More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpal_0962 on replicon NC_011832
Organism: Methanosphaerula palustris E1-9c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011832  Mpal_0962  geranylgeranyl reductase  100 
 
 
399 aa  816  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.493163  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1945  geranylgeranyl reductase  65.74 
 
 
398 aa  529  1e-149  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0506  geranylgeranyl reductase  68.84 
 
 
398 aa  527  1e-148  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1123  geranylgeranyl reductase  63.18 
 
 
402 aa  517  1e-145  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0431  PUA domain-containing protein  59.19 
 
 
397 aa  476  1e-133  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1308  geranylgeranyl reductase  52.16 
 
 
406 aa  427  1e-118  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0369  geranylgeranyl reductase  48.6 
 
 
408 aa  395  1e-109  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0683691  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3422  geranylgeranyl reductase  52.15 
 
 
407 aa  396  1e-109  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.351163 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0044  geranylgeranyl reductase  50.4 
 
 
391 aa  392  1e-108  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.345503  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0578  geranylgeranyl reductase  43.18 
 
 
395 aa  321  1e-86  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1307  geranylgeranyl reductase  37.5 
 
 
391 aa  251  1e-65  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.398981  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1250  geranylgeranyl reductase  37.91 
 
 
390 aa  248  2e-64  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.375977  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0522  geranylgeranyl reductase  37.5 
 
 
390 aa  237  3e-61  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1386  geranylgeranyl reductase  36.66 
 
 
390 aa  233  3e-60  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1375  geranylgeranyl reductase  35.57 
 
 
390 aa  225  1e-57  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.545102  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1077  geranylgeranyl reductase  32.84 
 
 
399 aa  184  2e-45  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0240225  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0718  geranylgeranyl reductase  32.33 
 
 
387 aa  176  8e-43  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0172  bacteriochlorophyll synthase  31.65 
 
 
396 aa  169  5e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.935683 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0714  geranylgeranyl reductase  31.22 
 
 
386 aa  160  4e-38  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1711  geranylgeranyl reductase  35.71 
 
 
365 aa  154  3e-36  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2942  hypothetical protein  30.03 
 
 
416 aa  148  2e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.33678  normal  0.0128685 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1392  excinuclease ABC subunit C  29.07 
 
 
382 aa  145  1e-33  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0201698  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1696  geranylgeranyl reductase  33.82 
 
 
459 aa  136  6e-31  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0681  geranylgeranyl reductase  30.21 
 
 
453 aa  132  9e-30  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00166018  hitchhiker  6.84168e-06 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0303  geranylgeranyl reductase  30.64 
 
 
396 aa  132  1e-29  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.411579  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1347  geranylgeranyl reductase  29.79 
 
 
453 aa  131  2e-29  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0129504  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0810  geranylgeranyl reductase  28 
 
 
384 aa  130  3e-29  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0236364  normal  0.332437 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1073  geranylgeranyl reductase  28.41 
 
 
452 aa  129  7e-29  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0864  geranylgeranyl reductase  27.46 
 
 
396 aa  124  2e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  7.99674e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0444  geranylgeranyl reductase  32.88 
 
 
341 aa  124  3e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2206  FAD dependent oxidoreductase  26.85 
 
 
410 aa  122  9e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.685598 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0661  geranylgeranyl reductase  27.32 
 
 
375 aa  122  1e-26  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1007  FAD dependent oxidoreductase  29.11 
 
 
409 aa  122  1e-26  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0671  geranylgeranyl reductase  29.49 
 
 
381 aa  122  2e-26  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.421353  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2205  geranylgeranyl reductase  32.2 
 
 
363 aa  119  1e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2507  FAD dependent oxidoreductase  27.85 
 
 
414 aa  119  1e-25  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.206191  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0938  geranylgeranyl reductase  29.5 
 
 
453 aa  117  4e-25  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.129052 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0631  geranylgeranyl reductase  28.02 
 
 
402 aa  116  8e-25  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0643  geranylgeranyl reductase  33.05 
 
 
360 aa  115  1e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.770726  normal  0.124546 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3091  FAD dependent oxidoreductase  26.45 
 
 
410 aa  115  1e-24  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.275239  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3081  FAD dependent oxidoreductase  29.6 
 
 
413 aa  114  3e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1090  bacteriochlorophyll synthase 43 kDa subunit  25.74 
 
 
385 aa  114  4e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0939  FAD dependent oxidoreductase  26.29 
 
 
385 aa  111  2e-23  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0379493  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0166  geranylgeranyl reductase  27.51 
 
 
453 aa  111  2e-23  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0811  geranylgeranyl reductase  29.52 
 
 
453 aa  112  2e-23  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0668  geranylgeranyl reductase  30.29 
 
 
458 aa  111  3e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.159483  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0365  geranylgeranyl reductase  23.14 
 
 
386 aa  108  1e-22  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.230405  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1447  geranylgeranyl reductase  23.67 
 
 
392 aa  107  3e-22  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.134641  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0807  geranylgeranyl reductase  30.7 
 
 
348 aa  106  6e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00458422  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0023  geranylgeranyl reductase  27.5 
 
