More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpal_0038 on replicon NC_011832
Organism: Methanosphaerula palustris E1-9c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011832  Mpal_0038  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 		 429 aa  877    Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2097  diaminopimelate decarboxylase  72.43 
 
 		 430 aa  645    Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.579458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1916  diaminopimelate decarboxylase  70.33 
 
 		 430 aa  613  9.999999999999999e-175  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2942  diaminopimelate decarboxylase  68.07 
 
 		 430 aa  604  9.999999999999999e-173  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000269013  normal  0.385916 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0634  diaminopimelate decarboxylase  62.09 
 
 		 433 aa  555  1e-157  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0745  diaminopimelate decarboxylase  54.48 
 
 		 440 aa  433  1e-120  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.300133  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  43.49 
 
 		 420 aa  328  9e-89  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0541  diaminopimelate decarboxylase  43.68 
 
 		 418 aa  323  3e-87  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0830  diaminopimelate decarboxylase  44.47 
 
 		 423 aa  317  2e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0226  diaminopimelate decarboxylase  45.87 
 
 		 414 aa  314  1.9999999999999998e-84  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.148169 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1978  diaminopimelate decarboxylase  41.61 
 
 		 415 aa  314  1.9999999999999998e-84  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00280212  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  40.15 
 
 		 419 aa  313  3.9999999999999997e-84  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0348  diaminopimelate decarboxylase  42.08 
 
 		 445 aa  310  4e-83  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869616  hitchhiker  0.0000188674 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1468  diaminopimelate decarboxylase  39.95 
 
 		 423 aa  308  9e-83  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3139  diaminopimelate decarboxylase  43.3 
 
 		 419 aa  308  1.0000000000000001e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.167339  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0207  diaminopimelate decarboxylase  39.63 
 
 		 435 aa  308  1.0000000000000001e-82  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.235177  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0233  diaminopimelate decarboxylase  39.58 
 
 		 417 aa  306  3e-82  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.601671  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  41.81 
 
 		 416 aa  305  1.0000000000000001e-81  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5227  diaminopimelate decarboxylase  43.19 
 
 		 415 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0444  diaminopimelate decarboxylase  39.9 
 
 		 414 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.249159  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5513  diaminopimelate decarboxylase  42.15 
 
 		 425 aa  304  2.0000000000000002e-81  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.568849 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5136  diaminopimelate decarboxylase  43.19 
 
 		 415 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.206313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3112  diaminopimelate decarboxylase  42.58 
 
 		 418 aa  303  4.0000000000000003e-81  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.507719  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5288  diaminopimelate decarboxylase  42.96 
 
 		 415 aa  303  5.000000000000001e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0086  diaminopimelate decarboxylase  41.78 
 
 		 432 aa  303  5.000000000000001e-81  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1439  diaminopimelate decarboxylase  40.95 
 
 		 412 aa  301  1e-80  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4055  diaminopimelate decarboxylase  39.34 
 
 		 417 aa  300  2e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0390  diaminopimelate decarboxylase  40.87 
 
 		 414 aa  301  2e-80  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0494  diaminopimelate decarboxylase  40.91 
 
 		 416 aa  301  2e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1337  diaminopimelate decarboxylase  39.43 
 
 		 418 aa  300  3e-80  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3410  diaminopimelate decarboxylase  43.43 
 
 		 422 aa  300  3e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000272348 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69670  diaminopimelate decarboxylase  43.81 
 
 		 415 aa  300  4e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3634  diaminopimelate decarboxylase  40.62 
 
 		 414 aa  300  5e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.239025  normal  0.49264 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0391  diaminopimelate decarboxylase  40.38 
 
 		 414 aa  299  6e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4145  diaminopimelate decarboxylase  38.88 
 
 		 417 aa  297  2e-79  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002110  diaminopimelate decarboxylase  42.09 
 
 		 417 aa  297  2e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00310  diaminopimelate decarboxylase  42.34 
 
 		 417 aa  297  3e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6020  diaminopimelate decarboxylase  43.33 
 
 		 415 aa  296  4e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.422247  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2420  diaminopimelate decarboxylase  40.47 
 
 		 417 aa  296  5e-79  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.04804e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0351  diaminopimelate decarboxylase  41.61 
 
 		 420 aa  296  5e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0103305 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0447  diaminopimelate decarboxylase  38.66 
 
 		 436 aa  296  5e-79  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.7159  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4309  diaminopimelate decarboxylase  40.29 
 
 		 414 aa  295  1e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0390  diaminopimelate decarboxylase  39.18 
 
 		 414 aa  295  1e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.584204  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5498  diaminopimelate decarboxylase  43.88 
 
 		 415 aa  294  2e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0267  diaminopimelate decarboxylase  43.88 
 
 		 415 aa  294  2e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0396  diaminopimelate decarboxylase  42.39 
 
 		 425 aa  294  2e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0943424  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3276  diaminopimelate decarboxylase  42.45 
 
 		 419 aa  294  2e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3740  diaminopimelate decarboxylase  40.1 
 
 		 419 aa  294  2e-78  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000793006 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0390  diaminopimelate decarboxylase  38.66 
 
 		 436 aa  293  3e-78  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0225  diaminopimelate decarboxylase  43.54 
 
 		 415 aa  293  3e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895635  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0238  diaminopimelate decarboxylase  40.62 
 
