110 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpal_1185 on replicon NC_011832
Organism: Methanosphaerula palustris E1-9c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011832  Mpal_1185  DNA polymerase I  100 
 
 
657 aa  1352    Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  unclonable  0.0000674312  normal  0.200661 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1253  DNA polymerase I  47.42 
 
 
679 aa  609  1e-173  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0839  DNA polymerase I  41.61 
 
 
655 aa  536  1e-151  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.148048 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3264  DNA polymerase I  29.83 
 
 
716 aa  235  2.0000000000000002e-60  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1210  DNA polymerase B region  27.78 
 
 
723 aa  224  3e-57  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.219967  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1891  DNA polymerase I  31.84 
 
 
768 aa  221  3.9999999999999997e-56  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2300  DNA polymerase B region  30.77 
 
 
552 aa  171  5e-41  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1444  DNA polymerase B region  28.57 
 
 
562 aa  154  5.9999999999999996e-36  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1884  DNA polymerase II  27.3 
 
 
786 aa  118  3.9999999999999997e-25  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115615  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1049  DNA polymerase II  26.01 
 
 
783 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0144376 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0961  DNA polymerase II  27.19 
 
 
785 aa  107  5e-22  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1087  DNA polymerase I  23.96 
 
 
853 aa  102  2e-20  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0393  DNA polymerase II  24.94 
 
 
794 aa  101  5e-20  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0816  DNA polymerase I  23.81 
 
 
854 aa  101  5e-20  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.766661  hitchhiker  0.00661096 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0922  DNA-directed DNA polymerase  23.2 
 
 
607 aa  99.8  2e-19  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.434202  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1320  DNA polymerase II  26.65 
 
 
784 aa  99.8  2e-19  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.4978 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1620  DNA-directed DNA polymerase  22.36 
 
 
882 aa  95.1  4e-18  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0874595  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1342  DNA polymerase Pol2  21.94 
 
 
781 aa  93.6  9e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  unclonable  0.0000000227387  normal  0.522725 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0144  DNA polymerase I  24.23 
 
 
871 aa  93.6  1e-17  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.248865  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1361  DNA polymerase I  22.92 
 
 
854 aa  93.6  1e-17  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1316  DNA-directed DNA polymerase  24.51 
 
 
784 aa  90.5  8e-17  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.198282  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0798  DNA polymerase I  23.28 
 
 
853 aa  90.1  1e-16  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1907  DNA polymerase I  22.65 
 
 
877 aa  90.1  1e-16  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.488214 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0948  DNA polymerase I  22.15 
 
 
852 aa  89.4  2e-16  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.158363 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0298  DNA polymerase I  23.46 
 
 
835 aa  85.9  0.000000000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.131674  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1378  DNA polymerase Pol2  22.01 
 
 
780 aa  85.1  0.000000000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.00266736 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2154  DNA polymerase II  25.41 
 
 
783 aa  84.7  0.000000000000005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00000768017  hitchhiker  0.000641936 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0530  DNA polymerase Pol2  21 
 
 
781 aa  82.4  0.00000000000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1258  replicative DNA polymerase I  22.49 
 
 
780 aa  80.1  0.0000000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_86981  DNA-directed DNA polymerase alpha Required for mitotic DNA synthesis, premeiotic DNA synthesis, recombination, and full sporulation  22.81 
 
 
1463 aa  68.9  0.0000000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1108  DNA polymerase B region  23.1 
 
 
821 aa  68.6  0.0000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.42537  normal  0.497226 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1367  DNA polymerase Pol2  22.25 
 
 
810 aa  67.8  0.0000000007  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.815142  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0798  DNA polymerase B region  23.79 
 
 
812 aa  65.5  0.000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.189737  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0616  hypothetical protein  23.77 
 
 
796 aa  62.8  0.00000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1688  replicative DNA polymerase I  28.25 
 
 
910 aa  61.6  0.00000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1740  DNA polymerase B region  23.43 
 
 
795 aa  62  0.00000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.883106  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0653  DNA polymerase Pol2  20.45 
 
 
811 aa  57.8  0.0000006  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.340246  n/a   
 
 
-
 
NC_006691  CNF04130  DNA polymerase alpha catalytic subunit, putative  27.37 
 
 
1485 aa  57.4  0.0000008  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.717791  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1397  DNA polymerase Pol2  26.95 
 
 
941 aa  57.4  0.0000008  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.61356  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2724  DNA polymerase II  26.92 
 
 
809 aa  55.8  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000453184  hitchhiker  0.0000581945 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01452  DNA polymerase II  25.31 
 
 
790 aa  55.5  0.000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3734  DNA polymerase II  23.15 
 
 
787 aa  54.3  0.000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1156  DNA polymerase B region  19.88 
 
 
818 aa  54.7  0.000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.809491  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1777  replicative DNA polymerase I  23.97 
 
 
932 aa  53.9  0.000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.227569  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1630  DNA polymerase II  23.57 
 
 
809 aa  54.3  0.000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00018706  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_10755  catalytic subunit of the DNA polymerase alpha-primase complex (Eurofung)  27.44 
 
 
1459 aa  53.9  0.00001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1250  DNA polymerase II  23.72 
 
