131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A0621 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008825  Mpe_A0621  KpsD protein  100 
 
 
606 aa  1207    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.440749 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02816  KpsD protein  51.29 
 
 
558 aa  540  9.999999999999999e-153  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.0000043482  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02766  hypothetical protein  51.29 
 
 
558 aa  540  9.999999999999999e-153  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000332683  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3221  polysialic acid capsule transport protein KpsD  51.49 
 
 
558 aa  540  9.999999999999999e-153  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.364488  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4938  polysaccharide export protein  43.46 
 
 
603 aa  482  1e-135  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5729  polysialic acid transport protein KpsD  44.04 
 
 
606 aa  472  1e-132  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1438  capsular polysaccharide ABC transporter, periplasmic polysaccharide-binding protein  40.61 
 
 
552 aa  382  1e-105  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.473166  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1307  polysaccharide export protein  44.31 
 
 
565 aa  385  1e-105  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001787  capsular polysaccharide export system periplasmic protein KpsD  35.32 
 
 
579 aa  384  1e-105  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1618  capsular polysaccharide ABC transporter, periplasmic polysaccharide-binding protein  40.4 
 
 
552 aa  380  1e-104  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1779  capsular polysaccharide ABC transporter, periplasmic polysaccharide-binding protein  38.03 
 
 
552 aa  380  1e-104  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03058  capsular polysaccharide transport protein, putative  35.54 
 
 
609 aa  378  1e-103  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.715854  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0293  capsular polysaccharide ABC transporter, periplasmic polysaccharide-binding protein  36.98 
 
 
552 aa  366  1e-100  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.994472  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5952  polysaccharide export protein  41.48 
 
 
557 aa  365  1e-100  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3241  polysaccharide export protein  37.05 
 
 
587 aa  352  8.999999999999999e-96  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2584  polysaccharide export protein  34.87 
 
 
605 aa  334  3e-90  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  unclonable  0.0000240824 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1826  polysaccharide export protein  37.55 
 
 
516 aa  329  1.0000000000000001e-88  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.698968  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0246  polysaccharide export protein  38.09 
 
 
537 aa  327  4.0000000000000003e-88  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.0000856367  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1690  polysaccharide export protein  35.79 
 
 
558 aa  319  1e-85  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1889  capsule polysaccharide export system periplasmic protein  26.52 
 
 
576 aa  127  7e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.105703  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0473  polysaccharide export protein  26.72 
 
 
824 aa  112  2.0000000000000002e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2732  polysaccharide export protein  31 
 
 
753 aa  100  7e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445544  normal  0.725394 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3790  polysaccharide export protein  33.18 
 
 
803 aa  100  7e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0648  polysaccharide export protein  26.42 
 
 
779 aa  99  2e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0794  polysaccharide export protein  26.28 
 
 
869 aa  98.6  3e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.020437  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1842  polysaccharide biosynthesis/export domain-containing protein  24.45 
 
 
781 aa  96.3  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.749239  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1714  polysaccharide export protein  31.25 
 
 
947 aa  96.7  1e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.397648  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1515  polysaccharide export protein  29.73 
 
 
869 aa  96.7  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000317972  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3403  polysaccharide export protein  29.29 
 
 
977 aa  95.1  3e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00684592  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2543  polysaccharide export protein  30 
 
 
919 aa  90.1  9e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.941823  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2236  polysaccharide export protein  31.34 
 
 
948 aa  89.7  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.987184  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3062  polysaccharide export protein  26.58 
 
 
834 aa  90.1  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2264  ClpX, ATPase regulatory subunit  24.95 
 
 
827 aa  89.4  2e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000642696  decreased coverage  0.000131264 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0277  polysaccharide export periplasmic protein  24.47 
 
 
869 aa  89.4  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0888  polysaccharide export protein  28.24 
 
 
940 aa  89  3e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.434689  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1470  polysaccharide export protein  23.96 
 
 
828 aa  89  3e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.270093  normal  0.749053 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1399  polysaccharide export protein  29.82 
 
 
920 aa  88.2  4e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00159215  normal  0.0100644 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2184  polysaccharide export protein  30.6 
 
 
833 aa  87.8  5e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.243697  hitchhiker  0.000313767 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0763  polysaccharide export protein  26.18 
 
 
852 aa  87.8  5e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00148481  normal  0.528442 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2843  polysaccharide export protein  29.91 
 
 
910 aa  87  8e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.427616  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3035  polysaccharide export protein  24.36 
 
 
828 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.636336  normal  0.407015 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1604  polysaccharide export protein  28.84 
 
 
952 aa  85.5  0.000000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1078  polysaccharide export protein  24.66 
 
 
830 aa  82.4  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1395  polysaccharide export protein  27.45 
 
 
931 aa  81.6  0.00000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0391429  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0530  polysaccharide export protein  27.11 
 
 
1055 aa  81.6  0.00000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.925852 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2606  polysaccharide export protein  26.99 
 
 
936 aa  81.6  0.00000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2676  polysaccharide export protein  28.42 
 
 
849 aa  80.9  0.00000000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3032  polysaccharide export protein  30.54 
 
 
922 aa  80.5  0.00000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.190653  normal  0.0184914 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2893  polysaccharide export protein  28.89 
 
