More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_8330 on replicon NC_011892
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011892  Mnod_8330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
255 aa  518  1e-146  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.38 
 
 
255 aa  397  9.999999999999999e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.420878 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.8 
 
 
255 aa  355  5e-97  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.233538  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2736  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.96 
 
 
255 aa  333  2e-90  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1081  oxidoreductase, putative short-chain alcohol dehydrogenase  64.26 
 
 
253 aa  315  4e-85  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.75 
 
 
255 aa  312  2.9999999999999996e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00276657  normal  0.102342 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.88 
 
 
257 aa  266  2e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2283  putative Short-chain dehydrogenase/reductase  58.7 
 
 
251 aa  265  4e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.890359 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.65 
 
 
252 aa  257  1e-67  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  51.59 
 
 
256 aa  253  3e-66  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.39 
 
 
256 aa  251  1e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.2 
 
 
258 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  49 
 
 
253 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.96 
 
 
282 aa  230  2e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1406  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.6 
 
 
251 aa  229  5e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  47.76 
 
 
253 aa  229  5e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.15 
 
 
248 aa  228  8e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  46.46 
 
 
253 aa  225  6e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  47.41 
 
 
253 aa  223  2e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35480  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.87 
 
 
208 aa  221  6e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.39 
 
 
263 aa  221  9e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000760103 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.22 
 
 
253 aa  219  1.9999999999999999e-56  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.410481  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  46.61 
 
 
253 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  46.22 
 
 
253 aa  219  5e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1396  short chain dehydrogenase  45.82 
 
 
253 aa  218  6e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  44.36 
 
 
255 aa  218  6e-56  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.99 
 
 
253 aa  216  2.9999999999999998e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0107  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.97 
 
 
258 aa  214  9.999999999999999e-55  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  45.67 
 
 
262 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.53 
 
 
265 aa  213  1.9999999999999998e-54  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3036  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.4 
 
 
252 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0329583  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.97 
 
 
251 aa  212  4.9999999999999996e-54  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  46.59 
 
 
249 aa  211  7.999999999999999e-54  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43180  short chain dehydrogenase  48.57 
 
 
253 aa  211  7.999999999999999e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.350844 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5272  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.6 
 
 
252 aa  211  1e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.475195  normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  46.75 
 
 
251 aa  211  1e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5557  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.38 
 
 
272 aa  211  1e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46 
 
 
252 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.656506  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46 
 
 
252 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.163211  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.6 
 
 
252 aa  209  4e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.466231  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.75 
 
 
257 aa  208  5e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.6 
 
 
252 aa  208  7e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.166139  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.61 
 
 
258 aa  208  8e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.21 
 
 
252 aa  207  1e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.8 
 
 
252 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.352293  normal  0.915226 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.29 
 
 
256 aa  203  2e-51  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5080  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.2 
 
 
252 aa  203  3e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.78 
 
 
256 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.29 
 
 
253 aa  200  1.9999999999999998e-50  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.840312  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.8 
 
 
246 aa  199  3e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1005  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.98 
 
 
260 aa  199  5e-50  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000302146 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.83 
 
 
255 aa  196  2.0000000000000003e-49  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.259784  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1270  Short-chain dehydrogenase  45.64 
 
 
248 aa  196  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.64 
 
 
248 aa  193  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0136754  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01006  short-chain alcohol dehydrogenase-like protein  40.78 
 
 
255 aa  191  7e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.9 
 
 
250 aa  191  8e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44 
 
 
246 aa  191  8e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.82 
 
 
246 aa  190  2e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.5 
 
 
252 aa  190  2e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7039  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.51 
 
 
258 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.607221 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.32 
 
 
250 aa  189  2.9999999999999997e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.182399  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.69 
 
 
251 aa  189  2.9999999999999997e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.062755  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 
258 aa  188  5.999999999999999e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.500717  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3787  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.35 
 
 
169 aa  186  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.19741  normal  0.511664 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0264  putative short-chain dehydrogenase  43.85 
 
 
262 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 
258 aa  186  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 
258 aa  186  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.98 
 
 
253 aa  187  2e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.895675 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0863  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.5 
 
 
264 aa  185  5e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3284  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.38 
 
 
248 aa  184  1.0000000000000001e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.849975  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.97 
 
 
260 aa  184  1.0000000000000001e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.375615 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04760  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  42.8 
 
 
255 aa  183  2.0000000000000003e-45  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.92681  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6656  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.85 
 
 
249 aa  183  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.790867  normal  0.270985 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.4 
 
 
252 aa  183  3e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
252 aa  182  3e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.927467  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3278  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.4 
 
 
276 aa  182  4.0000000000000006e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3027  Short-chain dehydrogenase/reductase  43.63 
 
 
259 aa  181  8.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.730472  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.4 
 
 
269 aa  181  9.000000000000001e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.97 
 
 
253 aa  181  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1334  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.4 
 
 
254 aa  181  1e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.78 
 
 
253 aa  181  1e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.024976  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2816  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  41.86 
 
 
257 aa  180  2e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.5 
 
 
249 aa  180  2e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.875683  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2421  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
259 aa  180  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0924  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.99 
 
 
321 aa  180  2e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00780913  normal  0.965318 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
254 aa  180  2e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 
250 aa  179  2.9999999999999997e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728753  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 
250 aa  179  2.9999999999999997e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.991261  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1783  glucose 1-dehydrogenase  41.2 
 
 
247 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.88349  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
263 aa  179  4.999999999999999e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00404736  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3663  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.87 
 
 
246 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3580  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.87 
 
 
246 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2863  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 
248 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2729  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.84 
 
 
258 aa  178  5.999999999999999e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.131703  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1654  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.87 
 
 
246 aa  178  7e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0676994 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5518  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 
260 aa  178  7e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000468902  normal  0.0104317 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 
251 aa  178  8e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.475602  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3570  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.87 
 
 
246 aa  178  9e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 
271 aa  178  9e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.224446 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 
263 aa  177  1e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>