More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpal_0302 on replicon NC_011832
Organism: Methanosphaerula palustris E1-9c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011832  Mpal_0302  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 225 aa  454  1e-127  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.473834 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0061  DNA repair protein RadC  56.81 
 
 		 223 aa  246  1e-64  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2739  DNA repair protein RadC  52.47 
 
 		 225 aa  226  2e-58  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0081  DNA repair protein RadC  51.83 
 
 		 220 aa  225  4e-58  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3048  DNA repair protein RadC  46.05 
 
 		 221 aa  205  5e-52  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000000891178  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0110  hypothetical protein  47.17 
 
 		 247 aa  185  4e-46  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.222701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2092  DNA repair protein RadC  40.19 
 
 		 223 aa  182  5.0000000000000004e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2303  DNA repair protein RadC  39.65 
 
 		 229 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.432419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0382  DNA repair protein RadC  41.26 
 
 		 229 aa  168  5e-41  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0572  RadC family DNA repair protein  42.73 
 
 		 222 aa  167  2e-40  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.611512  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_511  DNA repair protein RadC  41.52 
 
 		 228 aa  166  2e-40  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000324187  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0546  DNA repair protein RadC  42.41 
 
 		 228 aa  165  5.9999999999999996e-40  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2135  DNA repair protein RadC  41.92 
 
 		 236 aa  164  8e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000438114  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2549  DNA repair protein RadC  42.98 
 
 		 227 aa  159  3e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4572  DNA repair protein RadC  41.4 
 
 		 225 aa  159  4e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345161  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0523  DNA repair protein RadC  38.67 
 
 		 230 aa  156  2e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4351  DNA repair protein RadC  40.47 
 
 		 225 aa  156  2e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.579867  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4187  DNA repair protein RadC  40.47 
 
 		 225 aa  156  2e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4685  DNA repair protein RadC  40.47 
 
 		 225 aa  156  2e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.92537  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0662  DNA repair protein RadC  40.93 
 
 		 225 aa  155  3e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.92951  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0973  DNA repair protein RadC  39.51 
 
 		 225 aa  156  3e-37  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0497584  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4198  DNA repair protein RadC  40 
 
 		 225 aa  156  3e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000602972  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0514  DNA repair protein RadC  39.09 
 
 		 241 aa  155  3e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120777  hitchhiker  0.000000000242554 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0899  DNA repair protein RadC  40.09 
 
 		 226 aa  155  4e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4545  DNA repair protein RadC  40 
 
 		 225 aa  155  4e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4299  DNA repair protein RadC  39.53 
 
 		 225 aa  155  5.0000000000000005e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4587  DNA repair protein RadC  40 
 
 		 225 aa  155  5.0000000000000005e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.46911  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2550  DNA repair protein RadC  39.47 
 
 		 226 aa  152  2.9999999999999998e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.727412  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4138  DNA repair protein RadC  39.73 
 
 		 228 aa  152  2.9999999999999998e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.592557  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0065  DNA repair protein RadC  38.67 
 
 		 227 aa  150  1e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2564  DNA repair protein RadC  37.89 
 
 		 229 aa  150  1e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1530  DNA repair protein RadC  42.06 
 
 		 227 aa  149  2e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0606843  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1630  DNA repair protein RadC  37.33 
 
 		 234 aa  150  2e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3340  DNA repair protein RadC  38.67 
 
 		 233 aa  150  2e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000661948  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2479  DNA repair protein RadC  40.64 
 
 		 245 aa  149  3e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3582  DNA repair protein RadC  38.46 
 
 		 229 aa  145  5e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3868  DNA repair protein RadC  38.67 
 
 		 231 aa  144  1e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.956659 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2399  DNA repair protein RadC  38.33 
 
 		 227 aa  144  1e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2111  DNA repair protein RadC  37.89 
 
 		 227 aa  144  1e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0881  DNA repair protein RadC  38.39 
 
 		 228 aa  144  1e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.701712  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1642  DNA repair protein RadC  36.84 
 
 		 235 aa  143  2e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000389911  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0386  DNA repair protein RadC  38.22 
 
 		 229 aa  143  3e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1467  DNA repair protein RadC  37.21 
 
 		 230 aa  142  4e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0215  DNA repair protein RadC  35.85 
 
 		 213 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3784  DNA repair protein RadC  38.22 
 
 		 231 aa  138  6e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1513  DNA repair protein RadC  35.85 
 
 		 222 aa  138  7e-32  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0598  DNA repair protein RadC  37.09 
 
 		 223 aa  137  1e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0777  DNA repair protein RadC  36.94 
 
 		 229 aa  137  1e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1307  DNA repair protein RadC  33.18 
 
 		 231 aa  135  4e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00169173  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1825  DNA repair protein RadC  38.03 
 
 		 233 aa  135  4e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0935  DNA repair protein RadC  36.53 
 
