More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_8124 on replicon NC_011887
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011887  Mnod_8124  GntR domain protein  100 
 
 
250 aa  506  9.999999999999999e-143  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1469  GntR domain protein  86.4 
 
 
250 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.934444  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4644  GntR domain-containing protein  70.89 
 
 
274 aa  300  2e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.028465  normal  0.119949 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6265  GntR domain protein  57.21 
 
 
254 aa  262  4e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.610791 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1157  GntR-like  57.51 
 
 
252 aa  258  6e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00396004  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6442  GntR domain protein  56.77 
 
 
254 aa  257  1e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.143546 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3405  GntR family transcriptional regulator  57.89 
 
 
239 aa  249  2e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3050  GntR domain-containing protein  57.89 
 
 
239 aa  249  2e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0593714 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3981  GntR domain-containing protein  52.27 
 
 
233 aa  221  6e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4435  GntR domain-containing protein  38.12 
 
 
229 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4274  GntR domain protein  36.32 
 
 
229 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.556367 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4031  GntR domain-containing protein  36.16 
 
 
243 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5446  GntR domain protein  36.94 
 
 
237 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0117781 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3321  GntR domain-containing protein  36.77 
 
 
240 aa  129  5.0000000000000004e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.580884  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5177  regulatory protein GntR HTH  36.04 
 
 
238 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.835231  normal  0.258028 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3584  GntR-like  34.06 
 
 
275 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  36.09 
 
 
238 aa  118  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3283  transcriptional regulator, GntR family  34.38 
 
 
237 aa  116  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  33.94 
 
 
253 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 
247 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5703  transcriptional regulator GntR family  34.8 
 
 
246 aa  113  3e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4518  GntR family transcriptional regulator  33.62 
 
 
234 aa  112  4.0000000000000004e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5664  GntR domain protein  32.94 
 
 
248 aa  112  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0098751  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3118  transcriptional regulator GntR  33.19 
 
 
237 aa  112  6e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3603  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 
254 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180217  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26860  GntR family regulatory protein  33.92 
 
 
241 aa  110  2.0000000000000002e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3102  GntR domain-containing protein  31.67 
 
 
249 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.616915  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2313  GntR domain-containing protein  31.67 
 
 
249 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146544  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  34.09 
 
 
245 aa  110  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1043  GntR domain-containing protein  31.56 
 
 
253 aa  108  5e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1046  GntR domain-containing protein  31.56 
 
 
253 aa  108  6e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1140  GntR domain-containing protein  32.6 
 
 
249 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2141  GntR domain-containing protein  33.04 
 
 
253 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0685  GntR-like  32.6 
 
 
249 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1164  GntR domain-containing protein  32.6 
 
 
249 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2818  GntR domain-containing protein  30.83 
 
 
249 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325191  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1995  GntR family transcriptional regulator  32.58 
 
 
268 aa  108  1e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00626171  normal  0.663234 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1795  GntR domain protein  32.58 
 
 
272 aa  107  1e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.02855  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1948  GntR family transcriptional regulator  36.24 
 
 
255 aa  107  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0263216  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1590  GntR domain-containing protein  31.74 
 
 
273 aa  107  2e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.884635  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4276  GntR family transcriptional regulator  30.22 
 
 
253 aa  106  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0786169  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0971  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 
248 aa  106  3e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0558982  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0253  GntR domain-containing protein  33.33 
 
 
262 aa  106  4e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6565  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  34.55 
 
 
264 aa  105  5e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5539  regulatory protein GntR HTH  34.08 
 
 
237 aa  105  7e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0661  GntR domain-containing protein  35.29 
 
 
232 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2652  normal  0.118681 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  32.31 
 
 
255 aa  105  1e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  33.47 
 
 
251 aa  104  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6605  GntR domain protein  32.92 
 
 
246 aa  104  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00449422 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1804  GntR family transcriptional regulator  30.36 
 
 
247 aa  103  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00283289  hitchhiker  0.0098314 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2589  GntR family transcriptional regulator  32.29 
 
 
270 aa  104  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000313005  normal  0.0123827 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3305  GntR family transcriptional regulator  30.8 
 
 
251 aa  103  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4862  GntR domain protein  29.91 
 
 
247 aa  103  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3254  transcriptional regulator, GntR family  32.92 
 
