250 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpal_2566 on replicon NC_011832
Organism: Methanosphaerula palustris E1-9c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011832  Mpal_2566  permease  100 
 
 
324 aa  629  1e-179  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.931351 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2640  permease  63.32 
 
 
323 aa  430  1e-119  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3620  permease  62.85 
 
 
351 aa  384  1e-105  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3673  permease  61.18 
 
 
351 aa  373  1e-102  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1178  permease  57.68 
 
 
315 aa  370  1e-101  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.330417  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0438  permease  58.23 
 
 
315 aa  365  1e-100  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1707  permease  57.76 
 
 
352 aa  364  1e-99  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1875  permease  57.32 
 
 
315 aa  361  1e-98  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2955  hypothetical protein  60.13 
 
 
315 aa  359  4e-98  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0548  permease  55.62 
 
 
318 aa  347  1e-94  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000695477  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0519  permease  59.16 
 
 
315 aa  347  1e-94  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2196  permease  58.44 
 
 
317 aa  345  4e-94  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000111416  normal  0.407571 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0153  hypothetical protein  52.8 
 
 
323 aa  344  1e-93  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2555  permease  56.19 
 
 
349 aa  343  2.9999999999999997e-93  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000127833  hitchhiker  0.00212732 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0265  permease  52.75 
 
 
367 aa  332  5e-90  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.803514 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2282  permease  53.89 
 
 
330 aa  332  8e-90  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.954207 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1709  hypothetical protein  49.69 
 
 
323 aa  329  3e-89  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00218353  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0857  permease  56.65 
 
 
315 aa  330  3e-89  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.398013  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2181  permease  50.47 
 
 
319 aa  329  4e-89  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000463978  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1783  permease  55.28 
 
 
362 aa  329  5.0000000000000004e-89  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2777  permease-like  56.59 
 
 
363 aa  328  6e-89  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3419  permease  56.95 
 
 
354 aa  322  5e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0398  hypothetical protein  52.46 
 
 
344 aa  322  5e-87  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.679708  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3942  permease  56.95 
 
 
354 aa  322  6e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0049  permease  53.25 
 
 
353 aa  321  9.999999999999999e-87  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2023  permease  52.5 
 
 
350 aa  320  1.9999999999999998e-86  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1474  permease  51.57 
 
 
353 aa  319  3.9999999999999996e-86  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.614025  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4062  permease  53.21 
 
 
377 aa  319  5e-86  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.78082  normal  0.984142 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0507  permease  49.85 
 
 
356 aa  318  7e-86  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2844  permease  54.88 
 
 
348 aa  318  7e-86  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.693493  normal  0.0127415 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3647  permease  52.2 
 
 
364 aa  316  4e-85  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.5727 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4600  permease  54.3 
 
 
345 aa  314  9.999999999999999e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0464  permease  50.66 
 
 
350 aa  312  4.999999999999999e-84  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00000958774  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1645  permease  53.11 
 
 
350 aa  311  6.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.701842  normal  0.852279 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1704  hypothetical protein  50.49 
 
 
341 aa  311  7.999999999999999e-84  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.91407 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1117  permease  49.51 
 
 
352 aa  309  5e-83  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.107708 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0934  permease  47.84 
 
 
319 aa  308  8e-83  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00064116  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3722  permease-like  54.92 
 
 
381 aa  308  9e-83  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4202  transporter  52.76 
 
 
352 aa  306  4.0000000000000004e-82  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3641  permease  54.88 
 
 
348 aa  305  7e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3415  permease  53.73 
 
 
351 aa  305  7e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3659  permease  53.55 
 
 
349 aa  303  4.0000000000000003e-81  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2949  permease  54.88 
 
 
351 aa  302  5.000000000000001e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4014  permease  51.76 
 
 
370 aa  301  1e-80  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.519367  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0751  permease  52.87 
 
 
318 aa  298  1e-79  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0819  permease  53.18 
 
 
318 aa  297  2e-79  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.350869  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1027  transporter  51.26 
 