 		 414 aa  294  3e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.24058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0245  diaminopimelate decarboxylase  42.69 
 
 		 415 aa  294  3e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.377243  normal  0.537295 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0377  diaminopimelate decarboxylase  39.81 
 
 		 414 aa  293  3e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1713  diaminopimelate decarboxylase  39.04 
 
 		 417 aa  293  3e-78  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.283347  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2910  diaminopimelate decarboxylase  41.99 
 
 		 423 aa  293  5e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334908 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0058  diaminopimelate decarboxylase  39.3 
 
 		 434 aa  293  5e-78  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.586159  normal  0.874852 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47700  diaminopimelate decarboxylase  42.93 
 
 		 415 aa  292  6e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0182  diaminopimelate decarboxylase  43.78 
 
 		 415 aa  293  6e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0314  diaminopimelate decarboxylase  40.38 
 
 		 417 aa  293  6e-78  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3257  diaminopimelate decarboxylase  41.99 
 
 		 423 aa  292  7e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.314031  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3213  diaminopimelate decarboxylase  41.08 
 
 		 432 aa  292  8e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.399743 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0834  diaminopimelate decarboxylase  40.14 
 
 		 418 aa  291  1e-77  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1473  diaminopimelate decarboxylase  38.8 
 
 		 436 aa  291  1e-77  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1847  diaminopimelate decarboxylase  41.41 
 
 		 418 aa  291  1e-77  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3588  diaminopimelate decarboxylase  42.04 
 
 		 417 aa  291  2e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.776676  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0158  diaminopimelate decarboxylase  38.32 
 
 		 417 aa  290  3e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.193099  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3031  diaminopimelate decarboxylase  40.9 
 
 		 423 aa  290  4e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0219  diaminopimelate decarboxylase  40.14 
 
 		 443 aa  290  5.0000000000000004e-77  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000590665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2394  diaminopimelate decarboxylase  41.26 
 
 		 417 aa  289  6e-77  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.362349  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0125  diaminopimelate decarboxylase  40.92 
 
 		 417 aa  289  6e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.788285  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2802  diaminopimelate decarboxylase  40.94 
 
 		 420 aa  289  8e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3737  diaminopimelate decarboxylase  41.49 
 
 		 423 aa  288  9e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1240  diaminopimelate decarboxylase  37.79 
 
 		 420 aa  288  1e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0696  diaminopimelate decarboxylase  41.45 
 
 		 431 aa  288  2e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2756  diaminopimelate decarboxylase  41.49 
 
 		 423 aa  287  2e-76  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.303641  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0041  diaminopimelate decarboxylase  41.18 
 
 		 414 aa  287  2e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1897  diaminopimelate decarboxylase  41.49 
 
 		 423 aa  287  2e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.705809  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0683  diaminopimelate decarboxylase  40.75 
 
 		 437 aa  287  2e-76  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000143238  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3451  diaminopimelate decarboxylase  41.49 
 
 		 423 aa  287  2e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3708  diaminopimelate decarboxylase  41.49 
 
 		 423 aa  287  2e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3116  diaminopimelate decarboxylase  43.29 
 
 		 424 aa  288  2e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0675356 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1740  diaminopimelate decarboxylase  40.89 
 
 		 422 aa  288  2e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.309969  normal  0.840232 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3197  diaminopimelate decarboxylase  41.49 
 
 		 423 aa  287  2e-76  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0207  diaminopimelate decarboxylase  39.43 
 
 		 420 aa  287  2.9999999999999996e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0083  diaminopimelate decarboxylase  40.28 
 
 		 432 aa  286  2.9999999999999996e-76  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000822301 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0515  diaminopimelate decarboxylase  36.49 
 
 		 436 aa  286  2.9999999999999996e-76  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.843079  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  42.99 
 
 		 422 aa  287  2.9999999999999996e-76  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3766  diaminopimelate decarboxylase  41.49 
 
 		 423 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.795007  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2443  diaminopimelate decarboxylase  40.19 
 
 		 445 aa  286  5.999999999999999e-76  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000493249  normal  0.450296 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3606  diaminopimelate decarboxylase  41.61 
 
 		 420 aa  286  5.999999999999999e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00198954  hitchhiker  0.0000000450016 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2979  diaminopimelate decarboxylase protein  41.65 
 
 		 451 aa  285  7e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.492096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0716  diaminopimelate decarboxylase  41.45 
 
 		 431 aa  286  7e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.670894 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0992  diaminopimelate decarboxylase  40.85 
 
 		 427 aa  285  8e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4130  diaminopimelate decarboxylase  38.66 
 
 		 414 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.638139 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5223  diaminopimelate decarboxylase  39.77 
 
 		 421 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0209  diaminopimelate decarboxylase  41.85 
 
 		 415 aa  283  3.0000000000000004e-75  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0997  diaminopimelate decarboxylase  41.03 
 
 		 421 aa  283  6.000000000000001e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.877632  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0075  diaminopimelate decarboxylase  40.79 
 
 		 416 aa  282  7.000000000000001e-75  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3250  diaminopimelate decarboxylase  40.53 
 
 		 414 aa  282  9e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.773654 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0322  diaminopimelate decarboxylase  39.81 
 
 		 414 aa  282  1e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.475449  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>