 
912 aa  79.7  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.325033  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00687  hypothetical protein  25.76 
 
 
897 aa  79  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3645  polysaccharide biosynthesis/export protein  27.86 
 
 
920 aa  78.6  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.712772  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1986  polysaccharide biosynthesis protein, putative  25.52 
 
 
877 aa  77  0.0000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0566  capsular polysaccharide biosynthesis/export protein  24.37 
 
 
800 aa  77  0.0000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3193  polysaccharide biosynthesis protein  27.9 
 
 
921 aa  76.6  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0660  capsular polysaccharide biosynthesis/export protein  24.37 
 
 
877 aa  77  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1959  capsule polysaccharide export system periplasmic protein  24.14 
 
 
875 aa  76.3  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.940843  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2671  polysaccharide export protein  27.8 
 
 
919 aa  74.3  0.000000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2769  polysaccharide export protein  26.55 
 
 
846 aa  73.9  0.000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.594167 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1345  polysaccharide biosynthesis/export domain-containing protein  24.56 
 
 
568 aa  73.2  0.00000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000291611 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1315  polysaccharide export protein  22.97 
 
 
837 aa  73.2  0.00000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0893778 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1382  polysaccharide export protein  22.97 
 
 
837 aa  73.2  0.00000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0357414 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4937  polysaccharide export protein  24.11 
 
 
800 aa  73.6  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00100729  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2903  polysaccharide export protein  22.95 
 
 
828 aa  73.6  0.00000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0690654  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0353  polysaccharide export protein  24.37 
 
 
830 aa  72.4  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.949664  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1651  polysaccharide export protein  27.23 
 
 
915 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.530434  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1375  polysaccharide export protein  23.37 
 
 
837 aa  70.1  0.0000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0193694  decreased coverage  0.0000028911 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4605  polysaccharide export protein  24.47 
 
 
791 aa  69.3  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.321524  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2568  Soluble ligand binding domain protein  30 
 
 
812 aa  68.9  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.171347  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1576  ClpX, ATPase regulatory subunit  31.58 
 
 
833 aa  60.8  0.00000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000033468  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2210  polysaccharide export outer membrane protein  25.42 
 
 
357 aa  59.7  0.0000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3949  polysaccharide export protein  33.08 
 
 
823 aa  59.3  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.256427 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02231  hypothetical protein  29.17 
 
 
700 aa  57.8  0.0000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1344  polysaccharide export protein  30.28 
 
 
425 aa  57  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00232143 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3593  polysaccharide export protein  26.38 
 
 
384 aa  56.6  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1508  polysaccharide export protein  26.32 
 
 
495 aa  56.2  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1535  polysaccharide export protein  26.32 
 
 
495 aa  56.2  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.106975 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2513  polysaccharide export protein  26.38 
 
 
454 aa  56.2  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1061  polysaccharide export protein  27.22 
 
 
478 aa  55.8  0.000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0167243  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003530  polysaccharide export periplasmic protein  27.7 
 
 
700 aa  55.1  0.000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06665  hypothetical protein  28.92 
 
 
373 aa  54.7  0.000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0310  polysaccharide biosynthesis/export protein  29.71 
 
 
703 aa  52.8  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0468  polysaccharide export outer membrane protein  23.39 
 
 
387 aa  51.6  0.00005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.622539  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1795  polysaccharide export outer membrane protein  27.54 
 
 
264 aa  51.2  0.00006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2365  polysaccharide export protein  23.5 
 
 
282 aa  50.8  0.00007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4708  polysaccharide export protein  27.49 
 
 
219 aa  50.4  0.00009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.655126  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1528  polysaccharide export protein  28.42 
 
 
246 aa  50.4  0.00009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.726212 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2894  polysaccharide export protein  27.87 
 
 
377 aa  49.7  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0993342  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5320  polysaccharide export protein  31.03 
 
 
213 aa  50.1  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.884665  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1011  polysaccharide export protein  25.67 
 
 
388 aa  49.7  0.0001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.192426  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1114  polysaccharide export protein  27.91 
 
 
431 aa  49.7  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0366205  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2909  polysaccharide export protein  30.61 
 
 
446 aa  48.9  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.723004  hitchhiker  0.000339784 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1369  capsular polysaccharide export protein, putative  34.82 
 
 
362 aa  48.9  0.0002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.361316  normal  0.297509 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2475  polysaccharide export protein  24.89 
 
 
283 aa  49.3  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.169122  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2582  polysaccharide export protein  27.5 
 
 
205 aa  48.9  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0428  polysaccharide export protein  27.59 
 
 
202 aa  48.5  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0542078 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5038  polysaccharide export protein  30.3 
 
 
358 aa  48.5  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1296  polysaccharide export protein  27.72 
 
 
378 aa  48.9  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.660258  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00986  predicted exopolysaccharide export protein  28.11 
 
 
379 aa  48.5  0.0004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2332  outer membrane lipoprotein, group 4 capsule (G4C) polysaccharide  28.11 
 
 
386 aa  48.1  0.0004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.132677  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1219  outer membrane lipoprotein, group 4 capsule (G4C) polysaccharide  28.11 
 
 
379 aa  48.5  0.0004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>