56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpal_1578 on replicon NC_011832
Organism: Methanosphaerula palustris E1-9c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011832  Mpal_1578  Periplasmic component of the Tol biopolymer transport system-like protein  100 
 
 
448 aa  908  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.486208  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2751  cell surface protein  42.42 
 
 
728 aa  221  2e-56  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.270179  hitchhiker  0.0050065 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1478  cell surface protein  39.54 
 
 
675 aa  211  2e-53  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1479  cell surface protein  38.44 
 
 
669 aa  199  1e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0726  hypothetical protein  40.21 
 
 
560 aa  195  1e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3325  cell surface protein  38.87 
 
 
938 aa  190  6e-47  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00941994 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0834  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system-like  38.31 
 
 
1202 aa  187  5e-46  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  decreased coverage  0.00874286  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2844  hypothetical protein  36.28 
 
 
1001 aa  181  2e-44  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0777438  normal  0.0344466 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0724  cell surface protein  39.39 
 
 
713 aa  180  5e-44  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2440  PKD  38.19 
 
 
1042 aa  177  3e-43  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.120372  normal  0.562563 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0639  PKD domain-containing protein  32.65 
 
 
769 aa  172  8e-42  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.292646  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2845  cell surface protein  36.27 
 
 
960 aa  166  8e-40  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.726454  normal  0.0327621 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1484  hypothetical protein  35.61 
 
 
374 aa  157  3e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.481166  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1474  cell surface protein  45.31 
 
 
581 aa  155  1e-36  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.12576  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0430  hypothetical protein  31.83 
 
 
403 aa  150  5e-35  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.122087  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2441  PKD  32.63 
 
 
996 aa  146  8e-34  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  decreased coverage  1.0419e-05  normal  0.547756 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1213  Ig domain-containing protein  32.63 
 
 
1361 aa  144  3e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.406135  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3144  hypothetical protein  34.65 
 
 
971 aa  138  2e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0403657  normal  0.275799 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0125  hypothetical protein  32.51 
 
 
379 aa  137  4e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00889143  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1472  cell surface protein  42.25 
 
 
658 aa  135  2e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.055223  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1212  Ig domain-containing protein  32.41 
 
 
1279 aa  129  1e-28  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0494  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system-like protein  49.23 
 
 
171 aa  122  1e-26  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0597  hypothetical protein  30.74 
 
 
815 aa  116  7e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1471  cell surface protein  29.11 
 
 
685 aa  113  8e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.133477  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0492  hypothetical protein  34.15 
 
 
195 aa  108  3e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.652654  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1473  cell surface protein  29.86 
 
 
679 aa  97.4  5e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00112835  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3727  hypothetical protein  28.48 
 
 
331 aa  94  5e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3143  cell surface protein  27.86 
 
 
819 aa  86.7  7e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.302282  normal  0.566596 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3268  hypothetical protein  29.19 
 
 
329 aa  85.5  2e-15  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0855187 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0495  hypothetical protein  38.66 
 
 
126 aa  84.3  4e-15  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1680  cell wall/surface repeat-containing protein  26.46 
 
 
1263 aa  80.9  4e-14  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.513356  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3706  hypothetical protein  26.1 
 
 
771 aa  79  2e-13  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3324  hypothetical protein  29.55 
 
 
324 aa  76.6  9e-13  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0125921  normal  0.0119157 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1859  hypothetical protein  29.19 
 
 
529 aa  61.6  3e-08  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.956553 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0909  PKD domain-containing protein  36.56 
 
 
517 aa  58.9  2e-07  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0741281  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3623  hypothetical protein  25.09 
 
 
514 aa  55.5  2e-06  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4129  WD40 domain-containing protein  30.05 
 
 
572 aa  53.9  5e-06  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  9.00599e-07 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1915  WD40 domain-containing protein  27.4 
 
 
567 aa  53.5  8e-06  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00146751  unclonable  1.19274e-05 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0975  translocation protein TolB  30.71 
 
 
445 aa  51.6  3e-05  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0670772  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4016  WD40 domain protein beta Propeller  28.93 
 
 
169 aa  48.9  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.392857 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3387  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  27.4 
 
 
442 aa  47.4  0.0006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.413738  normal  0.777637 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1181  hypothetical protein  24.11 
 
 
442 aa  47  0.0007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.726983  normal  0.0574597 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0068  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  24.23 
 
 
422 aa  46.6  0.0008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0067  tol-pal system beta propeller repeat protein TolB  24.23 
 
 
422 aa  46.6  0.0008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.518188  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4436  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  28.08 
 
 
442 aa  46.6  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.314306  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0446  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  25.64 
 
 
340 aa  45.8  0.001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0278  WD40 domain-containing protein  24.46 
 
 
463 aa  45.4  0.002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  6.05867e-06  unclonable  1.00324e-05 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0522  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  25.79 
 
 
172 aa  45.1  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0175  TolB protein  29.81 
 
 
437 aa  44.7  0.003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.313268  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2019  TolB  29.81 
 
 
440 aa  44.7  0.003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.636869  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0588  WD40 domain protein beta Propeller  32.71 
 
 
439 aa  44.3  0.005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000301748  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2755  WD40 domain-containing protein  31.36 
 
 
160 aa  43.5  0.007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3347  Periplasmic component of the Tol biopolymer transport system-like protein  31.36 
 
 
160 aa  43.5  0.007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.52168  normal  0.409524 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3632  tolB protein, putative  23.91 
 
 
441 aa  43.1  0.009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  2.31281e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1111  translocation protein TolB  33.78 
 
 
446 aa  43.1  0.009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00131159  normal  0.386204 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0145  hypothetical protein  26.88 
 
 
961 aa  43.1  0.01  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>