More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_8728 on replicon NC_011892
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011892  Mnod_8728  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
304 aa  600  1e-171  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  52.58 
 
 
299 aa  283  4e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  52.23 
 
 
299 aa  281  1e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  52.23 
 
 
299 aa  281  1e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  52.23 
 
 
299 aa  281  1e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  51.89 
 
 
299 aa  280  2e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  51.89 
 
 
299 aa  280  2e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  51.89 
 
 
299 aa  280  2e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  51.89 
 
 
299 aa  280  2e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 
309 aa  270  1e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3627  transcriptional regulator, LysR family  48.08 
 
 
305 aa  270  2e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3488  transcriptional regulator, LysR family  48.08 
 
 
302 aa  267  1e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  47.08 
 
 
301 aa  264  2e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1031  LysR family transcriptional regulator  45.92 
 
 
302 aa  260  3e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4333  LysR family transcriptional regulator  45.58 
 
 
302 aa  258  7e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.207282 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1391  LysR family transcriptional regulator  44.93 
 
 
302 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3839  LysR family transcriptional regulator  45.3 
 
 
302 aa  254  9e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1021  LysR family transcriptional regulator  44.6 
 
 
302 aa  253  2e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3252  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  44.6 
 
 
302 aa  253  3e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  5.63268e-08 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0969  LysR family substrate binding transcriptional regulator  44.6 
 
 
302 aa  253  3e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2524  transcriptional regulator, LysR family  46.42 
 
 
320 aa  252  5e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4422  LysR family transcriptional regulator  45.58 
 
 
302 aa  252  7e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.481788 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00680  LysR family transcriptional regulator  47.77 
 
 
306 aa  250  3e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0056  putative transcriptional regulator  47.42 
 
 
306 aa  249  3e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2349  transcriptional regulator, LysR family  44.6 
 
 
302 aa  249  4e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1807  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 
305 aa  249  4e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.625247  normal  0.540771 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2042  LysR family transcriptional regulator  45.73 
 
 
297 aa  247  2e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.579809 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1387  transcriptional regulator, LysR family  46.37 
 
 
300 aa  246  4e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0754648  normal  0.547143 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  47.92 
 
 
309 aa  243  2e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2782  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 
320 aa  243  3e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0196765  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1323  transcriptional regulator, LysR family  45.33 
 
 
300 aa  243  3e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4777  LysR family transcriptional regulator  46.49 
 
 
299 aa  241  8e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3163  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 
314 aa  241  1e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3164  LysR family transcriptional regulator  42.3 
 
 
314 aa  240  2e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1207  transcriptional regulator, LysR family  41.97 
 
 
314 aa  239  4e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3307  LysR family transcriptional regulator  41.97 
 
 
314 aa  239  4e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0110166 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3473  LysR family transcriptional regulator  41.33 
 
 
307 aa  237  2e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  43.39 
 
 
317 aa  234  1e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.929586 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1091  LysR family transcriptional regulator  41.25 
 
 
307 aa  232  5e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1091  LysR family transcriptional regulator  41.25 
 
 
307 aa  231  1e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.93926 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1157  LysR family transcriptional regulator  40.92 
 
 
307 aa  231  1e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.24522 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000935  LysR-family transcriptional regulator  43.51 
 
 
295 aa  229  3e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0375861  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 
303 aa  229  5e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1264  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  41.92 
 
 
335 aa  224  1e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  40.41 
 
 
307 aa  223  4e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2447  transcriptional regulator, LysR family  44.56 
 
 
294 aa  219  4e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.707294  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  39.38 
 
 
302 aa  216  4e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  43.05 
 
 
305 aa  214  1e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 
298 aa  214  2e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 
296 aa  214  2e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  44.67 
 
 
293 aa  213  2e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1852  transcriptional regulator, LysR family  41.08 
 
 
296 aa  214  2e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.387981  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  41.44 
 
 
335 aa  213  4e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  43.62 
 
 
306 aa  211  1e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 
298 aa  209  6e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 
298 aa  208  9e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 
299 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 
298 aa  205  6e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3037  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 
299 aa  204  2e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.585683 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
295 aa  201  1e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  36.99 
 
 
298 aa  199  7e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  3.18758e-05 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 
299 aa  198  8e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  41.36 
 
 
299 aa  198  1e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3304  transcriptional regulator, LysR family  43.34 
 
 
306 aa  197  2e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0406781  hitchhiker  0.00949003 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  43.25 
 
 
304 aa  196  4e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 
298 aa  196  4e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 
299 aa  196  5e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.14 
 
 
302 aa  195  6e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 
301 aa  195  8e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 
313 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 
294 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  38.57 
 
 
297 aa  192  4e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 
301 aa  192  7e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 
307 aa  191  1e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2449  transcriptional regulator, LysR family  39.24 
 
 
300 aa  191  1e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00856544  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
305 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
298 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 
297 aa  190  3e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 
309 aa  190  3e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  40.77 
 
 
293 aa  189  4e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 
305 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 
305 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.67 
 
 
299 aa  188  8e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 
296 aa  187  1e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 
305 aa  188  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3342  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 
300 aa  187  2e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0279  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 
297 aa  187  2e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  38.01 
 
 
299 aa  187  2e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0279  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 
297 aa  187  2e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1852  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 
300 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0275595 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 
322 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 
300 aa  187  2e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 
297 aa  186  3e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 
313 aa  187  3e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3512  transcriptional regulator  38.38 
 
 
300 aa  186  3e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3066  LysR family transcriptional regulator  38.24 
 
 
313 aa  186  3e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 
294 aa  186  4e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 
303 aa  186  4e-46  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0493  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 
291 aa  186  4e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3812  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
300 aa  186  4e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>