More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpal_0040 on replicon NC_011832
Organism: Methanosphaerula palustris E1-9c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011832  Mpal_0040  DNA repair and recombination protein RadA  100 
 
 		 327 aa  666    Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2099  DNA repair and recombination protein RadA  80.12 
 
 		 325 aa  550  1e-155  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2940  DNA repair and recombination protein RadA  78.88 
 
 		 407 aa  524  1e-148  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00873973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0637  DNA repair and recombination protein RadA  73.62 
 
 		 329 aa  507  9.999999999999999e-143  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1918  DNA repair and recombination protein RadA  75.78 
 
 		 324 aa  502  1e-141  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2033  DNA repair and recombination protein RadA  67.3 
 
 		 325 aa  429  1e-119  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.507845  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2338  DNA repair and recombination protein RadA  65.62 
 
 		 325 aa  424  1e-117  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.901889  normal  0.0155582 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0885  DNA repair and recombination protein RadA  66.35 
 
 		 322 aa  410  1e-113  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0211  DNA repair and recombination protein RadA  57.4 
 
 		 343 aa  405  1.0000000000000001e-112  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0430  DNA repair and recombination protein RadA  61.32 
 
 		 324 aa  399  9.999999999999999e-111  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1185  DNA repair and recombination protein RadA  57.77 
 
 		 349 aa  399  9.999999999999999e-111  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2624  DNA repair and recombination protein RadA  57.99 
 
 		 343 aa  395  1e-109  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.387482 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1273  DNA repair and recombination protein RadA  57.35 
 
 		 348 aa  395  1e-109  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1831  DNA repair and recombination protein RadA  56.18 
 
 		 343 aa  397  1e-109  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0713  DNA repair and recombination protein RadA  51.09 
 
 		 330 aa  321  9.000000000000001e-87  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.33185 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2081  DNA repair and recombination protein RadA  50.15 
 
 		 332 aa  320  9.999999999999999e-87  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2310  DNA repair and recombination protein RadA  50.93 
 
 		 333 aa  318  7e-86  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.469487  hitchhiker  0.00856648 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1953  DNA repair and recombination protein RadA  50.47 
 
 		 330 aa  318  9e-86  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1118  DNA repair and recombination protein RadA  49.38 
 
 		 358 aa  305  6e-82  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1226  DNA repair and recombination protein RadA  46.86 
 
 		 324 aa  305  8.000000000000001e-82  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0009  DNA repair and recombination protein RadA  46.54 
 
 		 324 aa  301  8.000000000000001e-81  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.416037  normal  0.130845 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1017  DNA repair and recombination protein RadA  49.38 
 
 		 358 aa  299  5e-80  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.103289  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0982  DNA repair and recombination protein RadA  47.4 
 
 		 322 aa  294  2e-78  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0537  DNA repair and recombination protein RadA  48.48 
 
 		 322 aa  281  2e-74  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0368  DNA repair and recombination protein RadA  47.58 
 
 		 322 aa  278  9e-74  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1450  DNA repair and recombination protein RadA  47.09 
 
 		 322 aa  277  2e-73  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0942903  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1386  DNA repair and recombination protein RadA  44.75 
 
 		 388 aa  275  9e-73  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0469  DNA repair and recombination protein RadA  47.09 
 
 		 322 aa  274  1.0000000000000001e-72  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_54533  Rad51 DNA recombination/repair protein  41.46 
 
 		 350 aa  227  2e-58  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.724719  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01237  UvsC protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:P78579]  38.41 
 
 		 348 aa  224  1e-57  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.523208  normal  1 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09092  meiotic recombination protein (Dmc1), putative (AFU_orthologue; AFUA_7G02200)  40.75 
 
 		 658 aa  222  6e-57  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.515485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_33041  predicted protein  39.51 
 
 		 343 aa  221  9.999999999999999e-57  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0526282 
 
 
-
 
NC_006682  CNM01780  meiotic recombination-related protein, putative  37.5 
 
 		 323 aa  209  5e-53  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.51774  n/a   
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_17346  predicted protein  36.76 
 
 		 358 aa  209  5e-53  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.908819  normal  0.780808 
 
 
-
 
NC_006670  CNA06990  recombinase, putative  38.62 
 
 		 365 aa  204  2e-51  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.108784  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1023  Rad51-like  37.99 
 
 		 315 aa  190  2.9999999999999997e-47  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.973197  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1396  Fis family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 312 aa  125  1e-27  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.358472  normal  0.485282 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_17626  predicted protein  28.11 
 
 		 358 aa  125  1e-27  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0870528  hitchhiker  0.00372316 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0486  Rad51-like protein  29.17 
 
 		 311 aa  124  2e-27  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.100378  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0743  Rad51-like  37.3 
 
 		 250 aa  123  5e-27  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1633  Rad51 domain-containing protein  29.47 
 
 		 307 aa  119  9e-26  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.11008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2031  Rad51-like protein  31.09 
 
 		 314 aa  117  3e-25  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000000738645 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0762  Fis family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 312 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0530008 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_54137  Rad51 DNA recombination/repair protein  27.72 
 
 		 363 aa  106  7e-22  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_50387  predicted protein  27.57 
 
 		 351 aa  94  3e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.142215  normal  0.0213314 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0491  DNA repair and recombination protein RadB  30.89 
 
 		 227 aa  89.7  6e-17  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1786  DNA repair and recombination protein RadB  30.86 
 
