87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_R0086 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_R0086  tRNA-Asn  100 
 
 		 84 bp  167  5e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA40  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0135525  normal  0.0275356 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0087  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0076  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.77205  normal  0.0987165 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0030  tRNA-Pro  97.83 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0641219  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0057  tRNA-Pro  97.83 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.600099  normal  0.289188 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0009  tRNA-Pro  97.83 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0005  tRNA-Pro  97.83 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0774  tRNA-Pro  95.56 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.631  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0019  tRNA-Pro  95.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0011  tRNA-Pro  95.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.11857  normal  0.0548204 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0048  tRNA-Pro  95.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.255642  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t10  tRNA-Pro  95.24 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0829003  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0039  tRNA-Pro  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000294906  hitchhiker  0.000684327 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0615  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.394292  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0057  tRNA-Pro  97.22 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0015  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0316324  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0016  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0033  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.00710383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAProVIMSS1309295  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.339192 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0047  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0017  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0019  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.0000000000000100673  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0034  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.870471  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0033  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.216286  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0044  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0034  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.199678  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0005  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.964403 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0038  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.00000000141075  hitchhiker  0.00442876 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0340  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0001  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0035  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00000571794  hitchhiker  0.0000531069 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0001  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0010  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0021  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t01  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03410  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000139149  hitchhiker  1.96604e-19 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0032  tRNA-Pro  89.13 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0580782  normal  0.580774 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0022  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t01  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0036  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.211682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0037  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0059  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0493454  normal  0.0177961 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0033  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.981305 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA1  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R7  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.365989  normal  0.610069 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0023  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000446356  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0007  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0101042 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0020  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0025  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.349516 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t27  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0120151  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0020  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00576144  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAValVIMSS1309267  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1637  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.590858  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna31  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.184408  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60330  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.665088  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0053  tRNA-Pro  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00100217  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0044  tRNA-Pro  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.408268  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt16  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAProVIMSS1309152  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0061  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.273453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAProVIMSS1309076  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAProVIMSS1309142  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.165714  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAProVIMSS1309195  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.0101473 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA15  tRNA-Pro  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.924702 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0020  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0004  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.14749  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAProVIMSS1309349  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.521011 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0067  tRNA-Pro  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.912761 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0051  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0026  tRNA-Pro  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309070  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0042  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0039  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0037  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0010  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0054  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.190136  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0052  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.330689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0057  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0039  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0014  tRNA-Pro  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000112048 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0050  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.134805  hitchhiker  0.00793111 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0011  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0269347  normal  0.199214 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0711  tRNA-Pro  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0050  tRNA-Pro  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0840957  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0057  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0004  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.298901  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>