More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_7777 on replicon NC_011887
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011887  Mnod_7777  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 310 aa  627  1e-179  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01279  putative transcriptional regulator with periplasmic binding protein domain (LysR family)  40.29 
 
 		 307 aa  204  2e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0224916  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1136  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 307 aa  199  3.9999999999999996e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.890486  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22470  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 309 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0122765  hitchhiker  0.000000469703 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1901  putative transcriptional regulator  40.07 
 
 		 309 aa  189  4e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3745  putative transcriptional regulator  41.03 
 
 		 304 aa  188  9e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.857978 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19100  transcriptional regulator, LysR family  39.29 
 
 		 303 aa  187  3e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.672089  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1430  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 307 aa  185  7e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.596969  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3833  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 307 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.450115 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4539  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 307 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.28189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3825  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37 
 
 		 307 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1351  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 307 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.180221 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4046  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 307 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0769  LysR family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 306 aa  179  7e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1757  transcriptional regulator, LysR family  39.48 
 
 		 310 aa  177  2e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.187879 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1296  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 308 aa  176  3e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.46858  normal  0.712623 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2584  LysR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 299 aa  176  6e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.671514  hitchhiker  0.000651722 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2021  LysR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 299 aa  166  4e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.58425  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2438  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 302 aa  163  3e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0700  putative transcriptional regulator  40.37 
 
 		 326 aa  160  2e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1944  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 300 aa  158  9e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1889  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 300 aa  158  1e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.457269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2089  LysR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 300 aa  157  3e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.419213 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2193  transcriptional regulator, LysR family protein  33.08 
 
 		 299 aa  155  7e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000418662  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2030  LysR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 302 aa  154  1e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2315  LysR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 302 aa  154  1e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.958011  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2431  LysR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 302 aa  154  1e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2088  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 303 aa  155  1e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.82775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2032  transcriptional regulator, LysR family  31.46 
 
 		 302 aa  151  1e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.10229  hitchhiker  0.000329187 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1852  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 301 aa  151  1e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1930  LysR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 303 aa  151  2e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1789  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 313 aa  149  7e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1875  regulatory protein, LysR  32.72 
 
 		 324 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1043  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 309 aa  136  6.0000000000000005e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5255  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 298 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.443087  normal  0.0197845 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2324  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 306 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1027  transcriptional regulator, LysR family  31.09 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.361847  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1639  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 309 aa  124  3e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.286177  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1677  LysR substrate-binding  33.2 
 
 		 296 aa  122  7e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1996  transcriptional regulator, LysR family  32.81 
 
 		 296 aa  122  7e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2021  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 299 aa  119  9e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0424738 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1734  transcriptional regulator, LysR family  31.65 
 
 		 341 aa  118  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.614615  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2089  transcriptional regulator, LysR family  30.91 
 
 		 298 aa  117  3e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7442  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 307 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4464  transcriptional regulator, LysR family  30.96 
 
 		 290 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4296  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 304 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00136  transcriptional regulator  33.2 
 
 		 314 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0939848  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3204  transcriptional regulator, LysR family  29.92 
 
 		 307 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.340375 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3318  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 297 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1214  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 299 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0760  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 299 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1241  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 299 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1769  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 299 aa  110  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50160  LysR family transcriptional regulator protein  29.07 
 
 		 300 aa  109  5e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1604  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 322 aa  109  6e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.709865  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4762  transcriptional regulator, LysR family  31.11 
 
 		 301 aa  109  6e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1088  transcriptional regulator, LysR family  32.48 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0130625 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5540  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 313 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.108539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5866  transcriptional regulator, LysR family  28.4 
 
 		 315 aa  108  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2058  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 304 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.154037  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1223  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 320 aa  106  4e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5292  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 306 aa  106  5e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.469353  normal  0.585021 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2996  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 297 aa  106  5e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1503  transcriptional regulator, LysR family  33.59 
 
 		 306 aa  106  6e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0885147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1222  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 297 aa  105  8e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.907683  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2269  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 300 aa  105  9e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2658  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 297 aa  105  1e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2153  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 301 aa  105  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.638305 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2614  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 304 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00872541  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3395  transcriptional regulator, LysR family  32.82 
 
 		 298 aa  105  1e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1293  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 297 aa  105  1e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.585298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 305 aa  104  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1875  LysR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 299 aa  103  3e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5474  transcriptional regulator, LysR family  34.48 
 
 		 302 aa  103  3e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.361907  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3338  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 295 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.714315  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2592  putative transcriptional regulator  27.4 
 
 		 312 aa  103  3e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5029  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 295 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.534863  normal  0.59636 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3011  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 297 aa  103  4e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6422  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 307 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5255  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 295 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.294771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1614  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 299 aa  103  4e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1689  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 299 aa  103  4e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1367  transcriptional regulator, LysR family  28.91 
 
 		 297 aa  103  4e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.780274  hitchhiker  0.00766256 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1683  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 299 aa  103  4e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2045  transcriptional regulator, LysR family  32.12 
 
 		 307 aa  103  4e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.815295 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2727  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 304 aa  103  5e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.41842 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2652  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 304 aa  103  5e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1726  LysR substrate-binding  32.73 
 
 		 307 aa  102  6e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2849  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 296 aa  102  6e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.794351  normal  0.971286 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3154  LysR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 297 aa  101  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0073956 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6997  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 321 aa  102  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1733  transcriptional regulator, LysR family  27.82 
 
 		 304 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.540209  hitchhiker  0.00457022 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1907  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 298 aa  100  2e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0542  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 297 aa  100  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2728  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 304 aa  101  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2161  regulatory protein, LysR  26.52 
 
 		 309 aa  101  2e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2290  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 304 aa  100  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000611943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2362  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 304 aa  100  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0454134  normal  0.136219 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2480  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 304 aa  100  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0120237  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>