  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 
325 aa  215  9e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2692  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 
325 aa  215  9e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2609  LysR family transcriptional regulator  40.53 
 
 
310 aa  214  1e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.379478  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2745  LysR family transcriptional regulator  40.53 
 
 
310 aa  214  1e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1850  transcriptional regulator, LysR family  40.67 
 
 
331 aa  214  1e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0195634 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24760  LysR family transcriptional regulator protein  42.11 
 
 
319 aa  214  1e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18200  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 
306 aa  213  4e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1579  putative transcriptional regulator  43.88 
 
 
306 aa  212  6e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2174  transcriptional regulator, LysR family  39.67 
 
 
331 aa  212  7e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.52777  normal  0.0251381 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0227  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 
310 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0891  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 
310 aa  211  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2359  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 
310 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2439  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 
310 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.5931  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0726  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 
310 aa  211  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2719  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 
310 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0591  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 
304 aa  211  1e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0413  LysR family transcriptional regulator  41 
 
 
341 aa  211  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.179367 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0606  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 
310 aa  209  4e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3711  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 
304 aa  209  6e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0592  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 
310 aa  208  7e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4112  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 
300 aa  209  7e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  2.69133e-05 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0712  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 
310 aa  208  7e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.894566  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6020  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 
310 aa  206  3e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.691555  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0580  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 
313 aa  206  4e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0407  LysR family transcriptional regulator  39.5 
 
 
310 aa  206  6e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0109674 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0408  LysR family transcriptional regulator  39.15 
 
 
305 aa  205  9e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3218  LysR family transcriptional regulator  39.62 
 
 
319 aa  204  1e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0396  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
304 aa  204  1e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2952  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
296 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.845125  decreased coverage  0.00814406 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0511  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 
301 aa  202  4e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.533248  hitchhiker  0.00184272 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0336  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 
307 aa  202  5e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2720  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 
296 aa  202  6e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3719  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 
302 aa  202  6e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0668479 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06651  transcriptional regulator  38.54 
 
 
309 aa  202  6e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001136  transcriptional regulator  38.54 
 
 
307 aa  202  7e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3617  LysR family transcriptional regulator  38.79 
 
 
305 aa  202  7e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3977  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
323 aa  200  2e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0402  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 
309 aa  198  8e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2686  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 
299 aa  198  8e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3931  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 
308 aa  197  1e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0915  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  34.11 
 
 
311 aa  198  1e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0067  transcriptional regulator, LysR family  42.95 
 
 
304 aa  197  2e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01965  transcriptional regulator, LysR family protein  33.67 
 
 
302 aa  197  2e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.514809  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3956  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 
309 aa  197  3e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3879  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 
308 aa  196  4e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  3.18758e-05 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4027  transcriptional regulator, LysR family  40.46 
 
 
321 aa  196  6e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.198411 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2512  transcriptional regulator, LysR family protein  35.94 
 
 
299 aa  195  9e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5646  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
307 aa  195  1e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.431821  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 
300 aa  194  1e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2076  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 
309 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0075  transcriptional regulator, LysR family  42.28 
 
 
304 aa  194  2e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4072  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 
308 aa  193  3e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.320377 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3435  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 
308 aa  192  4e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0668  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 
309 aa  192  4e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3067  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 
296 aa  192  7e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.436418  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0659  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.66 
 
 
307 aa  192  7e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1392  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
311 aa  192  8e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0421756  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3893  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 
320 aa  192  9e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06494  transcriptional regulator  35.23 
 
 
301 aa  192  9e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3264  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 
309 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.655884 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 
303 aa  191  1e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3338  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 
299 aa  190  2e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691581  normal  0.62369 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1435  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.34 
 
 
311 aa  191  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000622  transcriptional regulator  33.88 
 
 
311 aa  190  2e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  38.18 
 
 
300 aa  190  3e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1404  transcriptional regulator, LysR family protein  33 
 
 
311 aa  188  9e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.416275  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2312  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 
302 aa  188  1e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 
327 aa  188  1e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 
300 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 
327 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2431  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 
307 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.557112  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 
300 aa  188  1e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 
300 aa  188  1e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
301 aa  187  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 
300 aa  187  1e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 
300 aa  188  1e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 
300 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 
300 aa  188  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 
301 aa  186  4e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 
301 aa  185  7e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 
301 aa  185  7e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 
301 aa  185  8e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3695  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 
303 aa  185  9e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0472  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 
303 aa  185  9e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 
301 aa  185  1e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4064  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
304 aa  185  1e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0453  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
303 aa  184  1e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1360  transcription regulator protein  36.7 
 
 
309 aa  184  2e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.508448  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 
307 aa  184  2e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 
327 aa  184  2e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>