 		 235 aa  85.9  9e-16  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.729381  normal  0.0464986 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0907  DNA repair and recombination protein RadB  29.2 
 
 		 227 aa  85.5  0.000000000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2123  DNA repair and recombination protein RadB  27.12 
 
 		 225 aa  82  0.00000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0926  DNA repair and recombination protein RadB  28.16 
 
 		 221 aa  81.3  0.00000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2158  DNA repair and recombination protein RadB  27.23 
 
 		 235 aa  78.6  0.0000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2159  DNA repair and recombination protein RadB  32.07 
 
 		 224 aa  78.2  0.0000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1629  DNA repair and recombination protein RadB  28.51 
 
 		 235 aa  75.9  0.000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.554742  normal  0.462396 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0077  DNA repair and recombination protein RadB  26.5 
 
 		 275 aa  75.5  0.000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.327122  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0260  DNA repair and recombination protein RadB  28.28 
 
 		 224 aa  71.2  0.00000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.92433 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10145  DNA repair protein (Rad57), putative (AFU_orthologue; AFUA_1G12520)  29.28 
 
 		 554 aa  69.3  0.00000000009  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.263483 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1039  DNA repair and recombination protein RadB  25.93 
 
 		 243 aa  69.3  0.00000000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0087  RecA/RadA recombinase-like protein  27.37 
 
 		 217 aa  67.8  0.0000000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.439691 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1272  hypothetical protein  28.94 
 
 		 224 aa  66.2  0.0000000007  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.998309 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1640  DNA repair and recombination protein RadB  26.64 
 
 		 215 aa  63.5  0.000000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.301627  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1162  recA protein  24.89 
 
 		 356 aa  62  0.00000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.501327  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2429  DNA repair and recombination protein RadB  28.22 
 
 		 226 aa  60.1  0.00000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2453  ATPase  28.21 
 
 		 234 aa  59.3  0.00000009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.695737 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0074  recA protein  27.27 
 
 		 344 aa  59.3  0.00000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_58642  predicted protein  29.79 
 
 		 541 aa  56.2  0.0000007  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  hitchhiker  0.00988886  normal  0.20524 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0005  recA protein  26.79 
 
 		 355 aa  56.2  0.0000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0310986  normal  0.0651314 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0360  recA protein  24.63 
 
 		 339 aa  56.2  0.0000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000245068  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10720  protein RecA  24.7 
 
 		 361 aa  56.2  0.0000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000907009  unclonable  0.00000000149755 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3103  recA protein  24.89 
 
 		 343 aa  55.8  0.0000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000175278  normal  0.820651 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0872  recombinase A  27.27 
 
 		 414 aa  55.1  0.000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.396783  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0274  DNA repair and recombination protein RadB  27.75 
 
 		 215 aa  55.5  0.000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.944285  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1522  recombinase A  25.84 
 
 		 361 aa  55.5  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2439  recA protein  23.42 
 
 		 347 aa  54.3  0.000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000566681  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11890  recA protein  24.32 
 
 		 357 aa  54.3  0.000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000128048  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1927  recombinase A  24.07 
 
 		 352 aa  54.7  0.000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1645  recombinase A  24.07 
 
 		 352 aa  54.7  0.000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0924  DNA recombination protein, RecA  25.34 
 
 		 342 aa  53.1  0.000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1492  recA protein  24.55 
 
 		 345 aa  53.1  0.000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.211084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_26240  predicted protein  26.07 
 
 		 369 aa  53.1  0.000007  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  hitchhiker  0.00269696 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3106  recA protein  24.14 
 
 		 346 aa  53.1  0.000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000524014  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1616  recA protein  24.11 
 
 		 348 aa  52.8  0.000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.445296  normal  0.968936 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2169  recombinase A  25.36 
 
 		 364 aa  52.8  0.000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.423968  normal  0.0596488 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0523  recombinase A  25.47 
 
 		 362 aa  52.8  0.000009  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000473291  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1958  recombinase A  25.36 
 
 		 362 aa  52.4  0.000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.212458 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0988  DNA repair and recombination protein RadB  24.58 
 
 		 216 aa  52  0.00001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0377224  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1765  recombinase A  23.98 
 
 		 348 aa  52.4  0.00001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1765  recombinase A  23.98 
 
 		 348 aa  52.4  0.00001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1267  recA protein  26.24 
 
 		 358 aa  52.4  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.165392  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0972  recombinase A  24.77 
 
 		 349 aa  52.4  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000464693  normal  0.0586083 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1079  recA protein  24.32 
 
 		 348 aa  52.4  0.00001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1263  recombinase A  26.32 
 
 		 360 aa  52.4  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.778933  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0945  recombinase A  24.77 
 
 		 349 aa  52.4  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0881  recombinase A  26.67 
 
 		 340 aa  51.6  0.00002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_22971  recombinase A  25.88 
 
 		 379 aa  51.2  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1324  recombinase A  24.4 
 
 		 354 aa  51.6  0.00002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.427425 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2819  recombinase A  21.82 
 
 		 366 aa  51.2  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.737949  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2558  recombinase A  24.66 
 
 		 362 aa  51.6  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.352201  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0530  recA protein  23.56 
 
 		 327 aa  51.6  0.00002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1490  DNA repair and recombination protein RadB  23.63 
 
 		 213 aa  51.2  0.00002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.695224  n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_40092  Rad51 DNA recombination/repair protein  22.48 
 
 		 456 aa  51.2  0.00002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>