 		 222 aa  135  7.000000000000001e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.266168  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0820  DNA repair protein RadC  37.04 
 
 		 232 aa  134  8e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0735  DNA repair protein RadC  37.16 
 
 		 223 aa  134  9.999999999999999e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14250  DNA repair protein RadC  38.6 
 
 		 228 aa  133  1.9999999999999998e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000326992  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1412  DNA repair protein RadC  34.11 
 
 		 227 aa  132  3e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0523  DNA repair protein RadC  34.26 
 
 		 231 aa  133  3e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.000000000215475  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1532  DNA repair protein RadC  35.37 
 
 		 237 aa  131  7.999999999999999e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1465  DNA repair protein RadC  33.96 
 
 		 222 aa  130  2.0000000000000002e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00049  DNA repair protein RadC  34.65 
 
 		 225 aa  130  2.0000000000000002e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00103184  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0630  DNA repair protein RadC  34.25 
 
 		 229 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1319  DNA repair protein RadC  34.27 
 
 		 228 aa  129  2.0000000000000002e-29  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000567698  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4352  DNA repair protein RadC  37.56 
 
 		 227 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000113857  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2376  DNA repair protein RadC  34.35 
 
 		 232 aa  130  2.0000000000000002e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000665213  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2138  DNA repair protein RadC  36 
 
 		 224 aa  129  3e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.574311  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1818  DNA repair protein RadC  37.79 
 
 		 222 aa  129  3e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.852458  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1430  DNA repair protein RadC  34.74 
 
 		 228 aa  129  3e-29  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0536  DNA repair protein RadC  38.63 
 
 		 229 aa  129  4.0000000000000003e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.604905 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1541  DNA repair protein RadC  37.5 
 
 		 232 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000897994  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1101  DNA repair protein RadC  34.26 
 
 		 226 aa  128  8.000000000000001e-29  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1789  DNA repair protein  34.82 
 
 		 224 aa  127  1.0000000000000001e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.582251  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1761  DNA repair protein RadC  33.8 
 
 		 223 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1220  DNA repair protein RadC  34.6 
 
 		 215 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0391  DNA repair protein RadC  34.65 
 
 		 243 aa  125  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0400  DNA repair protein RadC  34.65 
 
 		 243 aa  125  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.161465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1235  DNA repair protein RadC  34.6 
 
 		 222 aa  125  7e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2262  DNA repair proteins  44.59 
 
 		 206 aa  125  7e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.195306  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5335  DNA repair protein RadC  36.61 
 
 		 226 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00550179 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0236  DNA repair protein RadC  33.62 
 
 		 224 aa  124  8.000000000000001e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0983  DNA repair protein RadC  41.51 
 
 		 231 aa  124  1e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0067  DNA repair protein RadC  35.35 
 
 		 222 aa  123  2e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000216711  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0831  DNA repair protein RadC  34.7 
 
 		 223 aa  124  2e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.950681  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2588  DNA repair protein RadC  34.36 
 
 		 224 aa  123  2e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.16454 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3678  DEAD/DEAH box helicase-like  33.33 
 
 		 224 aa  123  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00158019  normal  0.0453807 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0101  DNA repair protein RadC  33.19 
 
 		 243 aa  122  4e-27  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1778  DNA repair protein RadC  33.92 
 
 		 243 aa  122  5e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.69629 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0086  DNA repair protein RadC  34.38 
 
 		 224 aa  122  6e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1153  DNA repair protein  35.02 
 
 		 233 aa  121  8e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0172  DNA repair protein RadC  34.93 
 
 		 243 aa  121  9e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00178125  normal  0.223385 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03495  DNA repair protein RadC  34.88 
 
 		 222 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0032943  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2168  DNA repair protein RadC  44.72 
 
 		 163 aa  120  9.999999999999999e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00702134  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0176  DNA repair protein RadC  31.8 
 
 		 225 aa  121  9.999999999999999e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.260187  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4139  DNA repair protein RadC  34.88 
 
 		 222 aa  120  9.999999999999999e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000017896  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0037  DNA repair protein RadC  37.22 
 
 		 233 aa  121  9.999999999999999e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0073  DNA repair protein RadC  34.88 
 
 		 214 aa  120  9.999999999999999e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000433644  hitchhiker  0.000000188277 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3973  DNA repair protein RadC  34.88 
 
 		 222 aa  120  9.999999999999999e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000015619  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03447  hypothetical protein  34.88 
 
 		 222 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00415391  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0144  DNA repair protein RadC  32.39 
 
 		 222 aa  121  9.999999999999999e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00783617  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5008  DNA repair protein RadC  34.88 
 
 		 222 aa  120  9.999999999999999e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000000900324  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02919  DNA repair protein RadC  33.04 
 
 		 225 aa  121  9.999999999999999e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2073  DNA repair protein RadC  32.6 
 
 		 243 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00545763 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>