More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_7420 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_7420  DNA polymerase IV  100 
 
 
429 aa  836    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.108606  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6682  DNA polymerase IV  85.75 
 
 
435 aa  691    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4721  DNA polymerase IV  75.06 
 
 
425 aa  603  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.469065 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5188  DNA polymerase IV  74.58 
 
 
425 aa  601  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.951102 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5260  DNA polymerase IV  76.37 
 
 
415 aa  598  1e-170  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0615  DNA polymerase IV  59.66 
 
 
445 aa  476  1e-133  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1344  DNA polymerase IV  60.58 
 
 
436 aa  475  1e-133  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.363596  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0579  DNA polymerase IV  59.66 
 
 
445 aa  477  1e-133  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3857  DNA polymerase IV  59.63 
 
 
432 aa  469  1.0000000000000001e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1285  DNA polymerase IV  57.58 
 
 
431 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.25949  normal  0.0407739 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3681  DNA polymerase IV  57.73 
 
 
453 aa  465  9.999999999999999e-131  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.96872  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1377  DNA polymerase IV  57.11 
 
 
431 aa  463  1e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.560308 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1745  DNA polymerase IV  57.58 
 
 
428 aa  453  1.0000000000000001e-126  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3041  DNA polymerase IV  57 
 
 
429 aa  450  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.678009  normal  0.273789 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3544  DNA polymerase IV  56.01 
 
 
431 aa  451  1e-125  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3311  DNA polymerase IV  56.81 
 
 
432 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0786451  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2809  DNA polymerase IV  56.04 
 
 
423 aa  439  9.999999999999999e-123  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.436092 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0923  DNA polymerase IV  56.64 
 
 
430 aa  440  9.999999999999999e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4749  DNA polymerase IV  55.69 
 
 
435 aa  434  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.676615  normal  0.525378 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2445  DNA polymerase IV  55.69 
 
 
429 aa  432  1e-120  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.255034  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1429  DNA polymerase IV  54.76 
 
 
429 aa  427  1e-118  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.587123  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2410  DNA polymerase IV  56.9 
 
 
429 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.18017 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2808  DNA polymerase IV  56.25 
 
 
417 aa  426  1e-118  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.186198 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1400  DNA polymerase IV  56.01 
 
 
449 aa  424  1e-117  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.193285  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0068  DNA polymerase IV  56.01 
 
 
417 aa  424  1e-117  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.91502  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2844  DNA polymerase IV  56.45 
 
 
411 aa  417  9.999999999999999e-116  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.900402  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1274  DNA polymerase IV  55.26 
 
 
436 aa  418  9.999999999999999e-116  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0719979  normal  0.0370886 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1494  DNA polymerase IV  53.24 
 
 
418 aa  402  1e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.129133 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0385  DNA polymerase IV  54.09 
 
 
417 aa  396  1e-109  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.434794  normal  0.713181 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3995  DNA polymerase IV  52.15 
 
 
417 aa  398  1e-109  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0127  DNA polymerase IV  51.9 
 
 
423 aa  396  1e-109  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314932  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3530  DNA polymerase IV  51.17 
 
 
421 aa  330  4e-89  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2331  DNA-directed DNA polymerase  38.85 
 
 
408 aa  287  2e-76  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.632571  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0229  DNA-directed DNA polymerase  43.04 
 
 
384 aa  273  3e-72  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0738  DNA-directed DNA polymerase  40.82 
 
 
425 aa  267  2.9999999999999995e-70  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.59258  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  37.76 
 
 
393 aa  254  2.0000000000000002e-66  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2317  DNA-directed DNA polymerase  40.62 
 
 
426 aa  251  1e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1773  DNA-directed DNA polymerase  40.1 
 
 
397 aa  249  7e-65  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.49151  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2890  DNA-directed DNA polymerase  42.59 
 
 
386 aa  248  1e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2313  DNA-directed DNA polymerase  41.98 
 
 
481 aa  248  1e-64  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  34.84 
 
 
389 aa  246  4.9999999999999997e-64  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3462  DNA-directed DNA polymerase  45.09 
 
 
419 aa  245  9.999999999999999e-64  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3236  DNA-directed DNA polymerase  45.09 
 
 
419 aa  244  1.9999999999999999e-63  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.516429  decreased coverage  0.00986036 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1096  DNA-directed DNA polymerase  41.94 
 
 
424 aa  240  2.9999999999999997e-62  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0159  DNA-directed DNA polymerase  43.41 
 
 
418 aa  239  5e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1635  DNA polymerase IV  48.65 
 
 
357 aa  239  6.999999999999999e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.107243  normal  0.427706 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  45.59 
 
 
355 aa  239  8e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1963  DNA polymerase IV  47.97 
 
 
357 aa  239  1e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.148262  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3621  DNA-directed DNA polymerase  41.36 
 
