More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_7267 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
290 aa  574  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6020  LysR family transcriptional regulator  87.1 
 
 
279 aa  476  1e-133  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  64.14 
 
 
317 aa  331  7.000000000000001e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  59.01 
 
 
322 aa  329  3e-89  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  58.66 
 
 
321 aa  328  5.0000000000000004e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  55.12 
 
 
316 aa  322  3e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  54.42 
 
 
322 aa  322  5e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  54.42 
 
 
322 aa  322  7e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0183  LysR family transcriptional regulator  56.14 
 
 
319 aa  300  2e-80  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  53.66 
 
 
332 aa  293  2e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  47.1 
 
 
296 aa  230  2e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  46.43 
 
 
296 aa  214  9e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  46.74 
 
 
284 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  46.38 
 
 
284 aa  210  2e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  41.4 
 
 
309 aa  208  7e-53  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  44.6 
 
 
283 aa  206  4e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  44.6 
 
 
283 aa  206  4e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  45.52 
 
 
284 aa  205  7e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
299 aa  203  3e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  44.2 
 
 
283 aa  201  9e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 
306 aa  201  9.999999999999999e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  43.53 
 
 
283 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2879  LysR family transcriptional regulator  43.82 
 
 
284 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.624518 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  40.97 
 
 
304 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2045  transcriptional regulator, LysR family  41.22 
 
 
285 aa  195  7e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000182672 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1770  transcriptional regulator, LysR family  44.09 
 
 
284 aa  193  3e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  41.4 
 
 
294 aa  192  5e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6433  transcriptional regulator, LysR family  41.6 
 
 
291 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00757839 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 
304 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4490  transcriptional regulator, LysR family  41.22 
 
 
302 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 
293 aa  188  8e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 
296 aa  188  8e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2674  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 
294 aa  188  8e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 
295 aa  187  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0368  LysR family transcriptional regulator  47.47 
 
 
285 aa  186  4e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  43.68 
 
 
298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5304  transcriptional regulator, LysR family  40.35 
 
 
289 aa  184  1.0000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  41.13 
 
 
283 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 
290 aa  184  2.0000000000000003e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  40.38 
 
 
298 aa  183  3e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2647  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
326 aa  183  4.0000000000000006e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.865704  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3396  LysR family transcriptional regulator  40.71 
 
 
290 aa  182  5.0000000000000004e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.356453  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  42.08 
 
 
299 aa  182  6e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  38.75 
 
 
289 aa  182  8.000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1278  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 
316 aa  182  8.000000000000001e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4417  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 
294 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0255776 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4935  LysR family transcriptional regulator  40.5 
 
 
285 aa  180  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.929926  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4222  transcriptional regulator, LysR family  42.51 
 
 
293 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  41.54 
 
 
313 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3916  LysR family transcriptional regulator  39.01 
 
 
300 aa  179  5.999999999999999e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0255667  normal  0.120293 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4219  LysR family transcriptional regulator  40.5 
 
 
283 aa  177  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4271  LysR family transcriptional regulator  41.7 
 
 
303 aa  177  2e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1806  LysR family transcriptional regulator  40.36 
 
 
284 aa  177  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.712022 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2125  HTH-type transcriptional regulator  36.43 
 
 
298 aa  176  3e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6632  LysR family transcriptional regulator  39.21 
 
 
282 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.994606 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  37.08 
 
 
280 aa  176  5e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0666  LysR family transcriptional regulator  39.78 
 
 
294 aa  175  6e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.659834  normal  0.452137 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0425  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
281 aa  175  8e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5283  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 
285 aa  175  9e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.287276  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1913  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 
290 aa  174  9.999999999999999e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.980095  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5807  LysR family transcriptional regulator  39.78 
 
 
283 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1608  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 
287 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6152  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 
282 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.824926  normal  0.461056 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3363  LysR family transcriptional regulator  39.78 
 
 
294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.443471  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
311 aa  173  2.9999999999999996e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5787  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 
282 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5004  LysR family transcriptional regulator  39.78 
 
 
294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492991  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6037  LysR family transcriptional regulator  39.43 
 
 
283 aa  172  5e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  39.85 
 
 
299 aa  171  1e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.21 
 
 
291 aa  171  1e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0095  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 
291 aa  170  2e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0683  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 
283 aa  170  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 
323 aa  170  3e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1559  LysR family transcriptional regulator  37.69 
 
 
310 aa  169  4e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30474  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  38.55 
 
 
287 aa  169  4e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  41 
 
 
299 aa  169  4e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1467  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 
285 aa  169  5e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.398942 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7706  LysR family transcriptional regulator  38.71 
 
 
283 aa  167  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.364073  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2824  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 
306 aa  168  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 
289 aa  168  1e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1817  LysR-family transcriptional regulatory protein  37.69 
 
 
309 aa  168  1e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1452  transcriptional regulator LrhA  37.69 
 
 
309 aa  168  1e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1284  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 
283 aa  167  2e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32576  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4134  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 
291 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3317  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 
291 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.176434 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2821  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 
291 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5203  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 
291 aa  167  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.715781  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4785  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 
291 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.285424  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5162  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 
291 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3382  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 
291 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2586  transcriptional regulator LysR family  37.85 
 
 
324 aa  166  2.9999999999999998e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4357  transcriptional regulator, LysR family  36.62 
 
 
283 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0512  transcriptional regulator LysR family  38.81 
 
 
287 aa  167  2.9999999999999998e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.440355  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0006  LysR family transcriptional regulator  35.8 
 
 
282 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000487815 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0006  LysR family transcriptional regulator  36.19 
 
 
282 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0557081 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0014  transcriptional regulator  35.02 
 
 
282 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000122814 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2046  LysR family transcriptional regulator  39.62 
 
 
287 aa  164  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.396353  normal  0.96684 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1491  transcriptional regulator, LysR family  36.29 
 
 
316 aa  163  3e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1647  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 
289 aa  163  3e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4012  transcriptional regulator, LysR family  37.79 
 
 
285 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0664049 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>