 
379 aa  102  1e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0136897  hitchhiker  0.00371909 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2633  geranylgeranyl reductase  29.23 
 
 
421 aa  101  2e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0539  geranylgeranyl reductase  24.23 
 
 
391 aa  100  3e-20  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1407  geranylgeranyl reductase  26.49 
 
 
398 aa  100  3e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.426262  normal  0.248213 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1349  geranylgeranyl reductase  23.78 
 
 
392 aa  101  3e-20  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0771  hypothetical protein  28.49 
 
 
379 aa  100  5e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3751  geranylgeranyl reductase  27.69 
 
 
406 aa  100  5e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0101048  hitchhiker  0.000524672 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2696  geranylgeranyl reductase, plantal and  29.41 
 
 
435 aa  99.8  8e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3043  geranylgeranyl reductase  29.84 
 
 
376 aa  99.4  9e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.483009 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0279  geranylgeranyl reductase  30.82 
 
 
424 aa  99.8  9e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.615542  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1955  hypothetical protein  28.24 
 
 
405 aa  99  1e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0697  FAD dependent oxidoreductase  28.37 
 
 
393 aa  98.2  2e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1087  electron transfer flavoprotein  26.78 
 
 
384 aa  98.6  2e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.384904  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0583  geranylgeranyl reductase  28.45 
 
 
425 aa  97.1  5e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0472  geranylgeranyl reductase  22.19 
 
 
385 aa  96.7  6e-19  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.730289  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0035  geranylgeranyl reductase  28.88 
 
 
380 aa  96.3  8e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.916237  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3265  geranylgeranyl reductase  26.77 
 
 
406 aa  96.3  8e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0200135 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1042  geranylgeranyl reductase  29.91 
 
 
388 aa  95.9  1e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0029  geranylgeranyl reductase  28.18 
 
 
380 aa  95.5  2e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0926  FAD dependent oxidoreductase  25.06 
 
 
411 aa  95.1  2e-18  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.609885  hitchhiker  0.00113671 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0129  FAD dependent oxidoreductase  28.01 
 
 
436 aa  95.1  2e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0537  geranylgeranyl reductase  28.42 
 
 
434 aa  93.6  6e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.118976 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4420  geranylgeranyl reductase  27.38 
 
 
418 aa  92.8  1e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1220  dehydrogenase (flavoprotein)-like protein  25.91 
 
 
378 aa  92.8  1e-17  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1523  geranylgeranyl reductase  27.95 
 
 
495 aa  90.9  3e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.545892  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2279  geranylgeranyl reductase  28.19 
 
 
413 aa  91.3  3e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1401  geranylgeranyl reductase  26.3 
 
 
376 aa  90.5  4e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0016  geranylgeranyl reductase  28.65 
 
 
380 aa  90.5  5e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.828893  normal  0.344079 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0973  geranylgeranyl reductase  29.6 
 
 
430 aa  90.1  6e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2172  geranylgeranyl reductase  32.54 
 
 
353 aa  89.7  9e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.328813  decreased coverage  7.12182e-10 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2544  geranylgeranyl reductase family protein  32.54 
 
 
353 aa  89.7  9e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0266  geranylgeranyl reductase  29.46 
 
 
445 aa  89.7  9e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.224418  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0468  geranylgeranyl reductase  28.72 
 
 
431 aa  89.4  1e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1166  geranylgeranyl reductase  30.47 
 
 
385 aa  89.4  1e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.355185  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1268  geranylgeranyl reductase  28.08 
 
 
375 aa  88.2  2e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2269  geranylgeranyl reductase  27.56 
 
 
398 aa  88.2  2e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8053  geranylgeranyl reductase  28.82 
 
 
423 aa  88.2  3e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.661392 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0648  geranylgeranyl reductase  30.42 
 
 
430 aa  87  6e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0626765  normal  0.0232794 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2055  geranylgeranyl reductase  25.5 
 
 
393 aa  86.7  6e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0830  geranylgeranyl reductase  27.55 
 
 
415 aa  86.7  7e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1920  geranylgeranyl reductase  28.7 
 
 
394 aa  86.7  7e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.571775 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0277  geranylgeranyl hydrogenase  28.7 
 
 
394 aa  86.7  7e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0022  geranylgeranyl reductase  27.45 
 
 
380 aa  86.3  8e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4464  geranylgeranyl reductase  26.84 
 
 
423 aa  85.1  2e-15  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.152921  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5052  geranylgeranyl reductase  28.45 
 
 
434 aa  84.7  2e-15  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0023  geranylgeranyl reductase  26.39 
 
 
379 aa  85.5  2e-15  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.086385  normal  0.74185 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4291  geranylgeranyl reductase  25.5 
 
 
393 aa  84.3  3e-15  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.464527 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1496  geranylgeranyl reductase  27.07 
 
 
361 aa  84  4e-15  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.963353  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3230  geranylgeranyl reductase  28.23 
 
 
431 aa  84  4e-15  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00716202 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3460  geranylgeranyl reductase  28.49 
 
 
362 aa  84  4e-15  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6683  geranylgeranyl reductase  27.06 
 
 
426 aa  83.6  5e-15  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00871957  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>