 
801 aa  53.9  0.00001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0167112  hitchhiker  0.000178487 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1514  DNA polymerase II  21.17 
 
 
797 aa  53.9  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000185404  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2428  DNA polymerase II  26.49 
 
 
821 aa  53.1  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.124227  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2482  DNA polymerase II  25.09 
 
 
795 aa  52.8  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.205655  hitchhiker  0.00219855 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0255  DNA polymerase B region  23.93 
 
 
552 aa  53.1  0.00002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.604411  normal  0.249553 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1619  DNA polymerase II  26.28 
 
 
809 aa  53.1  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000233393  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1653  DNA polymerase II  26.28 
 
 
809 aa  53.1  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.112928  normal  0.0896662 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0109  DNA polymerase II  23.75 
 
 
783 aa  52.8  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.455197  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0103  DNA polymerase II  23.75 
 
 
783 aa  52  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.249231 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0104  DNA polymerase II  23.75 
 
 
783 aa  52  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0102  DNA polymerase II  23.75 
 
 
783 aa  52  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2469  DNA polymerase II  21.73 
 
 
810 aa  51.6  0.00004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00196726  hitchhiker  0.000569309 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1567  DNA polymerase II  25.16 
 
 
793 aa  52  0.00004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000253112  hitchhiker  0.0000162261 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1499  DNA-directed DNA polymerase  24.22 
 
 
912 aa  52  0.00004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2655  DNA polymerase II  27.81 
 
 
799 aa  51.2  0.00005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.697172  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2273  DNA polymerase II  20.35 
 
 
818 aa  51.2  0.00006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2361  DNA polymerase II  22.31 
 
 
787 aa  51.2  0.00006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.168731  normal  0.46504 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3630  DNA polymerase II  28 
 
 
786 aa  50.8  0.00007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1645  DNA polymerase II  23.32 
 
 
789 aa  50.4  0.00009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0528782  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2629  DNA polymerase II  23.08 
 
 
810 aa  50.4  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0639534  hitchhiker  0.0000529366 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0731  DNA polymerase II  24.36 
 
 
787 aa  50.1  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.13833  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3085  DNA polymerase II  24.2 
 
 
807 aa  50.1  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000404512  hitchhiker  0.0000370941 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2621  DNA polymerase II  23.39 
 
 
787 aa  49.3  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00407821  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2537  DNA polymerase II  23.08 
 
 
810 aa  49.7  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.132688  unclonable  0.0000408112 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63206  DNA polymerase delta catalytic subunit (DNA polymerase III)  23.77 
 
 
1070 aa  49.7  0.0002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.442314 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1820  DNA polymerase II  23.72 
 
 
808 aa  48.9  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0375  DNA polymerase B region  21.88 
 
 
1353 aa  48.9  0.0003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1857  DNA polymerase II  24.52 
 
 
809 aa  49.3  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.885669  normal  0.10624 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3658  DNA polymerase II  22.88 
 
 
792 aa  48.9  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0583295  normal  0.426144 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_44713  predicted protein  22.5 
 
 
982 aa  48.5  0.0004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0607  DNA polymerase II  24.2 
 
 
820 aa  48.1  0.0004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.427603  normal  0.519282 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5258  DNA polymerase II  24.5 
 
 
791 aa  48.5  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.946105  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5084  DNA polymerase II  23.84 
 
 
788 aa  48.1  0.0005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3234  DNA polymerase II  23.84 
 
 
788 aa  48.1  0.0005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.642975 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6015  DNA polymerase II  24.75 
 
 
795 aa  48.1  0.0005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0177  DNA polymerase B region  22.68 
 
 
929 aa  47.8  0.0006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0831  DNA polymerase II  23.9 
 
 
787 aa  47.8  0.0006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0134615  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00062  DNA polymerase II  23.6 
 
 
783 aa  47  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3539  DNA-directed DNA polymerase  23.6 
 
 
783 aa  47  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1060  DNA-directed DNA polymerase  21.43 
 
 
764 aa  47  0.001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.474491  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40120  DNA polymerase II  22.58 
 
 
787 aa  47.4  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3400  DNA polymerase II  22.58 
 
 
788 aa  47.4  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3418  DNA polymerase II  23.72 
 
 
789 aa  47  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0064  DNA polymerase II  23.6 
 
 
783 aa  47  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.406876  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0062  DNA polymerase II  23.6 
 
 
783 aa  47  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00931565  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2947  DNA polymerase II  23.72 
 
 
789 aa  47  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.670904 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3546  DNA polymerase II  23.72 
 
 
789 aa  47  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3597  DNA polymerase II  23.6 
 
 
783 aa  47  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000326268 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0062  DNA polymerase II  23.6 
 
 
783 aa  47  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0283986  normal  0.967142 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0052  DNA polymerase II  23.6 
 
 
783 aa  47  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00061  hypothetical protein  23.6 
 
 
783 aa  47  0.001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4584  DNA polymerase II  23.18 
 
 
788 aa  46.2  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.657494  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2210  DNA polymerase II  23.05 
 
 
782 aa  46.2  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.40989 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1903  DNA polymerase II  21.69 
 
 
786 aa  46.2  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.856945 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>