 
366 aa  296  3e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1204  permease  53.18 
 
 
318 aa  296  3e-79  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1089  permease  50.8 
 
 
366 aa  295  7e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1935  permease  55.96 
 
 
353 aa  292  4e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5316  permease  47.13 
 
 
354 aa  293  4e-78  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.465068  normal  0.121906 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4076  permease  54.57 
 
 
349 aa  289  6e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0164237  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0110  permease  50.8 
 
 
321 aa  288  9e-77  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0335  permease  46.23 
 
 
331 aa  285  9e-76  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.943617  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1223  permease  46.43 
 
 
334 aa  284  1.0000000000000001e-75  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1870  permease  50.32 
 
 
319 aa  285  1.0000000000000001e-75  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.788351  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1427  putative permease  49.04 
 
 
322 aa  279  5e-74  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2565  permease  47 
 
 
338 aa  270  2e-71  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000010966  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2048  permease  43.89 
 
 
336 aa  269  5e-71  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1408  permease  49.06 
 
 
332 aa  269  5.9999999999999995e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.598043  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1092  permease  44.92 
 
 
337 aa  266  2e-70  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.000361743  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0728  permease  44.31 
 
 
353 aa  263  2e-69  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1299  permease  47.33 
 
 
338 aa  259  3e-68  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.201061  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0731  permease  44.77 
 
 
337 aa  259  5.0000000000000005e-68  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000936228  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3190  permease  40.73 
 
 
335 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0535  hypothetical protein  42.55 
 
 
331 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1066  permease  46.2 
 
 
337 aa  251  1e-65  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0534  permease  41.64 
 
 
331 aa  250  2e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3497  permease  41.34 
 
 
331 aa  250  2e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1221  permease  39.94 
 
 
332 aa  249  6e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3832  permease  41.34 
 
 
331 aa  248  1e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3776  permease  41.34 
 
 
331 aa  248  1e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1828  permease  39.88 
 
 
330 aa  247  2e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.22223  normal  0.735803 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3958  permease  41.03 
 
 
331 aa  246  3e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0492  permease  40.73 
 
 
331 aa  245  8e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1109  permease  46.54 
 
 
284 aa  244  9.999999999999999e-64  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4283  permease  44.27 
 
 
337 aa  245  9.999999999999999e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1725  permease  40.61 
 
 
337 aa  242  7.999999999999999e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3818  permease  39.94 
 
 
332 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2333  permease  39.94 
 
 
332 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.685877  normal  0.0887616 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3357  putative permease  40.73 
 
 
336 aa  234  1.0000000000000001e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.138974  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1810  permease  42.32 
 
 
328 aa  235  1.0000000000000001e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0486  permease  40.92 
 
 
338 aa  219  5e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0849  permease  34.21 
 
 
316 aa  209  5e-53  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000568724 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0589  permease  41.14 
 
 
332 aa  202  8e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1442  permease  36.56 
 
 
371 aa  199  5e-50  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1430  permease  39.32 
 
 
318 aa  196  5.000000000000001e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.611447  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2503  permease  37.07 
 
 
318 aa  175  8e-43  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.523202  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01499  hypothetical protein  32.94 
 
 
345 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02580  hypothetical protein  32.94 
 
 
345 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08200  permease  33.53 
 
 
345 aa  173  2.9999999999999996e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000119775  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1498  permease  33.33 
 
 
307 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.562403  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1217  permease  33.12 
 
 
332 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0083  putative permease  33.56 
 
 
306 aa  170  3e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0864  permease  34.34 
 
 
308 aa  170  4e-41  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.569206  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0966  permease  31 
 
 
311 aa  165  1.0000000000000001e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000479758  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0015  permease  33.81 
 
 
301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.684774  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3427  permease  30.2 
 
 
356 aa  163  5.0000000000000005e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000478015  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3989  putative permease  31.61 
 
 
333 aa  163  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.531766  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2452  putative permease  31.31 
 
 
304 aa  162  9e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>