More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_8272 on replicon NC_011892
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011892  Mnod_8272  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
194 aa  380  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.521962  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3423  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.29 
 
 
430 aa  144  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3711  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.75 
 
 
429 aa  140  8e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.712619  normal  0.892725 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2076  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.03 
 
 
442 aa  140  9.999999999999999e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.106367  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1880  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.86 
 
 
431 aa  136  1e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3507  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.1 
 
 
429 aa  132  5e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2527  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.82 
 
 
412 aa  131  7.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.19 
 
 
424 aa  130  9e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0560564  normal  0.509097 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2437  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.61 
 
 
431 aa  123  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0181526  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1438  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.88 
 
 
450 aa  98.2  6e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.892104 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32 
 
 
286 aa  94  1e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.980999  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1265  hypothetical protein  31.36 
 
 
432 aa  93.6  2e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1264  hypothetical protein  31.36 
 
 
432 aa  93.2  2e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3852  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.67 
 
 
430 aa  92.4  3e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.332822  normal  0.575046 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0265  hypothetical protein  39.55 
 
 
440 aa  90.1  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.673288  normal  0.803831 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4632  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.07 
 
 
289 aa  88.6  5e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000061436 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5337  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.06 
 
 
417 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306348  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0638  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.34 
 
 
306 aa  83.2  0.000000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4795  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.06 
 
 
417 aa  82.4  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.682348 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1933  hypothetical protein  36.42 
 
 
423 aa  81.3  0.000000000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.497125  normal  0.363936 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1940  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.11 
 
 
300 aa  80.9  0.00000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.022517 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4817  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.5 
 
 
440 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.896318 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5409  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.5 
 
 
440 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5452  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.5 
 
 
440 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.529147 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0199  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.63 
 
 
435 aa  79.3  0.00000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.506284 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.26 
 
 
439 aa  79.3  0.00000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.22 
 
 
305 aa  77.8  0.0000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.245383 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.46 
 
 
294 aa  77  0.0000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0020  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  33.9 
 
 
297 aa  75.5  0.0000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000112867  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2629  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.68 
 
 
309 aa  74.7  0.0000000000008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.262596  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3466  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.15 
 
 
318 aa  72.4  0.000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.826321  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2657  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.53 
 
 
230 aa  71.2  0.000000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.352219  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3910  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.87 
 
 
318 aa  70.9  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835741  normal  0.353507 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3089  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.94 
 
 
222 aa  69.7  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1308  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  30.07 
 
 
336 aa  69.3  0.00000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.7 
 
 
295 aa  69.3  0.00000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0385  NADH dehydrogenase subunit, putative  32.08 
 
 
294 aa  69.3  0.00000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3296  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  30.85 
 
 
316 aa  68.9  0.00000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.587332  normal  0.308743 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3340  NADH dehydrogenase  27.27 
 
 
334 aa  68.9  0.00000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1891  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.13 
 
 
298 aa  68.2  0.00000000007  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0168492  normal  0.486121 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3590  ubiquinone dependent NADH dehydrogenase  29.41 
 
 
327 aa  68.2  0.00000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885976  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.7 
 
 
295 aa  68.2  0.00000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0490  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.65 
 
 
298 aa  68.2  0.00000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0072  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.56 
 
 
303 aa  67.8  0.00000000009  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.27 
 
 
321 aa  67.8  0.00000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000270425 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.17 
 
 
314 aa  67.4  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0474  hypothetical protein  34.12 
 
 
214 aa  67.4  0.0000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.84085  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3663  NADH dehydrogenase  26.7 
 
 
334 aa  67  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1223  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.37 
 
 
287 aa  66.6  0.0000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000016396  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3079  hypothetical protein  33.7 
 
 
218 aa  66.2  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4134  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase:NmrA-like  28.26 
 
 
320 aa  66.2  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2984  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.67 
 
 
222 aa  66.2  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00120492  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0199  hypothetical protein  26.99 
 
 
317 aa  65.9  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0087  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase protein  27.43 
 
 
334 aa  65.5  0.0000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1998  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.1 
 
 
302 aa  65.9  0.0000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.63 
 
 
309 aa  65.9  0.0000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0783672  hitchhiker  0.0000370596 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.88 
 
 
294 aa  65.9  0.0000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152042  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3737  NADH dehydrogenase  26.88 
 
 
317 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.288709  normal  0.886457 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.84 
 
 
306 aa  64.7  0.0000000007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.217032  normal  0.873139 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.56 
 
 
291 aa  64.7  0.0000000009  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0184  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.97 
 
 
296 aa  64.3  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2450  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.74 
 
 
312 aa  62.8  0.000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0206  hypothetical protein  37.66 
 
 
306 aa  62.4  0.000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.886073  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.45 
 
 
321 aa  62.4  0.000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00247828  normal  0.481083 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16640  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  31.89 
 
 
343 aa  62  0.000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1676  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.97 
 
 
296 aa  61.6  0.000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0297  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.68 
 
 
306 aa  61.6  0.000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2690  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.53 
 
 
319 aa  61.6  0.000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2820  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  27.45 
 
 
329 aa  61.6  0.000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0203208  normal  0.613644 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.48 
 
 
338 aa  60.8  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0963  male sterility protein  27.48 
 
 
338 aa  60.8  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0177  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.18 
 
 
340 aa  60.5  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.440205 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4521  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.4 
 
 
512 aa  60.8  0.00000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.074322  normal  0.90269 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0237  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  25.97 
 
 
210 aa  60.5  0.00000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3897  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.21 
 
 
301 aa  60.5  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2812  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.8 
 
 
328 aa  60.1  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.626398  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1151  NADH-ubiquinone oxidoreductase  26.8 
 
 
328 aa  60.1  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0701  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.05 
 
 
318 aa  60.1  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.25 
 
 
320 aa  60.5  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.665439  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
294 aa  60.5  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.270994  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0374  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.82 
 
 
299 aa  60.1  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.932671  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4903  domain of unknown function DUF1731  44.94 
 
 
314 aa  59.7  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.810093  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1668  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  31.79 
 
 
316 aa  60.1  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0754  hypothetical protein  28.1 
 
 
205 aa  59.3  0.00000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1065  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.82 
 
 
215 aa  59.3  0.00000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0755  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  27.17 
 
 
389 aa  59.7  0.00000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2776  NADH dehydrogenase  26.8 
 
 
328 aa  59.7  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.424947  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.32 
 
 
320 aa  59.7  0.00000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.41 
 
 
326 aa  59.3  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0332  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  29.8 
 
 
307 aa  58.9  0.00000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.171865  normal  0.33471 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04340  hypothetical protein  32.91 
 
 
423 aa  58.9  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2899  NADH dehydrogenase  27.44 
 
 
318 aa  58.5  0.00000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328837  normal  0.117785 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2454  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.65 
 
 
320 aa  58.9  0.00000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.45 
 
 
328 aa  58.5  0.00000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.112176  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1106  NADH dehydrogenase-like protein  22.67 
 
 
302 aa  58.2  0.00000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0798797  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1159  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.32 
 
 
218 aa  57.8  0.00000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2674  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.49 
 
 
211 aa  57.8  0.00000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.172224  normal  0.0331815 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1041  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  28.48 
 
 
328 aa  57.8  0.0000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0980  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  28.48 
 
 
328 aa  57.8  0.0000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.687755  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.41 
 
 
326 aa  57.8  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.126896 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>