 
385 aa  237  3e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5890  DNA-directed DNA polymerase  42.75 
 
 
409 aa  236  4e-61  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.315723  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0148  DNA-directed DNA polymerase  44.53 
 
 
418 aa  237  4e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25070  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  41.15 
 
 
415 aa  236  5.0000000000000005e-61  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.487274  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5784  DNA-directed DNA polymerase  42.93 
 
 
430 aa  236  7e-61  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.108507  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1587  DNA polymerase IV  47.64 
 
 
362 aa  236  8e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.937216  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1270  DNA-directed DNA polymerase  41.9 
 
 
430 aa  236  8e-61  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.725906  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03139  DNA polymerase IV  44.18 
 
 
369 aa  235  1.0000000000000001e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6871  DNA-directed DNA polymerase  36.18 
 
 
404 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0631256 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0141  DNA-directed DNA polymerase  44.53 
 
 
418 aa  233  4.0000000000000004e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0732  DNA-directed DNA polymerase  42.98 
 
 
363 aa  233  5e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833353  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4922  DNA-directed DNA polymerase  43.98 
 
 
410 aa  233  7.000000000000001e-60  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0212665 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1107  DNA-directed DNA polymerase  39.52 
 
 
385 aa  231  2e-59  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.27085  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3277  DNA-directed DNA polymerase  42.42 
 
 
402 aa  231  2e-59  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0010  DNA-directed DNA polymerase  35.42 
 
 
390 aa  230  4e-59  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0145  DNA-directed DNA polymerase  43.1 
 
 
399 aa  230  4e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0301883  normal  0.226149 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08990  DNA-directed DNA polymerase  35.86 
 
 
385 aa  229  7e-59  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0882  DNA-directed DNA polymerase  39.49 
 
 
417 aa  229  9e-59  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0455  DNA polymerase IV  43.45 
 
 
356 aa  228  1e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1547  DNA-directed DNA polymerase  36.17 
 
 
425 aa  229  1e-58  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.153092  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3394  DNA polymerase IV  44.05 
 
 
364 aa  228  2e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.320161  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2071  DNA-directed DNA polymerase  48.91 
 
 
348 aa  228  2e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.485173  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2940  DNA-directed DNA polymerase  44.36 
 
 
422 aa  227  3e-58  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000325025  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  41.42 
 
 
410 aa  227  4e-58  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  40.4 
 
 
359 aa  227  4e-58  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2528  DNA polymerase IV  34.89 
 
 
414 aa  226  5.0000000000000005e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  38.52 
 
 
399 aa  226  7e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5112  DNA-directed DNA polymerase  42.33 
 
 
420 aa  225  1e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.360047  normal  0.490555 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22910  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  39.01 
 
 
414 aa  225  1e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0450607 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  37.65 
 
 
371 aa  224  2e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0619  DNA-directed DNA polymerase  36.18 
 
 
345 aa  224  2e-57  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.146752  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3990  DNA polymerase IV  42.31 
 
 
353 aa  224  2e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1566  DNA polymerase IV  46.91 
 
 
369 aa  224  2e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0682981  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0011  DNA polymerase IV, putative  34.9 
 
 
390 aa  224  3e-57  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2142  DNA polymerase IV  42.86 
 
 
361 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2160  DNA polymerase IV  42.86 
 
 
408 aa  223  6e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.916632  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5935  DNA polymerase IV  42.86 
 
 
383 aa  223  7e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0630772  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  37.65 
 
 
369 aa  221  9.999999999999999e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000722148  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5448  DNA polymerase IV  42.4 
 
 
379 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_10  DNA polymerase IV (Y-family)  34.64 
 
 
391 aa  222  9.999999999999999e-57  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  41.16 
 
 
354 aa  221  9.999999999999999e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  40.83 
 
 
356 aa  221  1.9999999999999999e-56  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2424  DNA-directed DNA polymerase  42.37 
 
 
415 aa  220  3e-56  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0565493 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1767  DNA polymerase IV  35.38 
 
 
414 aa  220  3.9999999999999997e-56  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1397  DNA polymerase IV  42.6 
 
 
354 aa  219  8.999999999999998e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1815  DNA-directed DNA polymerase  36.29 
 
 
412 aa  219  1e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000272693  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1538  DNA polymerase IV  41.08 
 
 
359 aa  218  1e-55  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.142291  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2856  DNA-directed DNA polymerase  41.19 
 
 
406 aa  218  2e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.107741  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1063  DNA-directed DNA polymerase  37.66 
 
 
413 aa  218  2e-55  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.435169  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2663  DNA-directed DNA polymerase  37.87 
 
 
358 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0579235  normal  0.454418 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16030  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  37.72 
 
 
407 aa  217  2.9999999999999998e-55  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.218569  normal  0.0704551 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0380  DNA-directed DNA polymerase  42.73 
 
 
360 aa  216  4e-55  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.158929  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>