18 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_7963 on replicon NC_011887
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011887  Mnod_7963    100 
 
 
539 bp  1068    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00570677  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5543  RecD/TraA family helicase  88.98 
 
 
2235 bp  272  1e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5319  helicase, RecD/TraA family  85.31 
 
 
2253 bp  172  7e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481799  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0742  RecD/TraA family helicase  83.01 
 
 
579 bp  97.6  3e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0008  helicase, RecD/TraA family  82.8 
 
 
2184 bp  97.6  3e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0010  helicase, RecD/TraA family  83.22 
 
 
2202 bp  93.7  5e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381195  normal  0.357387 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4756  helicase, RecD/TraA family  84.21 
 
 
2208 bp  83.8  0.00000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00416284  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1221  helicase, RecD/TraA family  81.25 
 
 
2196 bp  79.8  0.0000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4247  RecD/TraA family helicase  83.78 
 
 
2211 bp  77.8  0.000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0186  RecD/TraA family helicase  95.56 
 
 
2187 bp  73.8  0.00000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0989  helicase, RecD/TraA family  95.24 
 
 
2217 bp  67.9  0.000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0009  RecD/TraA family helicase  80.25 
 
 
2202 bp  65.9  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0549724  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3054  helicase, RecD/TraA family  80 
 
 
2181 bp  63.9  0.00000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2841  helicase RecD/TraA  79.88 
 
 
2202 bp  63.9  0.00000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.344384  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3541  RecD/TraA family helicase  79.08 
 
 
2196 bp  50.1  0.0007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2725  helicase RecD/TraA  86.54 
 
 
2196 bp  48.1  0.003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.115291  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2000  magnesium transporter  100 
 
 
1365 bp  46.1  0.01  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  96.3 
 
 
3324 bp  46.1  0.01  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0765264 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>