More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_5666 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_5666  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 
234 aa  463  1e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.88554  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0010  GntR family transcriptional regulator  63.39 
 
 
239 aa  286  2e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.561636  hitchhiker  0.00449189 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4655  GntR family transcriptional regulator  53.81 
 
 
240 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1703  GntR family transcriptional regulator  39.71 
 
 
239 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2524  transcriptional regulator, GntR family  39.52 
 
 
226 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1271  transcriptional regulator, GntR family  37.67 
 
 
227 aa  144  8.000000000000001e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.347313  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2179  transcriptional regulator, GntR family  38.57 
 
 
221 aa  137  2e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3745  transcriptional regulator, GntR family  43.41 
 
 
238 aa  135  5e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4254  GntR family transcriptional regulator  36.67 
 
 
251 aa  133  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.123258  normal  0.247062 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0431  GntR family transcriptional regulator  38.86 
 
 
249 aa  128  9.000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.21992 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6326  putative transcriptional regulator  38.32 
 
 
226 aa  128  9.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4128  GntR family transcriptional regulator  36.06 
 
 
244 aa  127  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.116859  normal  0.239591 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72890  putative transcriptional regulator  38.39 
 
 
244 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3699  transcriptional regulator, GntR family  36.68 
 
 
234 aa  125  7e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4698  GntR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
224 aa  121  9.999999999999999e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.152961  normal  0.511905 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1556  GntR family transcriptional regulator  34.93 
 
 
237 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0676227  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0860  GntR family transcriptional regulator  37.13 
 
 
238 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4031  GntR family transcriptional regulator  37.13 
 
 
236 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4335  GntR family transcriptional regulator  37.13 
 
 
236 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4275  GntR family transcriptional regulator  37.56 
 
 
236 aa  118  7e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.477622  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0339  GntR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
236 aa  118  7e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3188  GntR family transcriptional regulator  37.13 
 
 
236 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.804639  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1038  GntR family transcriptional regulator  36.63 
 
 
238 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2339  GntR family transcriptional regulator  36.63 
 
 
280 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0607  GntR family transcriptional regulator  37.56 
 
 
221 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0421705  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1124  GntR family transcriptional regulator  36.14 
 
 
238 aa  116  3e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4225  GntR family transcriptional regulator  36.63 
 
 
236 aa  116  3e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.678492 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3751  GntR family transcriptional regulator  36.63 
 
 
236 aa  116  3e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2183  transcriptional regulator GntR  37.17 
 
 
240 aa  114  8.999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.484217  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0389  GntR family transcriptional regulator  36.41 
 
 
225 aa  114  1.0000000000000001e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1074  GntR family transcriptional regulator  33.94 
 
 
243 aa  114  1.0000000000000001e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.605051  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1096  transcriptional regulator, putative  38.21 
 
 
237 aa  114  1.0000000000000001e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4021  GntR family transcriptional regulator  33.03 
 
 
227 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.707447  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6054  transcriptional regulator, GntR family  33.16 
 
 
248 aa  112  7.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.149072  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1190  transcriptional regulator, GntR family  35.07 
 
 
219 aa  111  9e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.814536  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3971  GntR family transcriptional regulator  35.41 
 
 
248 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2056  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.29 
 
 
221 aa  109  5e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000144632 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1984  putative HTH-type transcriptional regulator  36.92 
 
 
215 aa  108  6e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.235414 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2281  GntR family transcriptional regulator  35.15 
 
 
236 aa  108  6e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.487352  normal  0.0140544 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2196  transcriptional regulator, GntR family  35.57 
 
 
221 aa  108  7.000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.148573  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1536  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.57 
 
 
221 aa  108  7.000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2209  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.57 
 
 
221 aa  108  1e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.583652  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0504  transcriptional regulator, GntR family  33.18 
 
 
218 aa  108  1e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.765793  normal  0.0329427 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1721  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.05 
 
 
221 aa  108  1e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000356206 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1631  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.57 
 
 
221 aa  107  1e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01407  predicted DNA-binding transcriptional regulator  35.05 
 
 
221 aa  107  2e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01418  hypothetical protein  35.05 
 