 
244 aa  102  4e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.785  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0071  GntR domain-containing protein  28.51 
 
 
258 aa  102  4e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0362  GntR domain-containing protein  33.62 
 
 
261 aa  101  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5932  GntR domain protein  34.21 
 
 
234 aa  100  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  30.26 
 
 
268 aa  100  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2173  GntR family transcriptional regulator  34.21 
 
 
234 aa  100  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.727858  normal  0.299603 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4100  GntR domain protein  32.89 
 
 
236 aa  100  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0031  GntR family transcriptional regulator  35.65 
 
 
230 aa  100  2e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4447  GntR family transcriptional regulator  32.37 
 
 
252 aa  99.8  4e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.614266  normal  0.249195 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1010  GntR domain protein  31.74 
 
 
251 aa  99  7e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4228  transcriptional regulator GntR  30.96 
 
 
249 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3714  GntR family transcriptional regulator  32.63 
 
 
247 aa  97.8  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421261  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  30.22 
 
 
241 aa  98.2  1e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1641  GntR-like  35.29 
 
 
256 aa  98.2  1e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.655901  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0945  GntR domain protein  33.48 
 
 
251 aa  98.2  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.280817  normal  0.0677412 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5082  GntR domain-containing protein  32.6 
 
 
250 aa  98.2  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.992616  normal 
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0035  GntR family transcriptional regulator  31.74 
 
 
233 aa  96.7  3e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.840145  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4745  GntR domain-containing protein  30.93 
 
 
249 aa  96.7  3e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00100625 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4550  transcriptional regulator, GntR family  30.54 
 
 
249 aa  96.3  4e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1727  GntR domain protein  33.19 
 
 
273 aa  95.5  8e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.000000957079  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1116  GntR domain-containing protein  34.35 
 
 
244 aa  94.7  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4759  GntR family transcriptional regulator  35.27 
 
 
259 aa  94.4  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0000856086  hitchhiker  0.00798136 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4633  GntR domain-containing protein  35.27 
 
 
233 aa  94.4  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.320715  hitchhiker  0.000883916 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0833  GntR family transcriptional regulator  32.46 
 
 
272 aa  94.7  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0464324 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0023  GntR family transcriptional regulator  30.67 
 
 
246 aa  94.4  2e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1789  GntR family transcriptional regulator  37.98 
 
 
232 aa  94  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.612124  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3757  GntR domain-containing protein  29.78 
 
 
235 aa  93.6  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.560097  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0020  GntR family transcriptional regulator  30.67 
 
 
246 aa  94.4  2e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4768  GntR domain-containing protein  35.96 
 
 
233 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.907496  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5742  GntR domain protein  30.84 
 
 
233 aa  92  8e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.343946  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1636  GntR domain-containing protein  29.09 
 
 
266 aa  91.3  1e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000195276  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1877  GntR domain protein  33.49 
 
 
236 aa  90.9  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.380896  normal  0.264595 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1885  GntR domain-containing protein  29.96 
 
 
248 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3676  GntR family transcriptional regulator  32.27 
 
 
250 aa  90.9  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4600  GntR domain-containing protein  32.23 
 
 
255 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.487729  normal  0.0576497 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4735  GntR domain-containing protein  32.92 
 
 
255 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4734  GntR family transcriptional regulator  32.23 
 
 
255 aa  89.7  4e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.315584  hitchhiker  0.00963759 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0823  GntR family transcriptional regulator  30.8 
 
 
274 aa  89.7  4e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.691508  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0037  GntR domain protein  34.88 
 
 
234 aa  89.7  4e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0697  GntR domain-containing protein  31.56 
 
 
255 aa  89.4  5e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.601248  hitchhiker  0.0000378938 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4422  GntR domain-containing protein  34.21 
 
 
234 aa  89.4  5e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.99346  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1691  GntR domain protein  33.03 
 
 
236 aa  89.4  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.148925  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5344  GntR domain protein  32.73 
 
 
242 aa  89  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.509013 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3501  GntR domain-containing protein  30.94 
 
 
234 aa  89  7e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.378835 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5755  GntR domain protein  34.39 
 
 
234 aa  88.6  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166483  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3349  regulatory protein GntR, HTH  29.46 
 
 
251 aa  88.2  1e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3930  GntR domain-containing protein  33.03 
 
 
252 aa  88.2  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.263067  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>