 
221 aa  107  2e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3573  GntR family transcriptional regulator  33.95 
 
 
237 aa  106  3e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6220  GntR family transcriptional regulator  31.78 
 
 
266 aa  105  9e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1703  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.04 
 
 
221 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1767  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.04 
 
 
221 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1753  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.04 
 
 
221 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1706  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.04 
 
 
221 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.160126  normal  0.134616 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1572  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.55 
 
 
221 aa  102  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.247698  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2101  GntR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
222 aa  102  6e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.259313  normal  0.98754 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4646  GntR family transcriptional regulator  40.12 
 
 
234 aa  102  7e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.221886 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0470  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 
262 aa  100  3e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4523  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
217 aa  99  5e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2417  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
230 aa  97.8  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.220762 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3900  hypothetical protein  32.67 
 
 
238 aa  95.5  5e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.365064 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1255  GntR family transcriptional regulator  35 
 
 
244 aa  94.7  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0776  GntR family transcriptional regulator  32.08 
 
 
219 aa  94.4  1e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.973295  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2357  GntR family transcriptional regulator  30.93 
 
 
245 aa  94.7  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2004  transcriptional regulator, GntR family  32.34 
 
 
215 aa  90.5  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0838  GntR family transcriptional regulator  31.47 
 
 
217 aa  89.7  4e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0913555 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0981  GntR family transcriptional regulator  34.52 
 
 
228 aa  89  6e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2641  GntR family transcriptional regulator  34.52 
 
 
216 aa  89  6e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  31.9 
 
 
229 aa  88.2  1e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2985  GntR family transcriptional regulator  31.63 
 
 
248 aa  87  2e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0093  GntR family transcriptional regulator  33.65 
 
 
216 aa  87.4  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1104  transcriptional regulator, GntR family  31.5 
 
 
232 aa  85.1  8e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 
233 aa  85.1  9e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  29.13 
 
 
235 aa  82.8  0.000000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3677  GntR family transcriptional regulator  30.52 
 
 
214 aa  82.8  0.000000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  31.75 
 
 
230 aa  83.2  0.000000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3956  GntR family transcriptional regulator  34.85 
 
 
226 aa  82  0.000000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.374286  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  31.78 
 
 
229 aa  79.7  0.00000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4647  transcriptional regulator, GntR family  33.02 
 
 
233 aa  79.3  0.00000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  31.31 
 
 
229 aa  79.3  0.00000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3042  GntR family transcriptional regulator  30.04 
 
 
226 aa  79.3  0.00000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4432  GntR family transcriptional regulator  30.69 
 
 
218 aa  79  0.00000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.200664  normal  0.344729 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  32.47 
 
 
225 aa  79.3  0.00000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  30.36 
 
 
224 aa  79  0.00000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2985  HTH-type transcriptional regulator  27.86 
 
 
219 aa  79  0.00000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  30.88 
 
 
235 aa  78.2  0.00000000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4366  GntR family transcriptional regulator  32.81 
 
 
222 aa  77.4  0.0000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0509  GntR family transcriptional regulator  27.86 
 
 
220 aa  76.6  0.0000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.137799 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 
240 aa  76.6  0.0000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  29.63 
 
 
228 aa  75.9  0.0000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0293  GntR family transcriptional regulator  27.88 
 
 
230 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.972725  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7955  transcriptional regulator, GntR family  31.79 
 
 
233 aa  75.5  0.0000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3604  GntR family transcriptional regulator  34 
 
 
214 aa  75.5  0.0000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.463907 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  29.47 
 
 
234 aa  74.7  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1760  GntR family transcriptional regulator  30.88 
 
 
222 aa  74.3  0.000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.298302  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  29.67 
 
 
255 aa  74.7  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1741  GntR family transcriptional regulator  30.88 
 
 
222 aa  74.3  0.000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  decreased coverage  0.00122783  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1807  GntR family transcriptional regulator  30.88 
 
 
222 aa  74.3  0.000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.521171 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  27.73 
 
 
245 aa  73.9  0.000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1870  transcriptional regulator  28.57 
 
 
237 aa  73.6  0.000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.120377 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2513  GntR family transcriptional regulator  36.55 
 
 
268 aa  74.3  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>